2013-06-05 16:52:04 k73游戏之家 作者：小四
上期由于篇幅问题，未能给大家带来psp《第二次超级机器人大战z破界篇》的游戏图文攻略的全部内容，下面就给大家带来攻略的下半部分。
选择继续协助国联
-前言-
ウズメ计划就是发生在リモネシア共和国打开平行世界之门的巨大时空震动。而且名为ガイオウ的次元兽统帅者、破界之王宣称世界已经变成了他的竞技场。没有人知道他所说的话将意味着什么，即使ガイオウ自己也不知道后果是什么。
这个事件被称为大灾变，以这个事件为契机世界又迎来了混沌。新帝国インペリウム所引发的战火在蔓延。恐惧且愤怒，但是最终屈从于他们的一方，以及在沉寂中暗暗下定新的决心的人们。
在巨大的暴力狂风席卷的世界中，人们除了选择变强没有其他的出路……
第24話 異邦人の来訪
-战前剧情-
（地点：太平洋）
打倒了WLF后ゼロ就要脱离ZEXIS，回去继续他们解放11区的事业，而ソレスタルビーイング也有着和他们一样的想法。SMS小队也决定返回宇宙，只有月光号一行愿意继续执行エルガン的命令。就这样ZEXIS又分成了3个部队，クウロ又要选择跟从的部队，大家期待在再次会面后形势能有所好转。
アクシオン财团内部现在开始混乱，不过トライア表示会和那个死有钱人斗争到底，她将着手研究那个新种次元兽的资料，并用这个强化ブラスタ。至于クロウ的债务现在剩下49万，而他接下来就是选择前往目的地了。（选择：国連に引き続き協力する/宇宙に上がる/エリア11へ向かう）
（地点：太平洋）
インペリウム也发现了ZEXIS的解散，他们现在将继续监视我方的行动并派遣部队，而主要目标是那些从其他世界过来的流浪者。
（地点：日本/伊豆半岛バトルキャンプ）
我方又回到了クラッシャー队的基地，目前インペリウム正在向欧洲南部的西面移动。在这次时空震动之后，3大国家一直没有采取什么行动，谁先出头谁就可能先完蛋。但是这里的我方很多人可是想去阻止那些个混蛋们的，这个时候竜馬站起问在场所有人谁有能力挑战破界王，结果谁也发表不出异议，这正是现在最大的问题。现在是赢不了那个家伙的，我方必须要锻炼的比那个家伙更强，这样总有一天可以战胜他。这时候大塚长官再度向我方派遣任务，要求大家继续去前往黑暗大陆。这次的大灾变事件发生后世界各地都出先了次元境界线不稳定的情况，尤其是黑暗大路那边次元震频发。而在明天出发前，大家可以休息和训练一下，ワッ太则要回学校大量补课。
胜利条件敌全灭。
失败条件勝平被击坠。
我方战舰被击坠。（我方增援后追加）
SR取得条件第6回合我方回合以内过关。
我方初期配置ザンボット3（勝平）
我方增援[初期敌人全灭后]
月光号（タルホ）
自选11机
本话开始只有ザンボット3一机，SR的要点就是快速解决掉开场的3个敌人。兽人部队在地图右侧增援，我方大部队则在左下，此时勝平应该在敌人堆里，要注意保护。那这批敌人打剩3机后次元兽就会出现，次元兽是出现在地图左上方，此时剩下的兽人全部撤退，所以我方增援部队要向上面移动，右下个几个敌人不用管了。剧情后我方全部满气力，上去就杀次元兽吧，很快就能过关。
战场地图-战斗剧情-
兽人也在调查次元震的情况，这时候发生的次元震将本来在家里的勝平3人连带机体一起送到了黑暗大陆。看到有人类出现兽人立刻向他们发动了攻击，勝平见对方没有回答也就对他们进行了反击。
消灭了这批家伙后勝平他们还是弄不明白他们到底在哪，这时候兽人的后续部队杀了过来，就在他们想要逃跑的时候我方调查部队来到了这里。勝平他们一看见月光号就以为遇到了以前的伙伴，于是就向我方靠拢。
交战后又有大批兽人赶来增援，结果随后大量次元兽出现，兽人部队全部撤退。看见次元兽手我方全部都火大了，正好把之前的所有郁闷都发泄到它们头上。
很快就结束了这里的战斗，勝平也遇到了ワッ太这样的朋友，但是勝平居然认识月光号，这让ホランド感到有所不安。
-战后剧情-
（地点：黑暗大陆/北部）
勝平来到船上后才感到有点不同，这边的レンドン当然一点都不认识他们，这时候勝平他们才意识到来到了平行世界。但是ホランド和タルホ却知道勝平所来的世界。
第25話 遠い世界
-战前剧情-
（地点：黑暗大陆/北部）
城田将这边的情况向大塚长官进行了汇报，而大塚长官那边早已接到不少ZEUTH的机体和人员出现的消息，目前ZEUTH队员都和我方表示友好，大塚长官指示城田继续发现和保护ZEUTH成员，此外他还派了补给部队来支援我方。
这边的世界是大时空震动经过了20年后，而勝平那边是在大时空震动1年后就发生了那么多事。勝平和ワッ太成为了好朋友，而恵子阻止了勝平透露更多ZEUTN那边和这里同名人物的情况。这时候敷島博士来到月光号上，ミチル和弁慶也一同来到，为我方送来了补给品，并对ケッターロボ进行维修。而早乙女博士也和竜馬他们取得了通讯，他让竜馬他们要引出ゲッター线的全部力量，这样就能无敌于天下。这次敷島博士将调整分离合体系统，这样合体时间就可以缩短0.2秒，而早乙女博士还在制造新的ゲッター，应该很快就能使用上了。就在他们准备要进行训练的时候，在附近发现了激烈的战斗，我方立刻赶去看个究竟。
击坠バルガスV5。（击坠エンキドゥ后取消）
击坠エンキドゥ。（击坠エンキドゥ后改）
失败条件我方任一机被击坠。（月光号增援后取消）
我方战舰被击坠。（月光号增援后改）
竜馬或者ティンプ被击坠。（月光号增援后追加）
SR取得条件第3回合以内先消灭其他所有敌人，最后再击坠エンキドゥ。
我方初期配置ウォーカーギャリア（ジロン）
ブラッカリィ（ティンプ）（击坠エンキドゥ后撤退）
ザブングル（エルチ）
キングゲイナー（ゲイナー）
エンペランザ（ゲイン）
ドミネーター（シンシア）
パンサー（サラ）
[与エンキドゥ战斗后或第2回合我方行动开始]
キングキタン（キタン）
ダヤッカイザー（ダヤッカ）
[キタン增援后与エンキドゥ战斗后或敌方剩余11机后]
月光号（タルホ）
ゲッター1（竜馬）
自选7机
本话就是尽快把我方的两批增援弄出来。キタン他们在地图右边增援，月光号和大部队则在地图上方。击坠左下的一台ギャンザ发生剧情，キングゲイナー移动到地图右侧，同时满气力，追加武器オーバースキル攻撃，由于剧情后キングゲイナー远离战场，所以这个剧情最好在最后再触发。机械兽部队出现在地图下方，一开始就会发生剧情，ゲッター强制变形为ゲッター1，追加武器ゲッターチェンジアタック。击坠バルガスV5后敌人全部撤退，所以要留到最后。
战场地图-战斗剧情-
突然从不同地方被转移来这里的ジロン和ゲイナー一行被兽人给包围了，情况紧急，本来被追击着的ティンプ也和他们一起对敌。不多久，抢到了兽人机体的キタン和ダヤッカ一行也来到这里攻击兽人，不管怎么说兽人都是敌人，于是他们也来协助ジロン他们。
很快月光号也赶来了，看到了勝平，ジロン他们也就安心了。而カミナ也没想到因为自己的举动，结果导致了黑暗大陆各地的人纷纷效仿他，カミナ一改变了黑暗大陆的人们。
战斗中突然有一台兽人机体冲向一旁的キヨウ姐妹，就在我方其他人来不及赶去的时候ゲイナー发动了OVERSKILL，用超加速冲了过去，击坠了敌人。
最终击败了ヴィラル，但是ティンプ要离开前却被ヴィラル给抓走了。而后机械兽军团和ギシン星部队出现在这里，サグール把作战交给了あしゅら男爵随后就离开了。あしゅら男爵指挥机械兽攻击ゲッター1，但是竜馬他们立刻发动了反击，利用新的分离合体系统发动了新的攻击，将敌人立刻击败，あしゅら男爵只能命令机械兽后退。最后这批部队也被打败，为了防止再损失机械兽，あしゅら男爵只能带着バルガスV5撤退。
-战后剧情-
勝平把希望大家不要透露平行世界相同人物情况的话跟ゲイナー他们都说了，之后在与我方交谈后他们也就都留在了月光号上。至于那个ティンプ，反正不管发生事他也死不了，所以不用去管他了。キタン他们也要求和我方一起同行，キタン想要超过カミナ。另一边敷島博士他们则要返回早乙女研究所，ゲッター上可是有着人类的未来。
（地点：黑暗大陆/王都テッペリン）
ティンプ被带到了ロージェノム面前，结果这个无节操立刻答应被他们所雇佣，调头对付我方。现在ロージェノム已经把手下的4天王都集结了起来用来对付我方，但是严禁他们接触次元兽，现在远还没到要和他们决一雌雄的时候。
第26話 集う力
-战前剧情-
（地点：黑暗大陆/北部）
说起来这边的クロウ和那个世界的ランド真是完全不同的人，而ジロン那帮人和カミナ他们也合的非常好，因为这片大陆和ガリア大陆实在是太像了。这时候キタン过来说看到过有胡子的机体在和兽人战斗，这么说来应该就是那个人了……
（地点：黑暗大陆/北部）
ロラン和ガロード他们一行也出现在这片大陆上，结果一出现在这里就被颜面所袭击，还好他们人多将敌人击退了。但是这个时候兽人居然又杀了过来，他们只能再出战。
胜利条件敌全灭。
失败条件我方任一机被击坠。（我方战舰增援后取消）
我方战舰被击坠。（我方战舰增援后改）
SR取得条件第5回合我方回合以内过关。
我方初期配置ガンダムDX（ガロード）
ガンダムエアマスターバースト（ウィッツ）
ガンダムレオパルドデストロイ（ロアビィ）
ターンAガンダム（ロラン）
スモー(ゴールドタイプ)（ハリー）
[初期敌人全灭后或第4回合我方行动开始]
月光号（タルホ）
自选10机
第4回合初期敌人就会全部撤退，所以要用开始那点人全力杀他们。剧情后ガンダムDX追加卫星炮武器，インベーダー出现在地图下方、左上和右上，我方增援在左下。注意剧情后ガンダムDX会移动到地图中间位置，这里很容易被敌人围攻，所以在剧情前要使用足精神。
战场地图-战斗剧情-
因为世界不同的关系，ガロード无法使用卫星炮来清场，大家只能硬上。消灭了这批敌人后，后面接着又有颜面杀了过来，而且这次ティンプ也在其中。但是随后更麻烦的家伙インベーダー出现了，数量相当之多，兽人带队的ヴィラル只能下令撤退。就在ガロード他们无计可施的时候，ティファ突然感觉到月亮上有谁在，这里居然也能够使用卫星炮！双重卫星炮轰击将大片的インベーダー全部扫倒，随后月光号赶了过来，很快就把这里的敌人都消灭了。
-战后剧情-
我方这边也确认了ティンプ被兽人所雇佣，而不管是哪个世界，ガロード和レンドン都是好碰友，ティファ和エウレカ也一样。ZEUTH的众人都是在瞬间和机体一起跳跃到这个世界中，似乎是受着什么人的指使一样。
アイム也一直在观察着我方，所有的烙印者都在慢慢地收集起来，等待他们的又将是一个无限狱。
第27話 呪われし放浪者
-战前剧情-
（地点：黑暗大陆/北部）
ZEUTH的众人从我方那里知道了这个世界目前面临的危机，而对于那边世界的情况ホランド那群人似乎是很清楚的样子。此时インペリウム正停留在北美大陆的东海岸和ブリタニア联盟对峙着，为防止有什么事态发生，我方要尽快结束调查返回，エルガン那边也发出了ZEXIS再集结的指示。
（地点：黑暗大陆/北部）
桂和アテナ也来到了这里，桂第一时间想要找的就是オルソン，但这个时候アサキム出现在他们面前，接着アイム也来到这里，アサキム和他之间似乎知道彼此的身份。
胜利条件敌全灭。（パールネイル增援后取消）
击坠パールネイル。（パールネイル增援后改）
失败条件我方任一机被击坠。（我方增援后取消）
我方战舰被击坠。（我方增援后改）
アサキム或者クロウ被击坠。（我方增援后追加，パールネイル增援后取消）
アサキム被击坠。（パールネイル增援后改）
SR取得条件击坠次元獣ライノダモンMD，次元獣ライノダモンMD第4回合开始或是HP5000以下撤退。
我方初期配置シュロウガ（アサキム）
オーガス（桂）
ナイキック アテナ機（アテナ）
[第2回合我方行动开始]
月光号（タルホ）
ブラスタ（クロウ）
自选14机
MD在3回合以后就会跑，所以一开始要对着它猛攻，最后5000HP要一击杀之。我方增援出现在地图左侧，登场后只有2回合的时间去攻击MD，不过第2回合MD会向主角方向移动过来，可以好好利用这点。剧情后主角会移动到MD旁边，HP减半，同时パールネイル在MD出现的位置增援。击坠マルグリット就过关了，所以暂时放置她。
战场地图-战斗剧情-
アサキム叫来了自己的机体，而アイム则召唤来了次元兽。アサキム要的是アイム的魂，而面对共同的敌人，桂和アテナ也出手帮忙。
很快我方赶到了这里，不管怎么说现在アサキム并不是敌人，大家都上去帮他，クロウ则是看中那头MD。最终又压制住了那头MD，但就在クロウ要上去结果掉他的时候，突然冲出来一架机体攻击向クロウ，インサラウム的マルグリット出现了。想不到次元兽那边还有人类的同伙，而后MD趁这个机会又逃了。
最终我方击退了所有次元兽和マルグリット，而后アイム也离开了这里，至于アサキム又追着他称之为虚伪的黑羊的アイム而去，同时アサキム又将クロウ称为摇摆的天平，并期待着クロウ的觉醒。
-战后剧情-
目前看来ZEUTH之所以会转移到这个世界，很可能是アイム搞的鬼，所以要回去也必须要弄清楚那个男人的力量。目前大家都要遵从エルガン的指示前往集结地点，一边继续搜寻ZEUTH的同伴，一边获得情报。クロウ则在思考为什么マルグリット会阻止他杀掉MD，难道MD对她有什么特殊意义吗。而她自称来自于インサラウム，那想必敌人的背后还有更大的组织。
（地点：ブリタニア联盟/纽约国联总部）
黑暗大陆的调查部队开始向欧洲移动，インペリウム提出要和エルガン会谈，エルガン已经答应了他们。在会谈期间不要去过度刺激他们，而我方几支部队趁这个机会会合再度结成ZEXIS，而ZEUTH的成员需要充分给予他们自由。在吩咐完事情后，アサキム来到了エルガン跟前，并称他也是被诅咒的流浪者。这个时候传来ブリタニア联盟的オーバーフラッグス基地受到ガンダム袭击的消息……
エイフマン教授发现了ソレスタルビーイング那些ガンダム的动力就是来自于トポロジカルディフェクト，这种动力的制造至少要200年以上的时间，而生产环境是在木星。120年前进行过对木星的载人探索计划，那些ガンダム就是那个时候开始开发的。但是她还没来得及说出イオリア的真正目的就被新出现的ガンダム所杀害。グラハム带领ブリタニア联盟的部队与他们交战，但是他的一个手下ハワード却被ミハエル所杀，之后ヨハン3人大量散布GN粒子并离开了这里。
（地点：AEU/法国巴黎リニアトレイン公团）
アレハンドロ那边也获知了オーバーフラッグス基地的事情，而失去了那里ブリタニア联盟就要直面インペリウム的攻势，这样他们所讨厌的エルガン就要和北美东海岸一起灰飞烟灭了。而他们这里的シュナイゼル就要完成カンボシア的开发，有了这个巨大要塞就可以跟インペリウム一战。
