作为让无数人感动的系列作品，《时空之轮》系列的两款作品均是经典，两款作品均以穿越为游戏主线，而游戏的剧情也非常之优秀。另外，游戏中提供了多个故事结局供玩家结局，玩家不同的选择对于结局均会产生影响，下面就给大家罗列出本作中全部13个结局的汇总及相应的达成条件。
1. Chrono Cross结局
条件：用ChronoCross/クロノクロス战胜最终BOSS。
简介：TimeDevourer/時を喰らうもの解体，Schala/サラ被解放了出来，她指出曾经一分为二的时空会重新合并，而他们也会失去对这场经历的全部记忆。Serge/セルジュ醒来之后发现自己在Opassa Beach/オパーサの浜，而Leena/レナ就在身边，就像这场冒险还没有发生一样。不过奇怪的是，他似乎还保留着先前的一部分记忆，只是Leena/レナ完全不明白他在说什么……
2. Bad Ending
条件：不用ChronoCross/クロノクロス，直接打败最终BOSS
简介：TimeDevourer/時を喰らうもの解体，当然Schala/サラ也就跟着一同毁灭了。
（以下结局只有二周目及往后才能达成）
3. 开发室结局
条件：Serge/セルジュ和Leena/レナ对话之前独自击败TimeDevourer/時を喰らうもの
简介：类似前作的开发室，参与游戏开发的人员以游戏中角色的形象出现在Viper Manor/蛇骨館，玩家可以控制主角和他们对话……
4. Kid大佐
条件：侵入Viper Manor/蛇骨館之前，战胜TimeDevourer/時を喰らうもの
简介：Serge/セルジュ回到了Arni/アルニ村成了渔夫，Kid/キッド看到他和Leena/レナ在一起之后转身离开了。Kid/キッド独自闯入Viper Manor/蛇骨館杀死了Lynx/ヤマネコ，夺走了Frozen Flame/凍てついた炎，成了El Nido/エルニド新任领主。后来她的军队战胜了Porre/パレポリ以及周围的国家，建立了Acacia/アカシア帝国，而Frozen Flame/凍てついた炎从此之后就伴随在皇帝Kid的身边。
5. 勇者 版本1
条件：Kid/キッド中毒期间战胜最终BOSS
简介：Lisa/リサ取得了选美比赛的冠军，Serge/セルジュ去了去了Lisa/リサ的元素商店工作，Leena/レナ来访之后抱怨一番并指责Lisa/リサ的RP有问题之后，对方反唇相讥说她只能一个人回家了……Kid/キッド被Norris/イシト所救，作为Porre/パレポリ间谍和后者一起在Viper Manor/蛇骨館的厨房洗盘子。Pierre/ピエール被Solt/ソルトン和Peppor/シュガール雇佣，前往Fort Dragonia/古龍の砦讨伐Lynx/ヤマネコ，结果Pierre/ピエール因为前一天晚上Zappa/ザッパ请客而吃坏了肚子……从此之后，再也没有人见过那三个人。
6. 勇者 版本2
条件：Kid/キッド解毒之后，主角变成Lynx/ヤマネコ前战胜最终BOSS
简介：Lisa/リサ取得了选美比赛的冠军，Serge/セルジュ去了去了Lisa/リサ的元素商店工作，Leena/レナ来访之后抱怨一番并指责Lisa/リサ的RP有问题之后，对方反唇相讥说她只能一个人回家了……Leena/レナ走后，Kid/キッド进入元素商店，几句话之后两个人又吵了起来，Lisa/リサ挖苦道据说一个金发女孩在预选赛就被淘汰了……Pierre/ピエール被Solt/ソルトン和Peppor/シュガール雇佣，前往Fort Dragonia/古龍の砦讨伐Lynx/ヤマネコ，结果Pierre/ピエール因为前一天晚上Zappa/ザッパ请客而吃坏了肚子……从此之后，再也没有人见过那三个人。
7. 勇者 版本3
条件：走寻找解药的路线并且发生Korcha/コルチャ求婚的剧情，主角变成Lynx/ヤマネコ前战胜最终BOSS
