3ds重制版角色扮演游戏《口袋妖怪红宝石/蓝宝石》虽然在画面表现和内容上相比原作更加丰富，但是基本游戏剧情还是保留了原作的内容，本作中将会登场两个重要的剧情组织：火岩队（Team Magma）和水舰队（Team Aqua），以下是这两个组织的成员介绍。
火岩队头目：Maxie
火岩队成员：Tabitha
火岩队成员：Courtney
Maxie使用的PM Camerupt的MEGA进化：
水舰队头目：Archie
水舰队成员：Shelly
水舰队成员：Matt
Archie使用的PM Sharpedo的MEGA进化：