选择上宇宙
-前言-
ウズメ计划就是发生在リモネシア共和国打开平行世界之门的巨大时空震动。而且名为ガイオウ的次元兽统帅者、破界之王宣称世界已经变成了他的竞技场。没有人知道他所说的话将意味着什么，即使ガイオウ自己也不知道后果是什么。
这个事件被称为大灾变，以这个事件为契机世界又迎来了混沌。新帝国インペリウム所引发的战火在蔓延。恐惧且愤怒，但是最终屈从于他们的一方，以及在沉寂中暗暗下定新的决心的人们。
在巨大的暴力狂风席卷的世界中，人们除了选择变强没有其他的出路……
第24話 相容れぬ遂行者
-战前剧情-
（地点：太平洋）
打倒了WLF后ゼロ就要脱离ZEXIS，回去继续他们解放11区的事业，而ソレスタルビーイング也有着和他们一样的想法。SMS小队也决定返回宇宙，只有月光号一行愿意继续执行エルガン的命令。就这样ZEXIS又分成了3个部队，クウロ又要选择跟从的部队，大家期待在再次会面后形势能有所好转。
アクシオン财团内部现在开始混乱，不过トライア表示会和那个死有钱人斗争到底，她将着手研究那个新种次元兽的资料，并用这个强化ブラスタ。至于クロウ的债务现在剩下49万，而他接下来就是选择前往目的地了。（选择：国連に引き続き協力する/宇宙に上がる/エリア11へ向かう）
（地点：太平洋）
インペリウム也发现了ZEXIS的解散，他们现在将继续监视我方的行动并派遣部队，而主要目标是那些从其他世界过来的流浪者。
（地点：宇宙空间）
由于インペリウム的活动，地球上再度面临大的混乱，一个国家在遭受インペリウム的攻击后很可能接下就要面对邻国的入侵。インペリウム将改变世界的格局，而3大国家也不会急着插手，他们将保持自己的利益最大化。所以能够阻止事态蔓延的只有ZEXIS了，虽然现在大家的干劲都是满满的，但是下一步要如何做还真是个问题。
目前インペリウム正在向欧洲南部的西面移动，AEU内有的国家也在设法与インペリウム取得联系，仅凭我方目前的战力是不足以对抗敌人的。ジェフリー舰长答应继续协助我方，但是他们还是要向フロンティア船团政府进行汇报。可就在开会的时候，有敌人正在向这里接近。
敌全灭。
失败条件我方战舰被击坠。
SR取得条件第3回合我方回合以内敌全灭。
我方初期配置マクロス·クォーター要塞艦型（ジェフリー）
プトレマイオス（スメラギ）
自选12机
[初期敌人全灭后]
ガンダムスローネアイン（ヨハン）NPC
ガンダムスローネツヴァイ（ミハエル）NPC
ガンダムスローネドライ（ネーナ）NPC
R-ダイガン（？？？）NPC
开始还是全力消灭大个的敌人，多用援护攻击，还是可以比较容易的完成任务的。把次元兽全灭后，4台NPC在地图左侧增援，而敌人是在下面和右边增援，但比刚才的次元兽要弱多了，只是别让NPC们抢太多了。
战场地图-战斗剧情-
大量次元兽包围了我方，看来它们也上了宇宙。而就在战斗中，一瞬间フェルト突然感觉到了什么，但是这种感觉稍瞬即逝。
很快我方就击退了次元兽的攻击，但是紧接着联合军的部队杀了过来。ジェフリー舰长希望接通对方的通讯让他们停止攻击，但是对方全不肯放过我方这点人。而就在僵持的时候，又有3台ガンダム以及那台红色的ダンクーガ出现，他们竟然是来援护我方的，不管怎么说现在不打是不行了，我方只能尽量避免杀人。
在4个局外人的帮助下敌人很快被击退，而后ヨハン要求登上プトレマイオス，但是那台红色ダンクーガ却立刻离开了这里。
-战后剧情-
ヨハン3人的ガンダム并不存在于ヴェーダ的记录中，他们自称是トリニティ兄弟。此外ロックオン的ハロ也见到了自己的哥哥HARO，但HARO却没有ハロ的记录。对于我方的疑问，ヨハン3人拒绝回答，而那台红色ダンクーガ也半道加进来的，总之ソレスタルビーイング的众人与他们处的很不愉快。而接下来トリニティ兄弟将去进行单独的武力介入，他们的方针与ソレスタルビーイング完全不同。
ティエリア在与ヴェーダ连接的量子化装置中又见到トリニティ兄弟中的ネーナ，她也有资格和ヴェーダ进行单独连线，这让ティエリア很是惊讶。
トリニティ兄弟很快就离开了，而这时候田中司令发来通讯，目前由于大灾变的影响，黑暗大陆的中心发生了多次时空震动，而且还出现了大量其他世界的来访者。现在正在黑暗大陆的调查的クラッシャー队已经对他们展开了保护，宇宙方面也可能出现同样的的情况，田中司令希望我方部队也能发现并保护那些人，他们的组织叫做ZEUTH。
第25話 新たな来訪者
-战前剧情-
（地点：ブリタニア联盟/纽约国联总部）
王留美将新型ガンダム出现的情况报告给了アレハンドロ，アレハンドロ指示暂时不用去管他们。但是アレハンドロ知道他们所使用的是模拟太阳炉，并且トリニティ的活动也是他的意思。作为ソレスタルビーイング的监视者，アレハンドロ计划利用这个身份来改变世界。
（地点：宇宙空间）
总之现在谜团依然还都是谜团，在目前的情况下，如果像トリニティ那样无条件消灭军队力量，那么世界的秩序将更快的崩溃，而且连对抗インペーダー和兽人的力量也将没有了。然而现在我方又没有足够的力量直接去解决世界混乱的根源インペリウム，所以还是要设法强化自身的力量，而那些来自其他的世界战力或许就是解决问题的关键。正谈论到这里，我方就探测到了周围发生次元境界线歪曲，很可能会发生转移，所以大家急忙赶了过去。
胜利条件击坠次元獣ライノダモン。（击坠次元獣ライノダモン后取消）
敌全灭。（击坠次元獣ライノダモン后改）
失败条件我方任一机被击坠。（我方战舰增援后取消）
我方战舰被击坠。（我方战舰增援后改）
SR取得条件第4回合以内先消灭其他所有敌人，最后再击坠次元獣ライノダモン。
我方初期配置デスティニーガンダム（シン）
インパルスガンダム（ルナマリア）
∞ジャスティスガンダム（アスラン）
ストライクフリーダムガンダム（キラ）
[击坠初期敌人2机后或第2回合我方行动开始]
Zガンダム（カミーユ）
メタス（ファ）
[与次元獣ライノダモン战斗后或カミーユ增援后再击坠初期敌人2机后或カミーユ增援后下一回合我方行动开始]
マクロス·クォーター要塞艦型（ジェフリー）
プトレマイオス（スメラギ）
自选12机
虽然开始人少，但是VPS装甲异常强大，完全可以放心让他们横冲直撞。此外SR的要点就是カミーユ在地图左侧增援后尽快再击坠敌人2机，让我方大部队在地图右恻登场，注意这时候时间非常紧了，一定要全力冲过去解决ブルダモン级的次元兽。击坠次元兽ライノダモン后剩下的次元兽全部撤退，バジュラ在地图下方登场，对付它们就没什么难度了。
战场地图-战斗剧情-
キラ一行人突然就被转移到了这个世界，而一来到这里他们就受到了赶到的OZ部队的攻击，但还没等他们反击，次元兽就围了过来，OZ部队被它们全灭，于是又要面对这群麻烦的家伙。而就在交战开始后，カミーユ和ファ也跳跃到了这里，不管怎么说这群怪物肯定是敌人，カミーユ他们也加入战斗。
就在他们苦战的时候，我方部队赶了过来，大家没想到出现的竟然还是ガンダム。在简要说明了这边世界的情况后，我方就开始支援起这些来自其他世界的ガンダム。
没多久次元兽们被击退，但是周围的次元境界线再度出现歪曲，大量的バジュラ跳跃到了这个世界，这下还得打。没多会バジュラ也被消灭，就这样我方把第一批在宇宙出现的异世界访问们接上了船。
-战后剧情-
キラ他们倒不是很惊讶来到了另一个世界，现在也无法回去原来的世界，而且已经有不少ZEUTH的同伴也来到了这个世界，现在除了留下也别无其他选择，只是他们期望能够和其他同伴会合。
（地点：AEU/法国巴黎OZ总部）
トレーズ这边也获知了ZEUTH众来到这个世界的消息，而且还抓获了アムロ和クワトロ，トレーズ希望能够从他们那里得到另一个世界的消息。
第26話 断ち切られる帰路
-战前剧情-
シン问及这个世界中的ガンダム为什么会受人攻击，由于中间过程曲折，我方也只能说是因为一系列的误解，不管怎么说我方看起来也的确不像是坏人。ZEUTH们的多元世界在大时空震动后的一年的时间里就发生了大量的事情，而这里却经过了20年，不过既然大家都是在为和平而奋斗，那么也就有了更多的共同语言。就在这时候又发生了情况，我方开始全速赶回フロンティア船团，在那边发现大量デフォールド反应，很可能是バジュラ又来了。
胜利条件敌全灭。（R-ダイガン增援后取消）
バジュラ全灭。（R-ダイガン增援后改）
失败条件我方任一机被击坠。（我方战舰增援后取消）
我方战舰被击坠。（我方战舰增援后改）
SR取得条件第5回合以内击坠所有敌人过关。（R-ダイガン增援后取消）
第5回合以内击坠所有敌人（包括R-ダイガン）过关。（R-ダイガン增援后改）
我方初期配置ソルグラヴィオン（斗牙）
グラントルーパー（フェイ）
[击坠初期敌人2机后或第2回合我方行动开始]
マクロス·クォーター要塞艦型（ジェフリー）
プトレマイオス（スメラギ）
自选14机
开始虽然只有2机，但是被敌人包围，想跑也跑不了，尽可能第一回合就把我方大部队给叫出来。我方大部队是出现在地图右下，由于是要在5回合内过关，所以初期那些敌人最好不要拖过第3回合解决。敌人的增援都是在地图下方和左下，注意这批敌人比前面的同类要强了不少，另外R-ダイガン出现在靠近地图右上的位置，特别要注意这时候胜利条件变为消灭全部バジュラ，所以要是一不留神把R-ダイガン留到最后就拿不到SR了。
战场地图-战斗剧情-
フロンティア船团的守备部队完全抵挡不住那么多敌人，而就在同时周围的次元境界线又发生歪曲，エイジ他们以及フェイ小队都被转移到了这个世界，虽然不太明白情况，但总之周围的怪物对他们发动攻击，于是斗牙决心反击。
好在没过多少时间，我方部队就赶了过来，看到了シン他们，斗牙一行人也就放心下来，SMS小队则立刻投入到保卫フロンティア船团的战斗中。
然而才消灭了附近的バジュラ，新的一批敌人又通过フォールド跳跃而来。接着大家就发现这批バジュラ比之前要强了不少，而在同时那台红色ダンクーガ又出现在我方背后，那个神秘的驾驶员依然要打败ダンクーガノヴァ，与她的战斗又开始了。
力战之后终于解决掉了这批敌人，而后大家就这样准备顺路返回了フロンティア船团。这时候三島发来通讯，他认为是大灾变导致的大量バジュラ来到这个世界，但详细原因还要加以调查，然而更为重要的是由于SMS小队一直和ソレスタルビーイング在一起活动，所以三島代表フロンティア船团政府拒绝SMS小队归来。スメラギ于是提出主动脱离关系，但是ジェフリー舰长表示拒绝，SMS小队就这样脱离フロンティア船团继续与ZEXIS共同作战。
-战后剧情-
（地点：AEU/德国柏林）
三島与在地面上的グレイス也交换了情报，グレイス也认为バジュラ应该是利用自身的フォールド跳跃能力单独来到这个世界的，他们用フォールド技术从リモネシア那里交换获得的フォールド水晶代替品DEC现在也要抓紧研究。这些都是グレイス自己对于バジュラ的研究成功，她有着自己不可告人的目的。这时候シェリル突然推门进来，グレイス立刻收敛回表情，目前シェリル的身体出现了些状态，但是吃了グレイス提供的药品后很快就好了，她们很快就要在这里举行演唱会，但是シェリル对于グレイス的价值已经不多了。
（地点：宇宙空间）
现在终于有时间告诉ZEUTH们有关ZEXIS的组成问题，但尽管如此，キラ他们也表示信赖我方。现在为了获取必要的补给，只能返回ドラゴンズハイヴ，这样还能和之前发现的ZEUTH同伴会合。
（地点：日本近海/龙牙岛ドラゴンズハイヴ）
田中司令将ZEXIS宇宙部队的情况报告给了这里的最高长官，而在这时候另有一个从异世界转移来的大人物前来。这时候F.S.才说出了自己的名字，而前来的那个人就是サンドマン，他是来将另一个世界情况提供给F.S.的。
而アイム知道自己的麻烦除了这些ZEUTH外，还多了一个无限狱的囚人……
第27話 黒衣の狩人
-战前剧情-
（地点：AEU/法国巴黎リニアトレイン公团）
ラグナ质问ウラジミール为什么R-ダイガン要独自行动，ウラジミール表示R-ダイガン以执行自己的任务为最优先，下次任务トリニティ去执行就足够了。作为ゾルブレイン公司的上级，ラグナ对于这种回答极为不满，而且这个ラグナ也是ソレスタルビーイング的监视人之一，他们的所做所为正在加速世界的变化。
（地点：日本近海/龙牙岛ドラゴンズハイヴ）
我方的宇宙部队返回了基地，目前インペリウム正在北美大陆东海岸一带，距离ブリタニア联盟的首都ペンドラゴン非常的近，国联方面正在设法和インペリウム取得沟通。另外根据WILL的记录，这个世界在几年前进行的时空震动实验中发生过大事故，那次事故就是ドーハ悲剧，此外还有プロメテウス·エクスペリメント和D计划等等相关实验在地下进行，虽然还没有什么正式的报道，但是ZEUTH众要回去也不是没有可能性。我方就アサキム的事情问了ZEUTH众，而这个人一直都神神秘秘的，ZEUTH众人也并不清楚他的实际目的。就在这个时候在这里西南100公里的地方发生了时空震动，有不明机体出现，所以大家赶过去一看究竟。
（地点：太平洋/孤岛）
アポロ一行被突然转移到了这里，而且连不動司令都被卷入，而和他一起来的居然就是アサキム，接着アイム也出现在这里，这两个人直接就对上了。
胜利条件敌全灭。（パールネイル增援后取消）
击坠パールネイル。（パールネイル增援后改）
失败条件我方任一机被击坠。（我方增援后取消）
我方战舰被击坠。（我方增援后改）
アサキム、アポロ、クロウ任一被击坠。（我方增援后追加，パールネイル增援后取消）
アサキム被击坠。（パールネイル增援后改）
SR取得条件击坠次元獣ライノダモンMD，次元獣ライノダモンMD第4回合开始或是HP5000以下撤退。
我方初期配置シュロウガ（アサキム）
ソーラーアクエリオン（アポロ）
[第2回合我方行动开始]
マクロス·クォーター要塞艦型（ジェフリー）
プトレマイオス（スメラギ）
ブラスタ（クロウ）
自选14机
MD在3回合以后就会跑，所以一开始要对着它猛攻，最后5000HP要一击杀之。开始尽量把敌人往陆地上引，这条路线就没几个能在水里打的。我方增援出现在地图左侧，登场后只有2回合的时间去攻击MD，不过第2回合MD会向主角方向移动过来，可以好好利用这点。剧情后主角会移动到MD旁边，HP减半，同时パールネイル在右上小岛的中心增援，之后发生剧情，アポロ3人气力+30然后移动到主角附近，武器追加一发逆转拳。击坠マルグリット就过关了，所以暂时放置她。