简介：Lisa/リサ取得了选美比赛的冠军，Serge/セルジュ去了去了Lisa/リサ的元素商店工作，Leena/レナ来访之后抱怨一番并指责Lisa/リサ的RP有问题之后，对方反唇相讥说她只能一个人回家了……Leena/レナ走后，Kid/キッド进入元素商店，几句话之后两个人又吵了起来，Lisa/リサ挖苦道据说一个金发女孩在预选赛就被淘汰了……Korcha/コルチャ这时候走了进来询问先前求婚的事情，不巧被Macha/ママチャ给打断了……Pierre/ピエール被Solt/ソルトン和Peppor/シュガール雇佣，前往Fort Dragonia/古龍の砦讨伐Lynx/ヤマネコ，结果Pierre/ピエール因为前一天晚上Zappa/ザッパ请客而吃坏了肚子……从此之后，再也没有人见过那三个人。
8. Magical Dreamers
条件：Nikki/スラッシュ和Razzly/ラズリー已经加入，Kid/キッド恢复之后，主角变成Lynx/ヤマネコ前战胜最终BOSS
简介：Lisa/リサ和Leena/レナ跑去看Magical Dreamers的演出，Serge/セルジュ、Kid/キッド和Razzly/ラズリー成了乐队的新成员（Serge/セルジュ是鼓手，Kid/キッド是主唱，Razzly/ラズリー则是吉祥物）……
9. 新的开端
条件：主角变成Lynx/ヤマネコ后，营救Riddel/リデル之前战胜最终BOSS
简介：Lynx/ヤマネコ和Harle/ツクヨミ定居在了Marbule/マブーレ村，那里的亚人对他都很敬重，连贤者都要把位置让给他……“Serge/セルジュ”杀死了龙骑士团的所有人，最后在Pearly Gates/神の門被Radius/ラディウス、Zappa/ザッパ和Fargo/ファルガ截住，但是Kid/キッド忽然跳了出来声称绝不会让他们妨碍Serge/セルジュ的计划……
10. 决战
条件：营救Riddel/リデル之后，去Hermit's Hideaway/隠者の小屋之前战胜最终BOSS
简介：Viper/蛇骨召集了龙骑士团的人和Dark Serge/ダークセルジュ的手下在S.S. Invincible/天下無敵号上展开了激战，双方互有伤亡，最后龙骑士团的人在舰桥的位置堵住了Dark Serge/ダークセルジュ……“Lynx/ヤマネコ”和Harle/ツクヨミ正在Marbule/マブーレ村的住处讨论晚饭的问题，Kid/キッド闯了进来……
11. 宿命和冻结之炎
条件：Harle/ツクヨミ离队之后，Terra Tower/星の塔出现之前战胜最终BOSS
简介：Dark Serge/ダークセルジュ和Kid/キッド成功进入了Chronopolis/クロノポリス，前者走进了Frozen Flame/凍てついた炎的房间，后者则在对付赶来阻止他们的Harle/ツクヨミ……画面切换到Arni/アルニ村，有人正在使用命运之书，它忽然变黑了，那人慌忙跑去向村长报告……画面再次切换回Dark Serge/ダークセルジュ，他声称自己终于可以再次变为“宿命”了……
12. 改行
条件：打败Dario/ダリオ之后，但Terra Tower/星の塔出现之前战胜最终BOSS
简介：Viper Manor/蛇骨館被改造成保育园，孩子们正在接受Viper/蛇骨“园长”的训话，有人建议Dario/ダリオ成立龙骑士团的童子军，Dario/ダリオ听到之后说考虑到费用问题，要暂时对Riddel/リデル保密，他们随后大笑了起来……Dark Serge/ダークセルジュ、Kid/キッド和Harle/ツクヨミ走进了龙尾亭酒吧——现在已经是龙骑士团四天王和Luccia/ルチアナ等人经营的蛇骨酒吧了，Dark Serge/ダークセルジュ点了啤酒，但是Harle/ツクヨミ提醒他还不到喝酒的年龄，于是他们各自要了些饮料。之后两个Starky/星の子的同类走了进来，他们认为考察计划已经完成，开始商量毁灭这个星球的计划。最后Dark Serge/ダークセルジュ收到了一份天价的账单，他正要找人理论，Zoah/ゾア出面打劫了他……
13. 亚人的逆袭
条件：Terra Tower/星の塔还在空中的时候战胜最终BOSS
简介：龙神召集了Marbule/マブーレ村的贤者和矮人们的头目在Sky Dragon Isle/天龍の島商量反击人类的计划。最终亚人们战胜了人类，整个El Nido/エルニド又是亚人的天下了。Harle/ツクヨミ走过Arni/アルニ村，那里的亚人都在谈论人类以往所犯下的罪行，她采了一些花，放在了Cape Howl/風鳴きの岬的墓碑前。