战场地图-战斗剧情-
アサキム叫来机体，而アイム发动时空震动叫来了次元兽，此时アポロ也不管那么多驾驶机体出战，先对付周围的那群敌人再说。
没多久我方部队也赶到了。虽然不乐意帮助アサキム，但是也不能放着次元兽不管，而且クロウ还发现了他的猎物，那只白色的MD又出现了。
最终又压制住了那头MD，但就在クロウ要上去结果掉他的时候，突然冲出来一架机体攻击向クロウ，インサラウム的マルグリット出现了。想不到次元兽那边还有人类的同伙，而后MD趁这个机会又逃了。クロウ的机体受到严重破坏，而アイム趁这个时候又放出一只次元兽来攻击クロウ，但这个时候アポロ冲了过来发动了身上的原始力量，用一发逆转拳将次元兽消灭。
最终我方击退了所有次元兽和マルグリット，而后アイム也离开了这里，至于アサキム又追着他称之为虚伪的黑羊的アイム而去，同时アサキム又将クロウ称为摇摆的天平，并期待着クロウ的觉醒。
-战后剧情-
アイム、アサキム以及インペリウム之间一定存在某种联系，不过就眼下而言，ZEUTH众还是先在ZEXIS的保护下比较好。クロウ就刚才アポロ的及时搭救表示感谢，不过アポロ只要求回报一顿饱饭就行了。说到这里不動司令又不见了，但这个大叔是完全不用担心的。クロウ则在思考为什么マルグリット会阻止他杀掉MD，难道MD对她有什么特殊意义吗，而她自称来自于インサラウム，那想必敌人的背后还有更大的组织。
（地点：ブリタニア联盟/纽约国联总部）
SMS小队和ソレスタルビーイング正在向欧洲移动，エルガン指示我方所有部队要趁着会谈的间隙会合到一起再组成ZEXIS，而ZEUTH的成员需要充分给予他们自由。在吩咐完事情后，アサキム来到了エルガン跟前，并称他也是被诅咒的流浪者。这个时候传来ブリタニア联盟的オーバーフラッグス基地受到ガンダム袭击的消息……
エイフマン教授发现了ソレスタルビーイング那些ガンダム的动力就是来自于トポロジカルディフェクト，这种动力的制造至少要200年以上的时间，而生产环境是在木星。120年前进行过对木星的载人探索计划，那些ガンダム就是那个时候开始开发的。但是她还没来得及说出イオリア的真正目的就被新出现的ガンダム所杀害。グラハム带领ブリタニア联盟的部队与他们交战，但是他的一个手下ハワード却被ミハエル所杀，之后ヨハン3人大量散布GN粒子并离开了这里。
（地点：AEU/法国巴黎リニアトレイン公团）
アレハンドロ那边也获知了オーバーフラッグス基地的事情，而失去了那里ブリタニア联盟就要直面インペリウム的攻势，这样他们所讨厌的エルガン就要和北美东海岸一起灰飞烟灭了。而他们这里的シュナイゼル就要完成カンボシア的开发，有了这个巨大要塞就可以跟インペリウム一战。
选择前往11区
-前言-
ウズメ计划就是发生在リモネシア共和国打开平行世界之门的巨大时空震动。而且名为ガイオウ的次元兽统帅者、破界之王宣称世界已经变成了他的竞技场。没有人知道他所说的话将意味着什么，即使ガイオウ自己也不知道后果是什么。
这个事件被称为大灾变，以这个事件为契机世界又迎来了混沌。新帝国インペリウム所引发的战火在蔓延。恐惧且愤怒，但是最终屈从于他们的一方，以及在沉寂中暗暗下定新的决心的人们。
在巨大的暴力狂风席卷的世界中，人们除了选择变强没有其他的出路……
第24話 ナリタ攻防戦
-战前剧情-
（地点：太平洋）
打倒了WLF后ゼロ就要脱离ZEXIS，回去继续他们解放11区的事业，而ソレスタルビーイング也有着和他们一样的想法。SMS小队也决定返回宇宙，只有月光号一行愿意继续执行エルガン的命令。就这样ZEXIS又分成了3个部队，クウロ又要选择跟从的部队，大家期待在再次会面后形势能有所好转。
アクシオン财团内部现在开始混乱，不过トライア表示会和那个死有钱人斗争到底，她将着手研究那个新种次元兽的资料，并用这个强化ブラスタ。至于クロウ的债务现在剩下49万，而他接下来就是选择前往目的地了。（选择：国連に引き続き協力する/宇宙に上がる/エリア11へ向かう）
（地点：太平洋）
インペリウム也发现了ZEXIS的解散，他们现在将继续监视我方的行动并派遣部队，而主要目标是那些从其他世界过来的流浪者。
（地点：11区/トウキョウ租界アッシュフォード学园）
假借留学之名的ルルーシュ回来了，而在他不在的这段时间里都是C.C.在照顾ナナリー。C.C.跟ルルーシュ一样坚持保守着自己的秘密，ルルーシュ还是弄不清楚她的底细。
（地点：11区/シンジュクゲットー）
キリコ他们也回到了黑市，其他几个殖民卫星的人也跟了过来。五飛对ゼロ的真实目的抱有怀疑，但是随后ゼロ亲自过来说明他的想法，这样暂时打消了大家的疑虑。随后作为参谋的ディートハルト分析了11区现在的局势，新总督コーネリア借口インペリウム的出现而颁布了戒严令，并顺手一起把抵抗组织消灭，眼下除了日本解放阵线外已经没有别的组织能够活动。而WLF失败后，他们大多跟从于当年极东事变后唯一获得严岛胜利的藤堂，但是他现在被困于ナリタ的山区。コーネリア为了攻下那里，已经从本国调来了部队。藤堂要是失败日本解放阵线也就不攻自破，于是ゼロ决定出手帮助藤堂，并设法说服他加入黑骑士团。虽然这将导致我方实力的严重消耗，但是ゼロ表示他自有办法。
（地点：11区/トウキョウ租界アッシュフォード学园）
ルルーシュ回到了学校，スザク最近也很忙，都没时间来学校，カレン也是很长时间都没来学校。
沙慈来ルルーシュ家送披萨里，但是却遇到了C.C.，这个神秘的少女让沙慈完全摸不着头脑。
敌全灭。（コーネリア增援后取消）
击坠グロースター(コーネリア)。（コーネリア增援后改）
失败条件藤堂被击坠。（ゼロ增援后取消）
藤堂或者ゼロ被击坠。（ゼロ增援后改）
SR取得条件第5回合以内敌全灭。（コーネリア增援后取消）
第5回合以内先消灭其他所有敌人，最后再击坠グロースター(コーネリア)。（コーネリア增援后改）
我方初期配置月下（藤堂）
我方增援[第2回合我方行动开始]
無頼(ゼロ)（ゼロ）
自选9机
[击坠初期敌人3机后或第4回合我方行动开始]
紅蓮弐式（カレン）
开始虽然只有藤堂1机，但是第2回合我方部队就在地图上方增援。之后コーネリア的部队在地图下方出现，而カレン是在地图的右下，这个时候她正在敌人的包围圈里，要注意她的安全，如果能改几段EN和装甲配合铁壁的话拿SR就更容易些。
战场地图-战斗剧情-
藤堂一行已经被逼到绝地，在从本国请来的グラハム协助下，日本解放阵线的失败只是时间问题。而在就作战的同时，バトレー带人把代号R的资料全部销毁，以防落入到抵抗组织手中。就在这个时候ゼロ带人杀到了，经过ゼロ的说服，藤堂所部同意与黑骑士团会合，随后一起与コーネリア的部队正面交战。
而看见ゼロ的部队出现后，コーネリア的本队也杀了过来，敌我实力的差距实在是太大了，现在也唯有期望奇迹的发生。但是这些都在ゼロ的安排下，他早就让カレン在一旁趁这个时机引发地震。コーネリア的部队大多都在地下水的会合点的上方，地下水受到震动后产生了高压蒸汽，冲出地面后将这些部队全部消灭。现在コーネリア剩下的部队已经不多，但也只有硬着头皮战到底了。
最后当然是コーネリア失败，就在她要逃跑的时候，ゼロ却追上去要将军。然而最关键的时候スザク赶过来，他将ゼロ击破并救下了コーネリア。而就在ゼロ倒地的同时，C.C.却突然出现在这里，她阻止了スザク要杀ゼロ的行动。スザク突然看到了大量的恐怖场景，他开始向四周胡乱开枪，而ゼロ和C.C.就这样一起落入了地下水中。在打倒总督之前，我方还是得先找到ゼロ，大家连忙后退。
-战后剧情-
现在怎么看C.C.都不是普通人，而C.C.除了自己的名字，其他全都不记得，这次也是他们第一次如此深切地交流。
由于ユーフェミア及时派遣スザク来到，コーネリア终于平安返回，但是从此都不能小看ゼロ了。
（地点：11区/トウキョウ租界アッシュフォード学园）
然而这边却出了事故，一直暗恋着ルルーシュ的シャーリー的父亲却死于ナリタ的地震中，シャーリー现在非常憎恨ゼロ，这让ルルーシュ也非常难过。
第25話 絆
-战前剧情-
（地点：11区/フジサン）
エルガン和キョウト的桐原取得了联系，并告诉他现在黑骑士团已经成为了11区最大的抵抗组织。桐原从エルガン那里获得事情的真相，并按照他的委托在暗中帮助ゼロ他们。为了全体人类的未来，ゼロ的力量是必须的。
（地点：11区/トウキョウ租界）
大家都来参加シャーリー父亲的葬礼，ルルーシュ更是不知道要如何面对自己……
（地点：11区/シンジュクゲットー）
为了ゼロ的奇迹死了太多的人，カトル等人都对他起了怀疑。但是话说回来，这次行动也大大推进了11区的解放运动，而且ZEIXS也需要像他这样的战略家。如果他要有什么不轨，那时候大家就一起去阻止他。就在大家谈论的时候，キリコ还在想那个一直在追击他的女人。
ブリタニア联盟政府给这里的治安警察下了命令剿灭黑骑士团，于是那名女子又被派往去消灭キリコ，但是她表示了拒绝，不过在得到了他们不会杀死キリコ的承诺后，她最终还是同意作战。这个女人就是ボロー他们从小行星リド上抢来的ギルガメス军的最高机密、完美士兵PS第一号素体。但是号称完全服从命令的PS竟然会做出拒绝的回答，而在她的脑内深处发现了潜在的意识，而那个意识就是对于キリコ的认识，那正是因为キリコ当初与这个素体的接触所引起的。现在他们这边的活动也要加快步伐，ギルガメス军的间谍已经潜入了这一地区。
ヴィレッタ把シャーリー带到这里的公园，向她盘问有没有什么人会是ゼロ的嫌疑犯，并且拿出了ルルーシュ的照片询问，之后又安排シャーリー回去暗中调查。
敌全灭。（ブルーティッシュドッグ增援后取消）
击坠ブルーティッシュドッグ。（ブルーティッシュドッグ增援后改，击坠ブルーティッシュドッグ后取消）
击坠ランスロット。（击坠ブルーティッシュドッグ后改）
失败条件ゼロ或者キリコ被击坠。（キリコ撤退后取消）
ゼロ被击坠。（キリコ撤退后改）
SR取得条件第5回合我方回合以内敌全灭。（ランスロット增援后取消）
第5回合我方回合以内先消灭其他所有敌人，最后再击坠ランスロット。（ランスロット增援后改）
我方初期配置無頼(ゼロ)（ゼロ）
スコープドッグ(キリコ)（キリコ）（击坠ブルーティッシュドッグ后撤退）
自选10机
开始还是尽快杀敌，ブルーティッシュドッグ在左下出现，击坠之后キリコ撤退，所以在那以前要把キリコ用尽。ランスロット出现在右上，除了它以外都是杂兵，只要站位好SR没什么问题。
战场地图-战斗剧情-
我方也得到了治安警察要杀过来的消息，所以立刻出兵应对，然而カレン却有些迷惑。ゼロ告诉她为了取得最后的胜利必然会有人牺牲，但是牺牲者的血是不会白流。而ゼロ也知道上次一战后ガンダム的驾驶员们对他已经起了怀疑，所以就让キリコ贴身保护他。
然而没多会那台红色的AT就又出现了，虽然ゼロ下了命令让キリコ不要随便行动，但是当那个女的准备撤退之后，キリコ还是追了过去，而就在同时他们脚下的地面塌陷了，他们都落了下去。这时候在另一边スザク带领援军赶到，现在只能暂缓去救キリコ，先把身后的这拨敌人解决掉。
ゼロ下令全力解决掉驾驶白色机体的人，但却被这台机体给击伤，ゼロ的机体失去控制一头撞向一旁的深坑。此时大量的敌人部队又前来增援，我方只有边打边救人了。
-战后剧情-
キリコ和那名女子终于见了面，也终于可以确认这个女子就是他在リド上见的那位女子。那位神秘女子也不知道现在要说什么，她就是不能杀死キリコ，而且她也不知道别人研究她的原因。这时候治安警察聚拢了过来，キリコ不得不再次匆匆离去。不过可以确认，这个女人并不是敌人。
另一边ゼロ落到了シャーリー所在公园的附近，这时候他的面具掉了下来露出了真面目。这个场景正好被シャーリー和ヴィレッタ看见，ヴィレッタ上前就要结果掉ルルーシュ，但是シャーリー这时候却向ヴィレッタ开了枪。
第26話 ギアス対ギアス
-战前剧情-
（地点：11区/シンジュクゲットー）
扇把受伤了的ヴィレッタ救了回来，然而这时候ヴィレッタ却失去了记忆，连自己是谁都不记得了。
（地点：11区/トウキョウ租界アッシュフォード学园）
ルルーシュ回到了学校，先回来一步的スザク在学生会养起了猫。シャーリー把自己关在房间里不肯出来，ルルーシュ说就让他一个人呆一会。スザク坚决不能允许黑骑士团的所做所为，但是リリーナ却在反省ブリタニア联盟到底给11区人带来了什么。看到话题走了味，ミレイ会长连忙把大家支开。另外リリーナ打算去见ユーフェミア，希望从她那里获得回答。
当时是C.C.把ルルーシュ带了回来，但是她也不知道到底发生了什么，只看见附近有血迹。为弄清真相，ルルーシュ对シャーリー的女仆使用了ギアス，让她随时报告シャーリー的动向，现在来了消息，シャーリー前往了ナリタ，于是ルルーシュ一个人前往了那里。
（地点：11区/ナリタ山区）
シャーリー来到慰灵碑这里，她无法接受ルルーシュ就是ゼロ的事实，而这时一个叫マオ的男子走了过来，而他竟然也知道ルルーシ就是ゼロ的事情。他不停地用话语刺激シャーリー，就在这时候ルルーシュ赶了过来，但是这个男人仿佛可以读出ルルーシュ心思似的。他随后表明了自己也是个ギアス能力者，他的能力正是读取对方的心思。マオ让シャーリー出手杀掉ルルーシュ，内心极度不安定的シャーリー开始犹豫起来。而此时C.C.突然来到，她认出マオ就是11年前获得增强ギアス的人，并且他的能力是读出方圆500米范围里人的心思，除了C.C.以外别人无法不让他读取。为了对抗他，ルルーシュ向C.C.要求获得增强的ギアス，但是C.C.却有点犹豫了。C.C.向マオ开了枪，但是却没射中他，随后她和マオ一同离开。接着シャーリー走到ルルーシュ跟前，ルルーシュ对她使用了ギアス……
胜利条件敌全灭。（ゼロ增援后取消）
ゼロ登场后5回合以内敌全灭。（ゼロ增援后改）
失败条件我方全灭。（ゼロ增援后取消）
ゼロ被击坠。（ゼロ增援后改）
ゼロ登场后经过5回合。（ゼロ增援后追加）
SR取得条件第3回合以内敌全灭。
我方初期配置自选11机
我方增援[第2回合我方行动开始]
無頼(ゼロ)（ゼロ）
本话敌人没有增援，第2回合增援的ゼロ又不能行动，所以全靠开始那几机。而且ゼロ增援的位置就是战场最前线，要保住他的性命可是挺麻烦的，而且他又不能反击，所以真的不能让敌人靠近他。
战场地图-战斗剧情-
ブリタニア联盟的部队又杀了过来，我方留守的人全部出战，但是ゼロ却不在。好在这时候藤堂起了作用，率领大家进行反击。
没多久ゼロ赶了回来，可这时候マオ打来电话，说他已经控制了C.C.，1小时后就将解决掉她。为了找出对方的所在，ルルーシュ只好不动设法在附近发现他的行踪，最后ルルーシュ选定了战场的中心作为停留的位置，因为那里能留给マオ的安全范围非常小，这样他就无法接近。时间只有5分钟一定要在这个时间里消灭所有敌人，这对黑骑士团是个挑战。
这次战斗中击破了ランスロット的驾驶舱，大家终于发现它的驾驶者就是スザク。スザク坚持自己的道路不肯就范，然而正因为这个藤堂放走了他。可是スザク却驾驶机体冲向了ゼロ，他要以自己为代价消灭ゼロ结束战争。这时候机体的开发人ロイド发来通讯制止スザク，因为这台机体是决不可以失去的，于是スザク只能撤退，但是知道自己的友人又在与自己为敌后ルルーシュ心里很不是滋味。
击败了所有敌人，ゼロ马上让扇呼叫一名团员。这时候时间也快到了，ルルーシュ打电话给マオ，要他放走C.C.，同时他说出他知道上次谈话的时候C.C.告诉他真名的事情。这让マオ完全不能接受，而就在マオ分神的这短短时间里，ルルーシュ找到了他的所在，这个地方就是在这附近别人绝对不会来的地方，那就是他和C.C.定下契约的地方。之前的电话完全是录音，就是为了让他分神。マオ这时候已经疯狂了，他用スザク的事情来刺激ルルーシュ，于是愤怒的ルルーシュ下令中了他的ギアス的治安警察开枪将マオ打死。不管怎么说这次的危机度过了，多亏了大家是朋友呢。
-战后剧情-
这次是ルルーシュ救了C.C.，他向C.C.询问マオ的事情。マオ在6岁的时候就获得了ギアス，但是C.C.赋予ルルーシュ的能力是不同的。
（地点：11区/ナリタ山区）
ルルーシュ又来到了这里见了シャーリー，シャーリー已经不记得他就是ゼロ的事情。而这时候ミレイ打来电话，说ユーフェミア要封スザク为她的骑士，明天就要举办庆祝会，所以他们要尽快返回学校。
（地点：11区/トウキョウ租界ブリタニア政厅）
リリーナ来这里见了ユーフェミア，而同时マリナ也来到这里……
第27話 神の島
-战前剧情-
（地点：11区/トウキョウ租界ブリタニア政厅）
ユーフェミア坚持要スザク做自己的骑士，コーネリア见无法阻止，也就只好默认。目前最需要解决的是国内的叛乱分子，而这次首先要去式根岛接人。
（地点：11区/トウキョウ租界アッシュフォード学园）
总之リリーナ与她们的会面最后也只是谈了些家常，但是可以确定那两个人也是要谋取世界和平的。虽然说今天要举行庆祝会，但是スザク却忙的没时间来学校。
（地点：11区/シンジュクゲットー）
インペリウム沿路破坏着世界的格局，一个国家在遭受インペリウム的攻击后很可能接下就要面对邻国的入侵。インペリウム将改变世界的格局，而3大国家也不会急着插手，他们将保持自己的利益最大化，能够阻止事态蔓延的只有ZEXIS的其他同伴们了。此外大灾变发生后ZEXIS也得到了来自另一个世界的ZEUTH们的帮助，他们正被我方其他同伴的部队保护着。エルガン也在谋划重新组成ZEXIS，但是ゼロ表示黑骑士团不会再回应，因为他的目的就是解放11区，只有这个日本复国了，他们才会去对付世界的敌人。接下来ディートハルト提出了刺杀スザク的方案，这样可以打击那些投靠ブリタニア联盟的日本人，但是大部分人都反对暗杀这种行为，最终ゼロ也表示反对。现在听说ユーフェミア和他一起去式根岛迎接从本国来的贵族，ゼロ决定趁这个机会去说服他，不行就把他抓回来。这时候为ゼロ他们开发机体的ラクシャータ来到这里，她为抓获那台KMF提出了意见。
胜利条件敌全灭。（パールネイル增援后取消）
击坠パールネイル。（パールネイル增援后改）
失败条件我方任一机被击坠。（我方增援后取消）
アサキム、ゼロ、スザク、クロウ任一被击坠。（我方增援后追加，パールネイル增援后取消）
アサキム、ゼロ、スザク任一被击坠。（パールネイル增援后改）
SR取得条件击坠次元獣ライノダモンMD，次元獣ライノダモンMD第4回合开始撤退。
我方初期配置ガウェイン（ゼロ）
紅蓮弐式（カレン）
ランスロット（スザク）
シュロウガ（アサキム）
[击坠初期敌人2机后或与次元獣ライノダモンMD战斗后或第2回合我方行动开始]
ブラスタ（クロウ）
自选9机
虽然MD还是在3回合以后就会跑，所以一开始要对着它猛攻，但这条路线没有血量限制。我方增援出现在地图左侧，登场后只有2回合的时间去攻击MD，不过第2回合MD会向主角方向移动过来，可以好好利用这点。剧情后主角会移动到MD旁边，HP减半，同时パールネイル在MD出现的位置增援。击坠マルグリット就过关了，所以暂时放置她。
战场地图-战斗剧情-
藤堂带领主力在式根岛中央和ブリタニア联盟的部队正在交战，而カレン正在引诱スザク来到指定的地点。随后スザク就来到了这里，在见到ゼロ后他立刻就杀了过来，但是ゼロ使用了ゲフィオンディスターバー将ランスロット的动力停止，スザク没有办法只能束手就擒。ゼロ再次出面说服スザク加入，但是这时候外面发来通讯，有导弹正射向这里，而スザク看准这个机会上前一把抓住ゼロ。スザク要和ゼロ同归于尽，而这时候ユーフェミア赶来要他住手，但是时间已经来不及了，ルルーシュ只能强制给スザク下了活下去的命令。
（地点：11区/神根岛）
虽然免于受到导弹攻击但是ゼロ被卷入到时空震动后来到这里的岸边，而第一个发现他的人就是ユーフェミア，ユーフェミア已经感觉到ゼロ就是ルルーシュ，于是ルルーシュ也就拿下了面具。
（地点：11区/式根岛）
シュナイゼル来到了这里，目前ユーフェミア和スザク都下落不明，但是在周围发现了他们机体的碎片，可见是被卷入了时空震动中，估计是到了附近的神根岛上，而シュナイゼル对此自有安排。
（地点：11区/神根岛）
カレン和スザク在一起，スザク也终于发现自己了的同学就是抵抗组织的人。スザク要カレン退出黑骑士团，カレン当然是不会答应，不过现在不是争论这个时候，还是先找到回去的路比较好。
早在人质危机的时候ユーフェミア就感觉ゼロ就是ルルーシュ，ユーフェミア劝说ルルーシュ要为和平着想，但即使这样ルルーシュ还是要和ブリタニア联盟作战。11区问题的根源就在于ブリタニア联盟对各地区之间的差别对待，只有大家互相理解才能避免悲剧的持续。
ルルーシュ表示他一定要スザク过来帮助他，而就在他们说话的时候カレン和スザク正好也来到这里，而就在他们纠结谁先交出对方的人的时候时空震动又发生了。
シュナイゼル此行是来查看クロヴィス正在发掘中的地下遗迹的，同时为对抗世界上的各种威胁，ロイド也开发了新机ガウェイン，而这台机体正是使用了这里的技术。正在他们说话的时候アサキム来到这里，而另一边跟着他出现就是アイム，这两个人直接就对上了。就在同时ゼロ他们也直接跳跃到了这里，周围立刻就混乱了起来，这正是アイム干的好事。
アサキム叫来机体，而アイム发动时空震动叫来了次元兽。此时ゼロ抢了ガウェイン驾驶出来，他发现这台机体正好适合他来驾驶，而突然他发现C.C.也在附近，就这样C.C.也登上了机体，而アサキム称呼C.C.为彷徨在无限狱的罪人。此时カレン和スザク也杀了出来，不过现在并不是解决私人恩怨的时候，大群次元兽正在大家的面前，先对付敌人要紧。
黑骑士团的其他人很快也杀了过来，而且クロウ还发现了他的猎物，那只白色的MD又出现了。
最终又压制住了那头MD，但就在クロウ要上去结果掉他的时候，突然冲出来一架机体攻击向クロウ，インサラウム的マルグリット出现了。想不到次元兽那边还有人类的同伙，而后MD趁这个机会又逃了。
最终我方击退了所有次元兽和マルグリット，而后アイム也离开了这里，至于アサキム又追着他称之为虚伪的黑羊的アイム而去，同时アサキム又将クロウ称为摇摆的天平，并期待着クロウ的觉醒。战况如此混乱，我方也不宜多留，大家立刻离开了这里，只有スザク留了下来，而临走前ゼロ表达了对ユーフェミア的信任。但是事后由于违反了军规，スザク又被逮捕了。
-战后剧情-
（地点：11区/シンジュクゲットー）
由于之前的战斗，ゼロ重新评估了インペリウム的威胁性，做出再次参加ZEXIS的决定，而且这样也可以向全世界展示日本人的存在。于是ディートハルト作为后方留守维持工作，而这次C.C.也要一起过来，而且这次离开也是为了给ユーフェミア以足够的时间。クロウ则在思考为什么マルグリット会阻止他杀掉MD，难道MD对她有什么特殊意义吗，而她自称来自于インサラウム，那想必敌人的背后还有更大的组织。
（地点：11区/トウキョウ租界ブリタニア政厅）
ユーフェミア去向シュナイゼル求情，但是由于之前的行为和这次在导弹发射后做出的取消指示，スザク被处罚前往最危险的前线，而ユーフェミア在听说了黑骑士团参加了ZEXIS的消息后，也就决定把スザク送去ZEXIS。
（地点：ブリタニア联盟/纽约国联总部）
黑骑士团会合后也开始前往欧洲，インペリウム提出要和エルガン会谈，エルガン已经答应了他们。在会谈期间不要去过度刺激他们，而我方几支部队趁这个机会会合再度结成ZEXIS，而ZEUTH的成员需要充分给予他们自由。在吩咐完事情后，アサキム来到了エルガン跟前，并称他也是被诅咒的流浪者。这个时候传来ブリタニア联盟的オーバーフラッグス基地受到ガンダム袭击的消息……
エイフマン教授发现了ソレスタルビーイング那些ガンダム的动力就是来自于トポロジカルディフェクト，这种动力的制造至少要200年以上的时间，而生产环境是在木星。120年前进行过对木星的载人探索计划，那些ガンダム就是那个时候开始开发的。但是她还没来得及说出イオリア的真正目的就被新出现的ガンダム所杀害。グラハム带领ブリタニア联盟的部队与他们交战，但是他的一个手下ハワード却被ミハエル所杀，之后ヨハン3人大量散布GN粒子并离开了这里。
（地点：AEU/法国巴黎リニアトレイン公团）
アレハンドロ那边也获知了オーバーフラッグス基地的事情，而失去了那里ブリタニア联盟就要直面インペリウム的攻势，这样他们所讨厌的エルガン就要和北美东海岸一起灰飞烟灭了。而他们这里的シュナイゼル就要完成カンボシア的开发，有了这个巨大要塞就可以跟インペリウム一战。
第28話 放浪のZEUTH
-战前剧情-
（地点：波罗的海）
分散在这个世界各地的ZEUTH会合了，大家来到这里的遭遇同样都不可思意。一方面没想到在这个世界也能够发动ガンダムDX的サテライトキャノン，另一方面又在黑暗大陆发现其他与兽人作战的人类。至于那新出现的3机ガンダム则是ソレスタルビーイング的别动队トリニティ，他们在协助那台红色的R-ダイガン，而且目前是在独立行动的激进份子。此外在宇宙里发现了バジュラ，这种拥有フォールド跳跃能力的生物可以自行穿梭于不同世界间，SMS小队也受到了フロンティア船团政府的怀疑。ゼロ那边收入了藤堂一行，他自己也带着C.C.获得了新的机体，但是这个ゼロ的面具太像黑色カリスマ了。言归正传，现在最大的问题是威胁所有势力的インペリウム，此外还有怎么对待ZEUTN。
ZEUTH并没有同意留下，而是决定自己组织起来，不过没有领导人的他们将要怎么作战就成了问题。
敌全灭。
失败条件我方任一机被击坠。（我方战舰增援后取消）
我方战舰被击坠。（我方战舰增援后改）
SR取得条件第3回合以内过关。
我方初期配置ザンボット3（勝平）
キングゲイナー（ゲイナー）
ウォーカーギャリア（ジロン）
ガンダムDX（ガロード）
ターンAガンダム（ロラン）
オーガス（桂）
Zガンダム（カミーユ）
ストライクフリーダムガンダム（キラ）
∞ジャスティスガンダム（アスラン）
デスティニーガンダム（シン）
ソルグラヴィオン（斗牙）
ソーラーアクエリオン（アポロ）
[与キングダンX10战斗后或击坠初期敌人2机后或第2回合我方行动开始]
ファイナルダンクーガ（忍）（我方战舰增援后撤退）
[击坠初期敌人6机后或ファイナルダンクーガ增援后下一回合我方行动开始]
マクロス·クォーター要塞艦型（ジェフリー）
プトレマイオス（スメラギ）
月光号（タルホ）
自选5机
上来我方全体气力+20，直接向着敌人冲杀过去，尽快把我方增援都给弄出来。ファイナルダンクーガ出现在地图右上，由于我方战舰一来他们就跑了，所以尽可能的让他们冲。剧情后キラ和アスラン会移动到地图中央，同时武器追加合体技。次元獣出现在地图左下，不过里面没有强的品种，很容易消灭。
战场地图-战斗剧情-
正当ZEUTH准备独自行动的时候，AEU的部队找上了他们，パトリック打算借保护之名将ZEUTH看管起来，在被拒绝后就向ZEUTH发动了攻击。结果这群部队又被机械兽部队所袭击，パトリック只得带队离开，于是ZEUTH就和あしゅら男爵打了起来。就在作战的时候，又出现一台ダンクーガ，忍他们兽战机队过来支援ZEUTH作战。
可不多会，次元兽又出现了。一接战前面有些迷茫的アスラン就要上去和敌人单挑，但是被キラ劝止了，他们两人一起爆种上前攻击，瞬间就打败了最强的一只敌人，但是它还没有立刻死去，这时候シン补上了最后一枪。而后ZEXIS也赶来了，看来要在这个世界里自由活动没ZEXIS还真是不行的。至于忍他们自称是和ZEUTH相同遭遇的人，不过没多说几句他们就离开了这里。
在ZEUTH和ZEXIS的合作下，这两方面敌人都被消灭，而ZEUTH们最终也同意留下。
-战后剧情-
ZEUTH们明白现在离开了ZEXIS他们也无法作战，于是他们也就留在这个世界中与人类的敌人们战斗，ZEXIS在时空震动之后也终于迎来了好的事情。
（地点：ブリタニア联盟/纽约国联总部）
エルガン与シオニー开始展开谈判，ドーリアン也在旁边……
第29話 反撃の狼煙
-战前剧情-
（地点：ブリタニア联盟/纽约国联总部）
エルガン和ドーリアン陈述了现在国联还未承认インペリウム的情况，并要求他们遵守国际准则。看到自己的主张无法被接受，シオニー终止了谈判，并宣布将向ブリタニア联盟发动进攻，会把这个大陆的10%化作废墟。面对シオニー的军事压力，エルガン不得不为自己以前的恫吓行为向シオニー道歉。然而正在这个节骨眼上ガイオウ闯入了会场，他根本就没有想过要谈什么，直接把シオニー喝退了。为了能够直接解决インペリウム的问题，エルガン向ガイオウ开了枪，但这当然不能伤到对方分毫。这样双方就互相发表宣战通告，而インペリウム的第一个目标就是AEU的サンク王国。
（地点：AEU/法国巴黎OZ总部）
在获知インペリウム的动向后，AEU高层决定放弃サンク王国的首都，在与ブリタニア联盟的2皇子シュナイゼル通话后，トレーズ接着与先来到这个世界的アムロ与クワトロ交谈。虽然AEU高层作出了不出兵的决议，但是トレーズ自己决定要派支援，而且ZEXIS应该会赶来。
（地点：东欧中部）
グレート·アクシオン进入了サンク王国的领土，而在这艘船上还有ベック和ロジャー，他们为了能回去而和アイム合作。
胜利条件敌全灭（除グレート·アクシオン以外）。
失败条件我方战舰被击坠。
クロウ被击坠。（クロウ撤退后取消）
SR取得条件第5回合以内グレート·アクシオン以外敌人全灭。
我方初期配置マクロス·クォーター要塞艦型（ジェフリー）
プトレマイオス（スメラギ）
月光号（タルホ）
ブラスタ（クロウ）（敌方增援后撤退）
自选14机
[与グレート·アクシオン战斗后或击坠次元獣ディノダモン后或击坠初期敌人8机后或第3回合我方行动开始]
ビッグオー（ロジャー）
ベック·ザ·グレートRX3（ベック）
[击坠エメラルダン或者パールネイル后或击坠初期敌人11机后]
トールギス（ゼクス）
ランスロット·エアキャバルリー（スザク）
グレート·アクシオン每回合铁壁+防御，要SR的就不用管它了。第7回合强制过关，别想着拖久了。开始就往右上冲，主要是为了把水里的次元獣都给引出来。敌人增援的同时クロウ退场，所以开始要尽量多使用他。マルグリット出现在地图下方，シュバル是会来到主角身旁的，ロジャー和ベック在地图上方增援，ゼクス和スザク出现在地图下方。本话有ロジャー在场上，被击破后不用付修理费。
战场地图-战斗剧情-
サンク王国的首都已经空无一人，但是ZEXIS还是杀了过来，敌人就是当时在リモネシア除了ガイオウ以外的部队，今天就是大家的反击。
然而インペリウム还留有一手，シュバル和マルグリット出击，并找上了クロウ。クロウ的机体被击破，就在我方危急的时候ロジャー突然叫来了ビッグオー支援向我方，ベック他们也跟着出击，アイム这次被摆了一道。随后大家赶快先把クロウ给救了回来，他伤的很重要马上给予治疗。就在我方陷入苦战的时候，ゼクス和スザク赶来增援，并且他们都愿意与ZEXIS合作。
一场恶战之后，インペリウム的外围部队全灭，ガイオウ选择了暂时退避，他期待着我方变得更强后再和他交手。アイム临走前也没忘惩罚一下欺骗他的人，他把ベック的机体给炸了。不管怎么说这次我方是胜了，战斗结束后ゼクス就离开了这里，スザク则决定加入ZEXIS，而在AEU部队赶来坏事前我方决定先行离开这里。
-战后剧情-
（地点：波罗的海）
インペリウム离开后ガイオウ就没出过门，不过マルグリット开始对アイム的命令有所怀疑，于是自诩为忠臣的シュバル开始张牙舞爪起来。随后アイム又对マルグリット下了一道命令，去取クロウ的性命。アイム要把スフィア的力量留给自己，绝对不会让アサキム取得。
（地点：大西洋）
スザク的加入让我方不知怎么对待才好，而且这次连ランスロット的开发人员也一同来到，ロイド说明这是因为上次作战中スザク犯了错误，ユーフェミア副总督对他作出的惩罚。ゼロ接受了スザク的加入，但是提防着他获知自己的真实身份。
今天与インペリウム一战后我方终于扬眉吐气了，此外ZEXIS和ZEUTH的队员之间还需要磨合。对于突然的转移事件，ロジャー认为可能是由于ZEUTH以前成为过奇点，也就是那次破碎世界的影响，这或许就是アイム所说的烙印。目前只有和这里已经存在且相同的人或是像マリン这种离开的人没有被转移过来，或许这就是事件的关联。
第30話 ストレート·フルクラム
-战前剧情-
（地点：大西洋）
刹那被派来监视スザク，而随后拥来的一大群人让他感受到了ZEXIS的氛围，大家簇拥着スザク走进休息室，只剩下刹那和ヒイロ两个个人在那里对眼。
クロウ恢复的很快，但是严重损坏的ブラスタ在没有开发人员帮助的情况下无法修复，为此我方正在前往ブリタニア联盟，希望能够在スコート实验室修复这台机体。
（地点：ブリタニア联盟/スコート实验室）
クロウ独自来到了スコート实验室，不过这里因为受到杀人武器的威胁很多研究人员都逃跑了，但是トライア依然坚守着在研究VX系统。这次的报酬是50万G，还完欠债后还多出来1万G，也就是说クロウ已经是自由身了。但是听说现在研究经费困难，クロウ就把自己的钱给了トライア，希望她能够完成ブラスタ的开发。
之后クロウ去见了エスター，目前为止他还没有能够打倒MD。但是エスター表明她恨的并非是MD，而是MD身后的インペリウム，她的家人和朋友都是死在了インペリウム的手上。于是クロウ表示，总有一天他会彻底打败了インペリウム。就在这时候紧急警报响起，或许クロウ的行踪被敌人发现了。
敌全灭。（アリエティス增援后取消）
击坠次元獣ライノダモンMD。（アリエティス增援后改）
失败条件クロウ被击坠。
我方战舰被击坠。（我方增援后追加）
SR取得条件击坠アリエティス，アリエティス在HP10000以下撤退。（アリエティス增援后出现）
我方初期配置アクシオ（クロウ）（アリエティス增援后换机）
我方增援[击坠パールネイル或者次元獣ライノダモンMD后或击坠初期敌人4机后或第3回合我方行动开始]
月光号（タルホ）
ブラスタ（クロウ）
自选10机
记住开场ゼニトリー说话的那个路口，主角换机后走到这个格子待机可以获得スーパーリペアキット。开场只有主角驾驶的杂兵机，不过这台机体是继承改造的。第3回合发生剧情，主角换机，敌人在还左下增援，我方增援出现在右下。如果开场直接击坠MD和マルグリット之一直接发生上述剧情，而此时击坠MD后它会恢复1/3的HP，这时候胜利条件才会变更从而不会直接胜利。剧情后主角会移动到研究所下方并且SP全恢复气力200，マルグリット撤退。而MD在主角身旁，击坠MD就过关，所以要放置。アイム会追着主角打，很容易就能和他交战，他在HP10000以下撤退，不过很容易打掉。
战场地图-战斗剧情-
マルグリット杀到了芝加哥，她的目标就是来杀掉他。此时クロウ驾驶出一台アクシオ来迎战，虽然这台机体名头很长，但是毕竟比不上特机的性能。就在这个关头ブラスタ修复完成了，クロウ正打算返回，却被マルグリット给阻拦下了。这时候エスター驾驶ブラスタ去接应クロウ，在和クロウ接上头后アイム突然也出现在这里。アイム现在要亲手杀掉クロウ，而マルグリット坚持这是她的任务。另一边エスター要掩护クロウ赶紧撤退，但是クロウ表示决不会放弃自己和他人的生命，就在他不再摇摆的时候，VX系统突然启动了。クロウ开动了ブラスタ，而トライア适时送来了强化武器，挡在他前面的マルグリット瞬间被击破。这个时候MD突然冲了过来，掩护住了マルグリット，她才得以脱离战场。但是アイム叫来了更多的次元兽，现在天秤已经觉醒，クロウ有了和アイム一战的资格。
好在我方同伴也赶来了，一场大战后赶跑了アイム，而MD最终也被クロウ消灭，但是完成了エスター的赏金任务后クロウ却高兴不起来。这时候トライア要クロウ先回到实验室，有关VX系统她有几句话要说一下，而我方其他人先行前往国联总部，此时ホランド也渴望获得アイム的力量来创造他们自己的神话。而アサキム也在这里，他也知道了天秤的觉醒，于是要夺取这个力量。
-战后剧情-
这次应该是由于クロウ的愤怒而触发了VX系统，VX启动是与某种脑量子的信号接续有关系，人革联正在研究这种技术，但是具体是什么原因トライア还不是很清楚。由于还有更强大的敌人，所以ブラスタ的强化还要继续进行。听了这话后クロウ就表示要继续担当测试驾驶员，这是他自己选择的道路。但事情远没有那么简单，因为修理和强化，这台机让クロウ又欠下了199万G，所以还债之路还能漫长。不过打倒了MD，エスター向クロウ表示了感谢。由于エスター刚才那一瞬的驾驶，トライア认为由可能他们两人一同驾驶ブラスタ会有更好的效果，所以接下要往那个方向进行研究。
（地点：大西洋）
アイム和マルグリット就这么回去了，而那只被クロウ杀死的MD竟然就是マルグリット的弟弟，アイム故意要引出マルグリット的仇恨，用这个来对付クロウ。
弟弟シェーヌ的死亡让マルグリット非常悲痛……
第31話 対決! マーズとマーグ!
-战前剧情-
ズール皇帝将抓回去的マーグ的记忆全部抹去，然后让他作为自己的战士再度去追杀タケル。
（地点：宇宙空间）
マーグ醒来后已经来到地球圈，他和ロゼ被派来执行毁灭地球任务……
（地点：ブリタニア联盟/纽约）
我方全员都到达了エルガン所指定的某大厦内部，エルガン现身后就向大家说明了现在的情况，眼下是很需要ZEUTH众的协助的，当然ZEUTH也是同意帮助对付这个世界人类的敌人的。这时候大塚长官发来通讯，タケル的母亲被ギシン星的超能力者抓走了。
（地点：日本/伊豆半岛）
按照约定，タケル一个人来到了约定地点。ロゼ要タケル投降，然后就能放了静子。タケル当然不会投降，于是就和超能力者们开始交战，但是敌人人数众多，タケル的体力消耗很大……
胜利条件敌全灭。
失败条件タケル被击坠。
我方战舰被击坠。（我方增援后追加）
SR取得条件第5回合以内敌全灭。
我方初期配置ゴッドマーズ（タケル）
我方增援[击坠初期敌人4机后或第3回合我方行动开始]
マクロス·クォーター要塞艦型（ジェフリー）
プトレマイオス（スメラギ）
月光号（タルホ）
バルディオス（マリン）
ゴッドシグマ（闘志也）
自选15机
本话需要改造下ゴッドマーズ并强化移动力，开场タケル气力就+50，要SR的就尽快冲上去砍人，第2回合一定要把双方增援都引出来。机械兽部队出现在地图左边，我方增援在下面。マリン和闘志也一来气力就+20。注意本话的マーグ可由タケル说得，并要由他来击破。但是マーグ的战舰4回合后才会向我方移动，所以必须要从一开始就向着マーグ冲过去。
战场地图-战斗剧情-
就在危急的时候，黑金屋的那帮怪人来帮忙了，接着竜馬3人组和カミナ那几个准怪物直接肉身就战翻了敌人。ジャンゴ、ヨーコ、ロックオン、ミシェル、ゲイン这个枪手在远处联手狙击，使得超能力者拉开距离再战的想法也失败了。而后我方人员大量杀了过来，ロゼ只能下令派增援过来，但是增援的运输机还没下降就被キリコ用手枪打了下来。就在那边混乱的时候，マーグ裹挟着静子来到这里。现在的マーグ已经没有之前的记忆，他和タケル交战了起来，随后双方都叫来了机体，为了救回母亲，タケル全力冲了上去。
作为ギシン星的同盟，あしゅら男爵带着机械兽部队杀了过来，好在这时候我方众人也都赶回去开出了机体。此时ロゼ把静子吊在了舰桥外面，现在她的生命就看タケル的抉择。就在大家两难的时候，突然出现了一台机体，バルディオス用亚空间跳跃救出了静子，而后ゴッドシグマ挡住了敌人的攻击，マリン和闘志也一起把静子带回到我方这边，黑金屋的人立刻把她保护了起来，现在タケル就可以全力作战了。
在与マーグ交战中タケル发现了ズール皇帝的精神改造痕迹，于是タケル就要来帮助哥哥恢复记忆。但是就算最终击破了マーグ的战舰，マーグ还是依然没有摆脱精神控制。
-战后剧情-
バルディオス和ゴッドシグマ一直在ドラゴンズハイヴ的保护下，他们这一行本来刚发现了适合S-1星居住的星球，结果在宇宙里发生了时空震动把他们都卷了进去，而且在转移后ギシン星人就袭击了マリン他们。在来到这个世界后，ダンクーガ把他们迎接到ドラゴンズハイヴ。看来田中司令隐瞒了不少东西，有必要回去问清楚他。
但是タケル对于和哥哥交战的事情难以释怀，这时候つばさ过来要他坚定自己的心，无论如何在タケル身上还背负着众多的生命，如果在这件事上迷茫那么谁也救不了。ZEXIS众人准备返回，静子和つばさ则都在期待的自己孩子的成长。
（地点：宇宙空间）
ロゼ因为作战失败，被ズール皇帝命令回来受刑，但是マーグ请求把ロゼ留在自己的身边作战，ズール皇帝破天荒的答应了他的请求，其实这时候マーグ已经对タケル为什么叫他哥哥有所疑问了……
第32話 あばよ、ダチ公…
-战前剧情-
（地点：ブリタニア联盟/纽约国联总部）
エルガン找来スティンガー和コーウェン来研究下周的外来生物对策会，主要是对付インベーダー。但是这两个人不仅关注着インベーダー，还对兽人在俄罗斯东部的大规模集结很感兴趣，这些兽人也是被ゲッター线否定的生物。
（地点：黑暗大陆/王都テッペリン）
ロージェノム面前的敌人不仅有ズール皇帝，还有破界之王，但是他们的首要目标还是处理那100亿猴子的问题。现在4天王之一的チミルフ已经去讨伐螺旋力的拥有者，但是迟早有一天要与那些强者面对面战斗的。
（地点：人革联/中华联邦东部）
我方来到这里被兽人完全破坏的城市，现在ZEXIS得到的指示就是去击退他们。这些天我方连续转战，大家都十分疲劳，但是カミナ似乎有着用不完的精力。此外リーロン发现エウレカ身上似乎有着神奇的地方，不过这个怪叔叔很快被レントン给阻拦下了。シモン很羡慕レントン和エウレカ，但是对于他来说和女孩子交往还太早了些。正在大家吵闹的时候ティンプ带着ヴィラル出现在这里，4天王之一的チミルフ要和我方来场大战。
カミナ接受下敌人的挑战，随后我方开始准备出击，这必定是场苦战，但是已经进入思春期的シモン现在内心充满了迷茫，明天他能否好好的作战呢？
晚上ヨーコ去找カミナ，自从カミナ离开了地下的村子后，他的世界发生了很大的变化，认识了很多朋友。说着说着カミナ和ヨーコ就搂在一起接吻了，而这恰巧被シモン看见了……
击坠ダイガンザン。（击坠ダイガンザン后取消）
击坠ビャコウ。（击坠ダイガンザン后改）
失败条件我方战舰被击坠。
カミナ或者シモン被击坠。
SR取得条件第4回合以内击坠全部敌人过关。
我方初期配置マクロス·クォーター要塞艦型（ジェフリー）
プトレマイオス（スメラギ）
月光号（タルホ）
グレンラガン（シモン）
自选15机
这话还是很赶，上来去全力向敌人冲。インベーダー在地图上下两边增援，尽快把它们引出来的好。注意击坠ダイガンザン后发生剧情，ビャコウ在地图右下出现，已经行动过的グレンラガン会恢复为未行动状态，可以利用这点在最后一回合干掉チミルフ2次，注意剧情后グレンラガン分离不能。
战场地图-战斗剧情-
次日与チミルフ的作战开始，按照カミナ的意思，我方就向着敌人的首脑冲了过去，大红莲团要给敌人点颜色看看。チミルフ开出来的是巨大的战舰，但是カミナ没有丝毫退缩的意思，而是想着要把这个大家伙收到自己的手上。
然而在战斗中，大量的インベーダー也参合了进来，但是和以往一样，这些个インベーダー只攻击我方而对旁边的兽人无动于衷。敌人数量太多了，ヨーコ建议暂时撤退，但是カミナ坚决不肯，而且现在要是撤退的话一定会被敌人在背后掩杀，这样更为不利，只有向前冲一条路可走。此时リーロン解析出了ラガン和别的机体融合的能力，只要把ラガン的系统连接进敌人那个大家伙就能控制它，不过成功与否全看操纵者的精神意志。カミナ是没有问题，但是シモン现在完全不在状态。
很快我方的强硬攻击就击破了ダイガンザン，现在カミナ把シモン的ラガン扔上了ダイガンザン，让他去控制敌人的战舰。但是因为シモン的迷茫，控制并没有成功。这下给了チミルフ翻盘的机会，看到形势危急，カミナ亲自冲上去给了シモン一拳，这下シモン的头脑总算是清醒了。靠着这股信念，ラガン的侵占开始了，但这时候カミナ的グレン被炮火击穿。チミルフ再度驾驶ビャコウ出战，他攻击向グレン，眼看カミナ就要坚持不住了，我方连忙进行掩护炮击。这时候害怕死了的シモン再度犹豫不决，但是カミナ咬着牙跳起来又是给他一拳。最终完全控制了ダイガンザン，而后グレンラガン再度合体，将ビャコウ击破，4天王之一的チミルフ战死，我方奇迹般的获得了胜利。但是驾驶舱里的カミナ全没有了动静，已经混身是血的カミナ含笑离开了人间……
-战后剧情-
“再见了，兄弟……”
“那一天我们失去了最重要的东西……”
第33話 天を突く命
-战前剧情-
（地点：人革联/中华联邦东部）
虽然得到了一艘巨大战舰，却是以カミナ的生命为代价，眼下只能以全力改造这艘ダイガンザン作为对他的纪念。而那天以后シモン一直把自己关在房间里，这种时候还是让他一个人安静一下比较好。
其他人也都很悲痛，尤其是同样面临巨大生命危险的ソレスタルビーイング，介入武力冲突的他们随时也会这样离去，审判的那天迟早会来到的。以这件事为契机，ロックオン和フェルト抱紧在一起，而且ロックオン说出了自己的真名叫做ニール。
葵他们几个也开始讨论起自己为什么选择驾驶ダンクーガノヴァ，与这台机体的相遇改变了他们的命运，为了能和大家在一起所有人都必须坚强地活下去。这时候スメラギ送来聚会的招待信，可能可以见到ドラゴンズハイヴ的老大了。
ホランド则对于完成自己的事情更为专注了，月光号上面的人都要为开拓自己的神话并向他们的源头复仇。
（地点：日本/东京）
シモン他们都没有来参加聚会，不过大家都不能沉湎于悲伤，该高兴起来的时候还是要高兴起来。这次据说ドラゴンズハイヴ的司令官要来见大家，而且连シェリル和ランカ也被请来，听说カミナ的死讯后シェリル也吃了一惊。除此之外还有大明星エイーダ的参加，而且连サンドマン和不動司令、ラクス、ディアナ女王都出现在了这里。
葵他们则被田中司令带去见了ドラゴンズハイヴ的总司令F.S.，F.S.告诉葵他们，如果战胜了R-ダイガン那么ダンクーガノヴァ将发挥出真正的实力，至于ファイナルダンクーガ的存在和マリン他们的事情，F.S.说这都是计划中的一环，不过在他们变强之前这些都是不可以说的。
在会场里刹那遇到了沙慈，リリーナ她们也来到了这里参加聚会。而ジョニー遇到了老客户エイーダ，两人正在为以前发生的不愉快事件挖苦的时候，突然传来ガンダム出现在这里的消息。
（地点：人革联/中华联邦东部）
留在这里的人完成了ダイガンザン的改造，但是シモン还是那个样子，正在这时候シモン一个人驾驶ラガン跑了出去。
一个人跑出去的シモン遇到了兽人，将敌人击破后ラガン突然停止了活动，而在附近他发现了兽人扔下的一个箱子，上面有个小孔好象是他带的钻头可以插进去的样子。钻头插入后从箱子里出来一个少女，她自称叫做ニア，看到这个少女后シモン的脸突然不那么阴沉了。可就在这时候一群兽人又围了上来，シモン无法开动ラガン，于是他打算像大哥一样用生命掩护ニア离开，但是ニア不同意这种白白去送死的想法。就在这时候キタン他们赶来，然而敌人也出现了更多。就是我方没有胜算的时候，ニア站出来说她是螺旋王ロージェノム第一王女，要兽人们退下，那群兽人不敢乱来只能先行撤退。
与此同时トリニティ获知ラグナ非常关注他们袭击会场的事情，这次行动既削弱了ZEXIS又打击了对手公司，ラグナ为达目的真是不择手段。但是在会场却出现了协助他们的R-ダイガン驾驶员，不过他们并不在乎别人的支援，他们下个任务是彻底毁灭オーバーフラッグス基地。
（地点：人革联/中华联邦东部）
ニア被带回到ダイガンザン上，不管怎么说她是敌人老大的女儿，留在船上或许有点作用。而シモン又恢复了那张死气脸，他要是一直再这个样子就废掉了。
在食堂里シモン又见到了ニア，ニア已经听说了螺旋王做的事情，她为自己的父亲伤害了人类而道歉。但是ニア还并不知道大哥是谁，听了シモン和ヨーコ的介绍后，她认为カミナ是カミナ，シモン是シモン，シモン不用成为カミナ，而是可以做出更好的事情。正在说的时候，在周围又发现了兽人的部队，好在ZEXIS已经赶来迎击，而シモン也要求由他来代替カミナ作战。
敌全灭。
失败条件我方战舰被击坠。
シモン、レントン、ホランド、葵任一被击坠。（R-ダイガン增援后取消）
シモン或者葵被击坠。（R-ダイガン增援后改）
SR取得条件R-ダイガン登场第2回合以内将其击坠。（R-ダイガン增援后出现）
我方初期配置マクロス·クォーター要塞艦型（ジェフリー）
プトレマイオス（スメラギ）
月光号（タルホ）（R-ダイガン增援后撤退）
ノヴァイーグル（葵）（击坠R-ダイガン后合神）
ラガン（シモン）（击坠R-ダイガン后合体）
ニルヴァーシュ spec2（レントン）（R-ダイガン增援后撤退）
ターミナス 303（ホランド）（R-ダイガン增援后撤退）
自选10机
[击坠R-ダイガン后]
ダイグレン（ダヤッカ）
グレンラガン（シモン）
ヨーコMタンク（ヨーコ）
ダンクーガノヴァ（葵）
本话开始的时候シモン气力-50，SP为0。R-ダイガン出现在地图右下，那时候月光号、レントン和ホランド都会脱离战场，而マクロス·クォーター会移动到月光号的位置。要SR就只有2回合干掉R-ダイガン，开始大部队不冲太远的话就没有什么问题，由于它会对着葵攻击，所以要留神后者的HP。其他没有回合限制，可以慢慢杀。击坠R-ダイガン后发生剧情，ダンクーガノヴァ强制合神并追加武器，合神回合限制取消，葵也追加野性化，SP全恢复。イマージュ在地图左上增援，グレンラガン合体，シモン气力全满，SP全恢复，全数值+10，而后我方增援出现在地图下方，ダヤッカ和ヨーコ气力130。过关后获得カミナのサングラス，スザク击坠超过40的话还能获得ユグドラシルドライブ。
战场地图-战斗剧情-
我方部队赶来参战，但是シモン的状况实在很糟糕，不管怎么说要掩护好现在还不能活动的ダイガンザン。和兽人一起出现的还有许久未见的イマージュ，ZEUTH众突然觉得这不就是那些珊瑚岩质吗。详细还是等打完再说，现在全力击退这两批敌人。
今天一出战エウレカ的样子就不对，在作战时ホランド将レントン他们突然都叫回到月光号上。而这时候エウレカ告诉レントン，其实她就是イマージュ，而ホランド也告诉他一个更大真相，月光号上全体成员都是17岁。8年前在使用人形イマージュ引发的时空震动造成了ドーハ悲剧，之中ホランド他们被送到了刻有レントン和エウレカ大名的月球的那个世界，也就是ZEUTH所在的那个世界，从而知道了自己的身份。ホウンド他们都是レントン父母创建的ワルサワ研究所从那个世界的凤蝶神话中制造出来的复制人，在那之后他们又回到了这个世界，然而身体却以3倍的速度在衰老。所以ホウンド就要创造出他们自己的凤蝶神话，为此带走了エウレカ，希望再一次发动时空震动创造他们自己的世界。但是レントン不能认可ホウンド他们这种不顾世界安危的行动，就在两人打起来的时候，エウレカ让ニルヴァーシュ将レントン带到外面，她清楚自己的使命，所以不能够和レントン一起离开，而ホランド只好下令带着エウレカ赶快离开这里。レントン想要去追，但是ニルヴァーシュ没有行动，随后他们被我方部队接收了回来。而就在同时R-ダイガン又出现在战场上，今天葵他们就要和这台机体来个了结。
葵4人上前挑战R-ダイガン，然而却被反击击中了动力炉，ダンクーガノヴァ无法维持合体必须要分离。但是到了这个份上葵依然不言败，就算不能合体也要战胜敌人。这不是自杀，而是不服输的勇气，就在这个时候忍一行也出现在这里，他们指导葵4人发动生命都拥有的原始力量，那就是求生的野性本能，ダンクーガノヴァ发动野性化冲击，将R-ダイガン打翻在地上。R-ダイガン不得不撤退，随后忍他们也回去把ダンクーガノヴァ觉醒的消息告诉F.S.。这时候イマージュ又大量出现在战场上，此时的シモン受到战场热情的感召以及ニア的一笑后也顿时领悟了，只要做回自己也可以帮助很多人，继续沿着カミナ的道路走下去，我方全员也都一样。很快整备完成的ヨーコ他们赶来，シモン也恢复往日的精神，他和ロシウ合体成为グレンラガン，总有一天他要突破天际！至于修好的了ダイガンザン，为了纪念カミナ，这艘船就被叫作ダイグレン。
就这样消灭了全部敌人，シモン感谢大家让他再度振作起来，而且大家也遵从他为大红莲团的新团长。
-战后剧情-
（地点：日本近海/龙牙岛ドラゴンズハイヴ）
忍向F.S.报告了战场的情况，这样葵他们算是过了第一关。其实这些都是WILL的主意，是他将R-ダイガン的设计图提供出去的，让他们战斗是为了成为超越人超越野兽的神的战士。
（地点：印度洋）
月光号开始自己的行动，但是没有了レントン就无法让エウレカ发动，现在他们剩下的时间不多了。ハップ责怪ホランド当初没有早点下手，现在他们还要回去夺取レントン。就在这个时候アイム找上了他们，アイム说愿意帮助他们开创神话……
选择前往日本
第34話 思い出の中の父
-战前剧情-
（地点：人革联/中华联邦东部）
レントン把月光号上面发生的事情告诉了大家，ドーハ悲剧的真相连ヴェーダ中也没有记录，ワルサワ研究所8年前就关闭了，现在也很难去调查。レントン希望自己去追月光号，但是被说服和大家一起去。另一边インペリウム已经消灭了11个国家，他们还在这个世界中寻找对手。此外还有トリニティ造成的麻烦，由于和ソレスタルビーイング有着渊源，ゼロ又要求回11区处理一些事情，不过スザク坚持要回ブリタニア联盟，SMS小队选择和ソレスタルビーイング同行，剩下的クラッシャー队则返回日本。这样部队又分成3部分，而クロウ又是个自由人。
ZEUTH也一样被分成了3个部分，クロウ则在和トライア通话后才决定去向。（选择：日本へ向かう/ソレスタルビーイングに同行する/エリア11へ向かう）クロウ的欠债在提供了不少重要情报后降低为150万G，但是被トライア克扣掉了1万10G用来凑整。
（地点：日本/东京）
受伤的沙慈也恢复的差不多了，ルイス在他昏迷期间已经返回了自己的祖国，因为ルイス的双亲都在袭击中去世了，听说这些事后沙慈开始讨厌起那些ガンダム。
（地点：太平洋）
ニア加入了我方，另一边失去了エウレカ的レントン却还是坚强的样子，シモン认为他很伟大。听说女儿会长得像父亲，所以大家都在想象螺旋王到底长的什么样。说着说着大家都谈起了父亲，唯有いぶき面对这个话题一言不发，赤木上去问反而被いぶき甩开并跑了出去。
（地点：日本/东京21世纪警备保障）
一回到公司赤木他们就忙碌了起来，因为有盈余ワッ太也把机体拉去改造了。这时候クロウ也来到公司，他是来提供次元震的资料。
百目鬼的老师桜田栄二郎就是いぶき的父亲，12年前因为ヘテロダイン的灾害夺去了いぶき父亲的性命，之后いぶき母亲就改嫁，于是いぶき也就改姓桃井了。いぶき驾驶ダイ·ガード多少也是有报仇的意思在里面，然而百目鬼却告诉いぶき她父亲并非是为了消灭ヘテロダイン这种灾害而去观测的，真相是桜田栄二郎当时为了挑战ワルサワ研究所对于时空理论的最高地位在证实自己关于时空共振理论的时候丧了命。但是いぶき一直坚信自己的父亲是为了保卫人类而死的，她不能相信自己的父亲不是英雄，虽然百目鬼提供了种种证据，不过这反而让いぶき生气了。就在百目鬼离开后，アイム突然出现在いぶき面前，他说桜田栄二郎还帮助了他获得引发次元震的力量，包括召唤来破界王，这些都要归功于いぶき的父亲。正在这时候大家也都来到了技术部，正好撞见这一幕。
敌全灭。（インセクト-R增援后取消）
击坠インセクト-R。（インセクト-R增援后改）
失败条件我方战舰被击坠。
赤木被击坠。（ダイ·ガード增援后追加）
SR取得条件第3回合以内击坠パールネイル。
我方初期配置ダイグレン（ダヤッカ）
コクボウガー（飯塚）
自选15机
[击坠初期敌人3机后或第2回合我方行动开始]
ダイ·ガード（赤木）
本话注意要派主角出场，并且击坠マルグリット。第2回合インセクト-R出现在地图左下，之后ダイ·ガード在母舰旁边增援。マルグリット会主动向主角杀过来，只要向着她冲过去2回合内应该可以干掉她。インセクト-RHP50%以下会全恢复，然后发生剧情ダイ·ガード全恢复，两者都会移动到地图左边偏下的位置。
战场地图-战斗剧情-
在外面マルグリット杀了过来，我方立刻赶来应战，而后日本的防卫者コクボウガー也来到，大家一起对付敌人。虽然受了刺激，但是いぶき还是和赤木他们一起驾驶ダイ·ガード出击，然而アイム特意安排了杀死いぶき父亲的同类型ヘテロダイン出现。次元震和界震是同类型的时空震动，只要各种条件都符合是完全可以复制出一样的ヘテロダイン，这也是桜田栄二郎的研究成果。可是いぶき虽然很冲动，但是她没有崩溃，而是希望赤木尽快去打倒那只ヘテロダイン。
最终ダイ·ガード杀向ヘテロダイン，但是由于いぶき的内心烦乱，ダイ·ガード动作没跟上，被ヘテロダイン打飞了出去。这下动力部位被击伤，动力低下。我方都要求赤木他们暂时后退，现在的いぶき完全不能战斗，赤木只能撤退。
ダイ·ガード退下去进行紧急维修，这时候百目鬼过来说明，其实いぶき是知道自己父亲的真实目的不是拯救人类，但是因为他父亲一直以来专注于界震的研究而忽略她们母女，所以才会强迫自己认为父亲的工作是伟大来安慰自己。科学自身是没有正义与邪恶的标签，完全是看运用它的人，如果いぶき可以意识到这点，那么桜田栄二郎就是她心目中的英雄。
出于对いぶき的信任，赤木他们再度出击，不管如何现在必须要打败眼前的敌人，这样才能保卫周围人们的安全，这是21世纪警备保障的职责所在，ZEXIS的众人也会一起帮忙。就这样那头ヘテロダイン被消灭，アイム的心理作战失败，他再一次的从我方眼前消失。
-战后剧情-
父亲是不是个英雄完全凭借自己的认为，いぶき对于父亲可以至死坚持自己的事业而感到欣慰。眼下她作为ZEXIS的一员而战斗，有着大家的帮助，一定可以帮助更多的人，上班族也可以保卫世界的和平。可就在这个时候あしゅら男爵向全日本下了宣战书……
24小时后Dr.ヘル的机械兽大军就要对日本全土展开攻势，在那以前日本政府必须无条件投降，但ZEXIS是绝对不会答应他们的。
第35話 進撃! 機械獣大作戦!
-战前剧情-
（地点：日本/热海黑金屋）
つばさ和光子力研究所的3博士通了话，这次迎击机械兽军团所必须的装备已经快完成了，而且她还特意找了个人来帮忙。
（地点：バードス岛）
あしゅら男爵这次要拼死去完成日本侵略作战，另一边ギシン星的サグール送来了关于インペリウム的资料，Dr.ヘル知道他们肯定是与这座岛下沉睡的众神有所关联，所以要抓紧获得マジンガーZ。
（地点：日本/东京）
安全保障军开始在日本全境部署，ZEXIS也分兵前往各地警戒，时间还有15个小时，大家必须尽快就位。但是分配好战力后ゲイナー表示要和甲児在一起，但是因为考虑战力平衡的关系，城田没有同意。甲児现在满脑子都是想要报仇，クロウ也担心他落入敌人的陷阱。
胜利条件敌全灭。
失败条件我方任一机被击坠。（我方增援后取消）
我方战舰被击坠。（我方增援后改）
SR取得条件第6回合我方回合以内过关。
我方初期配置マジンガーZ（甲児）（我方增援后换装）
アフロダイA（さやか）
[海底要塞サルードHP80%以下后或第3回合我方行动开始]
ダイグレン（ダヤッカ）
マジンガーZ(JS)（甲児）
自选15机
本话SR的关键是尽快把双方增援叫出来，所以开场要给マジンガーZ装海适应和气力提升的芯片。マジンガーZ开始不能移动，所以全力攻击海底要塞サルード，这样双方增援就能出来了。剧情后我方大部队在地图下方出现，注意ゲイナー这时候会气力+30，但如果没有派他出场剧情后他就回母舰了。之后海底要塞サルード会移动到地图左上，敌人在它下面一大块增援，マジンガーZ追加武器和获得飞行能力。海底要塞サルード只能在海中，还好这条线海适应机体不少。
战场地图-战斗剧情-
敌人的小群部队很快就被マジンガーZ全灭了，而各地也出现了机械兽，战斗都在进行中。这时候あしゅら男爵找上了甲児，并且把甲児引开了，随后让机械兽偷袭アフロダイA。あしゅら男爵用さやか要挟甲児交出マジンガーZ，结果被甲児严词拒绝，あしゅら男爵就下令将アフロダイA连同さやか一前带回到海底要塞サルード上。为了救さやか，甲児只能答应也一起去。
（地点：太平洋）
甲児被关了起来，但是つばさ安排潜入的ボス把甲児放出了监牢。
（地点：日本/东京）
我方知道了事情的严重性，但是就算要去救他们现在也是不知道海底要塞サルード的位置。不过クロウ相信甲児一定会有办法逃出来的，所以我方要设法去找到海底要塞サルード。就在大家讨论的时候，人形机器人刺客ガミアQ出现在这里，对我方展开了攻击……
（地点：太平洋）
あしゅら男爵怎么也无法开动パイルダー，于是生气地离开了。这时候暗藏在パイルダー中的ボス的2个跟班ヌケ和ムチャ偷偷跑出来接应甲児他们。但在他们面前也出现了ガミアQ，甲児上前与她战斗。
就在あしゅら男爵返回的途中船体发生了爆炸，甲児他们打败了ガミアQ杀到了外面。锻炼过的甲児已经变强了，现在就要向あしゅら男爵讨回这笔债。
但是在水中マジンガーZ无法灵活行动，被水中专用机械兽打个够戗。这时候我方众人在つばさ的指引下赶来增援，那些ガミアQ根本就不是竜馬他们的对手。这时候ゲイナー赶去援助甲児，以自己的事例来告诉甲児要和同伴们一起作战。对于敌人在水中很灵活的问题，ゲイナー用オーバーフリーズ将水冻结住，マジンガーZ站在冰柱上和敌人战斗就方便多了。而后光子力研究所为マジンガーZ特制的飞行器发射，マジンガーZ可以在空中飞行了！现在功亏一篑的あしゅら男爵只能放出所有部队和我方战斗。但是很快这些部队连同海底要塞サルード一起被我方全部消灭，这时候あしゅら男爵打算发动特攻，用这条命来换マジンガーZ，然而此时あしゅら男爵的身体却无法行动，最终被Dr.ヘル叫了回去。现在甲児明白了要随时保持冷静，所以现在也没有追过去，他正在成为一名合格的战士。
-战后剧情-
（地点：日本/热海黑金屋）
我方都来到黑金屋庆祝，大家都在讨论着吃饱后泡温泉的事。另一边つばさ也答应给3博士奖励，没想到这3人心目中的美人是お菊。此时ゲッター队却被早乙女博士叫了回去测试新型机，但是他们对于早乙女博士并不是那么信任。
至于那些ガミアQ也不是普通科学家可以造出来的，想不到シュトロハイム·ハインリッヒ还活着，つばさ决定要去一次德国。
（地点：バードス岛）
当年兜十蔵就是从这个岛上拿走了超合金Z，利用这种合金所产生的光子力制造了强大的マジンガーZ，所以Dr.ヘル一定要获得这个。此时ズール皇帝的影象突然出现在他们面前，他留下谁知道黑色英知就是他的盟友的台词后就离开了，这时あしゅら男爵却觉得曾经好像个认识ズール皇帝。为此Dr.ヘル也要展开行动，对这座バードス岛的地下展开调查，在那之前暂时停止行动。
第36話 命の果てにあるもの
-战前剧情-
（地点：黑暗大陆/王都テッペリン）
アディーネ提出要去给チミルフ报仇，ロージェノム答应了她的请求，同时也命令她除掉ニア。
（地点：日本/早乙女研究所）
竜馬3人回来进行新机体的试验，但是在测试前武藏突然肚子不适，早乙女博士就让自己的女儿ミチル去驾驶ポセイドン号。
（地点：日本/伊豆半岛バトルキャンプ）
ニア在帮助ココ爷做饭，当初因为ニア问了螺旋王她为什么出生这才被ロージェノム扔了出来。与此同时SMS小队和ソレスタルビーイング一同镇压了非洲的ゼントラン士兵的叛乱，其中ランカ的歌声起了大作用。最近シェリル因为身体不佳而淡出了演艺圈，现在的ランカ已经能和エイーダ并称了。奇怪的是ニア也知道アイモ这首歌。等大家开始吃这些食物后却一个个喊着难吃而倒地，只有シモン却坚持着那东西吃完，只是这引起了ヨーコ的嫉妒。这时候传来インベーダー在东京出现的消息，我方立刻赶去。
胜利条件敌全灭。（ダイガンカイ增援后取消）
击坠ダイガンカイ。（ダイガンカイ增援后改，第三方增援后取消）
击坠ダイガンカイ、ゲッタードラゴン、ゲッターライガー、ゲッターポセイドン。（第三方增援后改）
失败条件我方战舰被击坠。
SR取得条件第2回合以内初期敌人全灭。
我方初期配置ダイグレン（ダヤッカ）
自选15机
[击坠初期敌人5机后或第2回合我方行动开始]
ゲッター1（竜馬）
出击的时候グレンラガン2个操纵者气力全满。拿SR就全力冲击，开始那些インベーダー很容易对付。ゲッター1出现在地图上方，兽人出现在地图下方，而且他们出现后ダイグレン会移动到ダイガンカイ上方3格处，剧情后ダイガンカイ少掉10%的HP。3台ゲッター出现在地图中部偏上的位置，注意击破ダイガンカイ后兽人就会全部撤退，要留到最后。
战场地图-战斗剧情-
出击后没有吃东西的ロシウ一时拿不出劲，这时候ブータ把自己尾巴的一部分给了ロシウ吃，吃了以后ロシウ顿时感到自己有力量了。很快竜馬他们也赶了过来，但是他们的表情都不大好看，似乎发生了什么事情。
很快我方就消灭了インベーダー，但是又有颜面军团杀了过来，4天王之一的アディーネ前来挑战。这时候ニア想去说服アディーネ停止进攻我方，然而把我方视作草芥的アディーネ绝对不会停手，并且说这就是螺旋王的意思。ニア听说后就表示要去见父亲，但是アディーネ告诉她，螺旋王已经下令将她一起杀掉，随即就把她扣作人质。就在アディーネ要动手的时候，ヨーコ在大家的共同请求下射击了アディーネ，アディーネ脱手后ニア就落下了飞船，而这时候ココ爷在下面接住了ニア并把她带了回来，而后大家就可以跟アディーネ好好打一场了。
可这边才开打，3台新型ゲッターロボ出现在这里，这时候武藏才说出ミチル在之前的事故中身亡的消息，因为这个早乙女博士可能要杀掉竜馬和隼人，城田连忙联系早乙女研究所，但一时没有回音，只能与它们交战。
最终击退了アディーネ，3台ゲッターロボ也被消灭，而这次与アディーネ的直面也坚定了她留在我方的决心。这时候早乙女博士发来通讯，说3台新型ゲッターロボ是为了锻炼竜馬他们的实力，ミチル的死比起世界末日并不算什么，这个疯老头到底发现了什么？
-战后剧情-
在新型ゲッターロボ的合体过程中因为速度控制不下来，ミチル驾驶的ポセイドン号受到严重挤压而爆炸，虽然没有发现竜馬和隼人的驾驶失误，然而还是对他们团体造成很大的冲击。
这时候11区发生了大事，ユーフェミア副总督下达了建立日本特区的指示，但在11区人聚集在那里的时候被她下令处决了。因此黑骑士团与ブリタニア联盟的部队发生了交战，结果又因为インペリウム的介入政府军崩溃，现在ブリタニア联盟对11区发生的事情没有任何表示，并且其内部各反抗武装活动也激化。为了对应这一情况，エルガン指示ZEIXS各部队再次会合，而安全保障军开始监视起早乙女研究所，我方则立刻动身前往ドラゴンズハイヴ。
（地点：日本/早乙女研究所）
亲眼看到姐姐死去的元気从此不再说话，而这时候コーウェン和スティンガー发来了通讯，一切似乎正在按照这两个人设想发展。
选择与ソレスタルビーイング同行
第34話 メモリアル·デビュー
-战前剧情-
（地点：人革联/中华联邦东部）
レントン把月光号上面发生的事情告诉了大家，ドーハ悲剧的真相连ヴェーダ中也没有记录，ワルサワ研究所8年前就关闭了，现在也很难去调查。レントン希望自己去追月光号，但是被说服和大家一起去。另一边インペリウム已经消灭了11个国家，他们还在这个世界中寻找对手。此外还有トリニティ造成的麻烦，由于和ソレスタルビーイング有着渊源，ゼロ又要求回11区处理一些事情，不过スザク坚持要回ブリタニア联盟，SMS小队选择和ソレスタルビーイング同行，剩下的クラッシャー队则返回日本。这样部队又分成3部分，而クロウ又是个自由人。
ZEUTH也一样被分成了3个部分，クロウ则在和トライア通话后才决定去向。（选择：日本へ向かう/ソレスタルビーイングに同行する/エリア11へ向かう）クロウ的欠债在提供了不少重要情报后降低为150万G，但是被トライア克扣掉了1万10G用来凑整。
（地点：日本/东京）
受伤的沙慈也恢复的差不多了，ルイス在他昏迷期间已经返回了自己的祖国，因为ルイス的双亲都在袭击中去世了，听说这些事后沙慈开始讨厌起那些ガンダム。
（地点：地中海）
由于ヴェーダ也不能完全掌握トリニティ的动向，所以现在还是没办法发现他们的行踪，但是可以确认他们是想实现自己的利益，可能ソレスタルビーイング内部出了叛徒。
（地点：AEU/意大利罗马）
ランカ和エイーダ正在大街上散步，ランカ一直都想帮助アルト，但是自己却总是帮上不什么忙。不过现在就要举行BIRD-HUMAN的首映典礼，她们得赶快赶去才是。此外エイーダ出来是为了和ジョニー约会，而后アルト就跟着ジョニー一起出现在这里，这样又给了アルト和ランカ单独相处的机会。而就在他们说话的时候，アルト的哥哥矢三郎也出现在这里。当初アルト就是不想继承家中的演伎事业而跑到外面去的，但是矢三郎看到这次的电影后觉得アルト还是很有演伎的天分。矢三郎离开后，ミシェル又打来电话，偏偏这个时候シェリル又来找アルト当保镖。
回到了マクロス上面，シェリル要求アルト载着她去飞行，说话的时候她又拿出了自己的耳坠给アルト，然而这时候シェリル突然感觉身体很不舒服。她正要去国联的ガリア基地进行慰问演出，现在发病可不大好。
我方也被请求前去ガリア基地进行慰问，那里有フロンティア船团派出的以ゼントラーディ人为主体的第33海兵队，是个很麻烦的部队。
アルト一马当先带着シェリル来到ガリア基地，オゴタイ前来迎接他们。当初这群ゼントラーディ人的祖先是在接触到プロトカルチャー的文化后才折服停止战斗的，但在来到地面上后，地球圈现在的混乱环境反而刺激了他们的战斗本能，所以要是这次不能用文化来平息他们体内的战斗本能的话就很难保证这群ゼントラーディ人会做出什么。而就在这个时候シェリル又犯病了，结果以テムジン为首的一群士兵就发生了哗变，オゴタイ上前去制止也没什么作用。
（地点：地中海）
ガリア基地发生暴动的消息很快就传达到了我方这里，就在大家讨论怎么去平息这次暴动的时候，ランカ站出来说她有办法……
（地点：地中海）
アルト一行都被关了起来，用作和フロンティア船团政府谈判的工具，而现在的シェリル已经说不清话了……
胜利条件敌全灭。（テムジン增援后取消，击坠テムジン后改回）
击坠テムジン。（テムジン增援后改，击坠テムジン后取消）
失败条件アルト被击坠。（我方战舰增援后取消）
我方战舰被击坠。（我方战舰增援后追加）
アルト或者ミシェル被击坠。（我方战舰增援后改）
SR取得条件第6回合我方回合以内过关。
我方初期配置
VF-25FメサイアF（アルト）
[击坠初期敌人4机后或第4回合我方行动开始]
マクロス·クォーター要塞艦型（ジェフリー）
プトレマイオス（スメラギ）
VF-25GメサイアB（ミシェル）
自选15机
本话开始前要强化アルト机的武器，要SR的话开始必须全靠他在短时间内干掉敌人4机。敌人大部队在地图下方出现，而ミシェル在地图右上位置出现，我方大部队在地图上方增援。剧情后アルト会自动移动到我方大部队的前面脱离与敌人的接触，所以不用太在意他的血量，而本话剧情前ミシェル的机体一直保持人形，无法变形也无法移动，而且BGM固定为星间飞行。击坠テムジン后ゼントラン兵全部撤退，所以时间不紧的话还是留到最后。之后发生剧情，アルト机变成人形移动到ミシェル左下，ミシェル可以变形移动，BGM也可以改变。バジュラ在地图下半部队大量增援，注意本话バジュラ又增强了，打它们要小心点。本话结束后按照本话的选择获得ランカのディスク或シェリルのディスク。
战场地图-战斗剧情-
テムジン他们要求把フロンティア船团交给他们控制，这群人现在已经想着要去征服宇宙了。这时候他们正好发现了一个人逃出来的アルト，于是就发生了战斗。
然而テムジン又带着一大群士兵杀了过来，アルト一个人无论如何都不是一支部队的对手。同时，突然又有机体在向这里靠近，那是ミシェル带着ランカ赶了过来。一见面，ランカ就打开了舱盖跳了出来，对着ゼントラーディ人唱起了她的新歌，ゼントラーディ人都被这歌给迷住了，大批的士兵停止了战斗。随后我方大部队也赶了过来，这简直就是リン·ミンメイ的再现，这一刻连オズマ都认为自己的妹妹可能真是这块料。但是テムジン还是坚持要战斗，所以我方接下来还必须要去平定他。
很快テムジン就被击败，但是他至死都不肯认同人类。随着テムジン的身亡，基地的叛乱就被平定了，而这次全靠了ランカ。听了ランカ的歌后シェリル也马上康复了，可就在大家向她祝贺的时候，トリニティ出现在这里，他们的任务就是要破坏这个基地，现在我方已经为他们将士兵给压制住了。同时ネーナ找上了ランカ和シェリル，我方这时候完全来不及赶过去阻止。但就在ネーナ要攻击的时候，和トリニティ一起行动的那台红色ダンクーガ居然上前挡住了攻击。那名驾驶员要ランカ赶快离开，这时候ランカ感觉这个人的声音似曾相识。但现场的人还没来得及做什么反应，大批的バジュラ就把这片区域都给包围了。对于这种生物ティファ有一种奇妙的感觉，它们的心都是一体的。这种生物的乱入使得トリニティ的处境极为不利，ヨハン3兄弟决定撤退而那台红色ダンクーガ也随后离开，我方专心对付バジュラ。ランカ和シェリル要由アルト来守护，但是机舱只能坐下一个人，这时候他就要选择了。（选择：自分の機体にランカを乗せる/自分の機体にシェリル乗せる）
奋战之后バジュラ开始退出大气层，但是我方并不清楚为什么这群生物突然就从宇宙降下地球，而一旁的グレイス则为ランカ的觉醒暗自庆贺。
-战后剧情-
バジュラ的突然出现使得地面上的形势更为混乱，而现在更为混乱的是アルト，他被大家说的完全无法从ランカ和シェリル中选择一个对他更为重要的人。而此时又发生了一件大事，ランカ唱歌的影像被人拍下来传到网上，ランカ的人气一夜之间爆涨。
（地点：AEU/意大利罗马）
虽然ランカ成名了，但是对于アルト和シェリル的感情她还是很难接受，就在她低落的时候，有一只小虫子出现在他的面前，ランカ见它如此可爱就将它收养了。
第35話 悪意の矛先
-战前剧情-
（地点：AEU/西班牙马德里）
听说ルイス在这里接受治疗，沙慈就前来探望。11区那边因为ユーフェミア副总督的日本行政区化事件而发生骚乱，他们的学校暂时关闭了。在上次的ガンダム袭击事件中，ルイス不仅失去了双亲，她的左手也失去了，但是ルイス还是鼓励沙慈回到11区继续他的学业，并且把自己的梦想也托付给了他。
（地点：AEU/法国巴黎）
絹江将她目前为止所调查的事情报告给了イザベル，她发现上次袭击集会的那几台ガンダム和ZEXIS中的ガンダム是不同的。ZEXIS中的ガンダム因为考虑到对世界局势的影响而逐渐放缓了行动，但是这几台ガンダム依然在火速作战。接下来絹江要继续去追查相关消息，直到找出在幕后控制这几台ガンダム的人。目前的线索指向ラグナ，虽然这极度危险，但是絹江还是拒绝了イザベル的劝阻一个人追查下去。
（地点：ブリタニア联盟/纽约）
アレハンドロ给了サーシェス新的指示，ラグナ对他们已经没有了利用价值，所以アレハンドロ决定除掉他，但是由于种种原因，他们没能获得R-ダイガン，不过目前所掌握的技术已经足够继续他们的计划。接下来アレハンドロ的计划就要进入第3阶段，要向世界各大国提供模拟太阳炉将其他威胁地球的势力除掉。虽然シュナイゼル和トレーズ以及グレイス都对这个世界有野心，但是现在胜利的天平在向アレハンドロ的方向倾斜。而执行接下来的计划的首要一点，就是获得ソレスタルビーイング的主控量子演算单元ヴェーダ。
（地点：太平洋）
ティエリア还在和ヴェーダ进行连线，他突然发现7级区域有一部分内容被修改过，并且拒绝ティエリア访问。另外已经发现トリニティ的3台ガンダム和ソレスタルビーイング的机体是用相同的材料制造的，但是动力装置却和太阳炉有区别，虽然作用原理差不多但是活动时间有限，可以被称作是模拟太阳炉。模拟太阳炉所产生的GN粒子对生物细胞是有害的，如果受到他们兵器所导致的伤害就会损伤人体的细胞，并且无法医治而逐渐死亡。太阳炉的设计资料在ヴェーダ中有保存，而ティエリア恰好也发现了ヴェーダ的异常。而这时候クロウ跑进来打断了他们的会谈，因为要追击MD的缘故，クロウ的机体上总是带着跟踪器，而上次トリニティ出现的时候他就在他们的机体上安放了跟踪器，现在已经发现了他们的据点。由于他们攻击无辜平民，所以大家都要找他们算帐，クロウ也没有为此索取报酬。
（地点：11区/トウキョウ租界）
刹那又来到了公寓这里，见到了沙慈，从他那里听说了ルイス因为受到ガンダム的攻击而失去左手，并且不能进行再生治疗的事情。而就在同时传来了絹江的死讯，现在沙慈对ガンダム充满了仇恨，但是刹那却无法向他解释……
胜利条件击坠任一机。（サーシェス增援后取消）
敌全灭。（サーシェス增援后改）
失败条件我方任一机被击坠。（我方战舰增援后取消）
刹那、ロックオン、ティエリア任一被击坠。（我方战舰增援后改）
我方战舰被击坠。（我方战舰增援后追加）
SR取得条件击坠イナクトカスタム，然而イナクトカスタム在HP10000以下撤退。
我方初期配置ガンダムエクシア（刹那）
ガンダムデュナメス（ロックオン）
ガンダムヴァーチェ（ティエリア）（初期敌人撤退后分离）
[初期敌人撤退后]
ガンダムナドレ（ティエリア）
[击坠敌人增援3机后或敌方增援后下一回合我方行动开始]
マクロス·クォーター要塞艦型（ジェフリー）
プトレマイオス（スメラギ）
自选15机
本话要强化下刹那、ロックオン、ティエリア的机体。开始我方3人气力+20，初期的敌人3机击坠1机其他2机就会跟着撤退，由于ヨハン身上有芯片，所以肯定是盯着他打。剧情后ガンダムヴァーチェ会脱去外装甲并移动到地图左上，敌人大军在地图下方增援，而我方大部队就在ティエリア下面来到。由于没有回合限制，所以还是挺容易的一关，イナクトカスタムHP10000以下撤退，找个人援攻就能干掉。
战场地图-战斗剧情-
トリニティ兄弟正在讨论下一阶段的作战，由于上次他们的好事被R-ダイガン破坏，所以他们考虑接下就去干掉R-ダイガン。结果在这个关头他们却迎来了愤怒的刹那，随后ティエリア和ロックオン也赶来，要把这3个没人性的家伙武力介入掉。
由于受到突然袭击，トリニティ兄弟完全没有准备，不多会就乱了阵脚开始后退，于是刹那3人就追了上去。但是トリニティ兄弟那边还有GNメガランチャー，就在他们打算发射的时候，ティエリア冲了上去，将机体单独分离出ナドレ，随后关闭那3台机体的操作系统，这就是和ヴェーダ直接连接的ナドレ的真正实力，所以这台机体也就是ソレスタルビーイング的最高机密。然而没多会，这3台机体的系统突然整体恢复，难道这就是第7级系统被修改的原因？不过现在完全不是考虑这个问体的时候，トリニティ兄弟直接把攻击目标定在了ティエリア身上。ロックオン想去救援，但是被ヨハン点出真实身份，ロックオン本名是叫做ニール·ディランディ，而像他一样是为了复仇成为ガンダム驾驶者的还有刹那，他的真名叫做ソラン·イブラヒム。ロックオン的双亲和妹妹都是死在刹那所属的反抗组织KPSA手上。被他们这么一说，刹那他们都呆住了，而趁这个机会，ヨハン3人立刻离开了这里。
然而这边的事情还没解决，PMC的部队在サーシェス的带领下又杀了过来。好在我方大部队随后也赶了过来，但是一看场上这几个人气氛就不对，但是现在还是迎击PMC优先。
很快就击败了这群敌人，然而比起这些个敌人，现在我方内部的问题更大，ロックオン把刹那叫去一边，アレルヤ和ティエリア也被一起叫去。
-战后剧情-
刹那肯定了自己是KPSA成员的身份，因为KPSA那歪曲的理念，ロックオン失去了家人，所以为了阻止世界再发生战乱，他就加入了ソレスタルビーイング。而如今，ロックオン要为自己的家人向刹那复仇。但是刹那告诉他，自己相信这个世界绝对没神，他是从刚才被打跑的那个サーシェス那里知道了这个世界的残酷。サーシェス就是KPSA的首领，而现在他是PMC的佣兵。这种战争疯子才是一切不幸的根源，所以ロックオン和刹那就有了共同的目标，他们又成为了最好的战友。而此时一直担心着的大家也都围了上来，为他们祝贺，这就是ZEXIS。
（地点：ブリタニア联盟/ラングレー基地）
グラハム来为ハワード扫墓，在那里他宣誓一定要用自己的フラッグ打倒ガンダム。而这时候ビリー跑来告诉他，有人向3大国提供了ソレスタルビーイング的技术。
第36話 託される意志
-战前剧情-
（地点：人革联/中华联邦东部）
ソレスタルビーイング的技术人员开始帮助ZEUTH众的机体进行应急的OS修改，如今连ティエリア也不怀疑我方其他人了，我方已经越来越成为一个互相信任的团体。大家相信ソレスタルビーイング是真的要为和平而战，但是以之前他们的战略来看，ソレスタルビーイング并不足以匹敌世界上的其他军事力量，而且这种武力介入也并不能形成持久的和平。就在整备的同时，スメラギ也下令将我方机体与ヴェーダ的系统进行切断，ソレスタルビーイング的叛徒应该已经获得了ヴェーダ，要是没有了ヴェーダ的协助，面对同型号的ガンダム我方这边并不占优，现在除了机器更可靠就是同伴了。
（地点：月面）
アレハンドロ来到了ヴェーダ的存放地点，在リボーズ的帮助下，他们掌控了这个系统。
（地点：人革联/中华联邦东部）
ヨハン向王留美提出了补给要求，并把机体送回宇宙检修。而在通讯完毕后，サーシェス找上了他们3个，并且说出了他杀死ラグナ的事情。随后サーシェス抬手一枪将ミハエル击毙，而后ヨハン和ネーナ就跑开了……
胜利条件击坠ガンダムスローネツヴァイ。（击坠ガンダムスローネツヴァイ后取消）
敌全灭。（击坠ガンダムスローネツヴァイ后改）
失败条件我方战舰被击坠。
刹那、ロックオン、アレルヤ、ティエリア任一被击坠。（击坠ガンダムスローネツヴァイ后取消）
SR取得条件第3回合我方回合先消灭其他所有敌人，最后再击坠ガンダムスローネツヴァイ。
我方初期配置マクロス·クォーター要塞艦型（ジェフリー）
プトレマイオス（スメラギ）
ガンダムエクシア（刹那）
ガンダムデュナメス（ロックオン）（击坠ガンダムスローネツヴァイ后撤退）
ガンダムキュリオス（アレルヤ）
ガンダムヴァーチェ（ティエリア）（击坠ガンダムスローネツヴァイ后撤退）
自选15机
本话注意要派主角出场，并且击坠マルグリット。SR是3回合内解决掉全部敌人，距离不算太远，难度也不是很大，注意サーシェス这次又强了，要留点神。剧情后4台天人机体都会移动到サーシェス附近，并且追加攻击武器，随后ロックオン和ティエリア撤退。次元兽部队出现在地图左侧，如果打サーシェス消耗过大的话要注意修正一下，不然打强化过的次元兽还是有点吃力的。
战场地图-战斗剧情-
ヨハン和ネーナ跳上机体准备反击，然而没想到サーシェス竟然可以开动ミハエル的机体，更换系统识别明明只有ヴェーダ可以做到。トリニティ和ラグナ一样已经失去了利用价值，所以也要除掉。面对攻击，ヨハン完全不是サーシェス的对手，现在只剩下了ネーナ，就在他要下杀手的时候，我方部队赶了过来，就这样救了ネーナ一命。
サーシェス本来就没有准备和我方交手，很快这台新开出的ガンダム反而成了他的累赘，但就在这个关头刹那他们4机的系统都被关闭，看来他们都被ヴェーダ舍弃了。サーシェス想趁这个机会逃之夭夭，但是刹那他们早就有所准备，而且他们也都有不败的信念，随后系统再次启动。然而这个时候アイム过来又添乱，他说ティエリア已经被ヴェーダ所抛弃，ティエリア余生都没有用处了，结果这个时候偏偏ティエリア的系统转换出现错误。サーシェス也抓准这个机会冲过去攻击ティエリア的机体，可是ロックオン驾驶机体冲上去抵挡住了这一击，但是他却在攻击中受了伤，接下来刹那又和サーシェス战了起来。
此时アレハンドロ已经完全控制了第7级，接下来就要直面那个男人、冷冻睡眠中的イオリア。然而就在他们以为已经控制了ヴェーダ的时候，系统却突然自己启动了。房间里传来了イオリア的声音，他在200年前就预见到了大时空震动的发生，所以他留下了自己的力量并托付给人类，只有人类自己才可以改变世界。
此时刹那凭借自己的信念发动了ガンダム身上的隐藏力量，サーシェス被攻击后大破。随后他们的机体里都传出了イオリア的声音，虽然不知道这几个人是否能够继承自己的意志，但是イオニア还是将GN炉的全部能力解封，并期望他们可以真正根绝掉战争，之后就全凭他们自己的意志了。サーシェス趁着大家分神的机会溜走了，而GN炉的最强能力就是トランザム系统，可以发挥出3倍以上的力量。此时ティファ也知道了当初让他们使用サテライトキャノン的人也是这个イオリア。
虽然击败了サーシェス，但是アイム又让次元兽杀了过来，这次是マルグリット带队。而且此时ロックオン失去了意识，我方连忙让ティエリア带他回去，大家又开始了战斗。アイム那边最终还是失败，然而这时候传来一个天大的消息，11区那边正在举行特别行政区的成立仪式。
-战后剧情-
ユーフェミア副总督下达了建立日本特区的指示，但在11区人聚集在那里的时候被她下令处决了。因此黑骑士团与ブリタニア联盟的部队发生了交战，结果又因为インペリウム的介入政府军崩溃，现在ブリタニア联盟对11区发生的事情没有任何表示，并且其内部各反抗武装活动也激化。
此时トレーズ还是没有获得アムロ他们的支持，アムロ一行还是决定前去和其他同伴会合，对此トレーズ还是表示放行。
（地点：人革联/中华联邦东部）
11区的突发事件使得世界局势更加混乱，为了对应这一情况，エルガン指示ZEIXS各部队再次会合。现在ソレスタルビーイング内部出现了叛徒，孤立无援的他们也只能和ZEXIS完全合作，总之大家立刻动身前往ドラゴンズハイヴ，这也是一个找F.S.问出R-ダイガン真相的机会。
ロックオン醒了过来，但是他的一只眼睛受了伤，就算这样他还是要回到自己的战斗岗位。另外失去了与ヴェーダ的直接连接，ティエリア也觉得自己没有什么用处了，但是ロックオン劝说他继续战斗，只要还能够驾驶ガンダム就可以作战。
（地点：月面）
气急败坏的アレハンドロ破坏了イオリア的冬眠装置，而现在关于トランザム系统和那几位驾驶者的全部资料被删除，但即使如此リボンズ还是从中发现了ヴェーダ有着神一般的盟友存在。
选择前往11区
第34話 囚われの心
-战前剧情-
（地点：人革联/中华联邦东部）
レントン把月光号上面发生的事情告诉了大家，ドーハ悲剧的真相连ヴェーダ中也没有记录，ワルサワ研究所8年前就关闭了，现在也很难去调查。レントン希望自己去追月光号，但是被说服和大家一起去。另一边インペリウム已经消灭了11个国家，他们还在这个世界中寻找对手。此外还有トリニティ造成的麻烦，由于和ソレスタルビーイング有着渊源，ゼロ又要求回11区处理一些事情，不过スザク坚持要回ブリタニア联盟，SMS小队选择和ソレスタルビーイング同行，剩下的クラッシャー队则返回日本。这样部队又分成3部分，而クロウ又是个自由人。
ZEUTH也一样被分成了3个部分，クロウ则在和トライア通话后才决定去向。（选择：日本へ向かう/ソレスタルビーイングに同行する/エリア11へ向かう）クロウ的欠债在提供了不少重要情报后降低为150万G，但是被トライア克扣掉了1万10G用来凑整。
（地点：日本/东京）
受伤的沙慈也恢复的差不多了，ルイス在他昏迷期间已经返回了自己的祖国，因为ルイス的双亲都在袭击中去世了，听说这些事后沙慈开始讨厌起那些ガンダム。
（地点：11区/ミウラ海岸）
ゼロ前去送别スザク，虽然スザク也是想为日本好，但是他坚决否定ゼロ的行为。两人短暂地同为ZEXIS成员，但从今往后又是敌人。被认出身份的カレン则表示不会再回到学校，不过スザク表示可以帮她隐瞒。在ゼロ离开的这段时间里，ブリタニア联盟也没有大的动作，但是ディートハルト告诉ゼロ，敌人已经察觉了他们的活动，黑骑士团内部似乎出现了叛徒。
（地点：11区/トウキョウ租界）
ロジャー一行也跟着ゼロ他们来到11区，他也接受了ゼロ的委托，虽然这和他黑色的格好很符合，但是更多的是因为这里有着パラダイム市的气息。而在大街上他们遇到了マオ，他立刻就读出了ロジャー心中的想法，这让ロジャー非常惊讶。
回到学校后ルルーシュ又和スザク打了照面，目前学生会的人手严重不足。スザク要随军远征，カレン长期病假，ルイス和沙慈因为在日本的聚会上受到ガンダム袭击而分别回国，ルイス伤的还不轻。ミレイ会长此时正在接待从ブリタニア联盟来的大贵族，リリーナ随后也被叫去帮忙。一边忙着学校里的活动，一边ルルーシュ在考虑怎么找出团内的叛徒，但这时候マオ又打来了电话，他是来谈论有关ナナリー的事情，听到这个后ルルーシュ匆忙赶回家里。而后クロウ和ヒイロ他们也一起来学校里看看，而カレン也在其中，在大家的劝说下她终于也愿意回来了。ヒイロ他们的活动并不是为了什么正义，而是要使世界各地反抗3大国家的抵抗活动激化，而大家只有在ZEXIS的时候才有相同的正义。スザク似乎明白了什么，之后就去忙学校的事情了，ヒイロ很在意他的行动也跟了过去。
ルルーシュ躲到图书馆中继续和マオ通话，ナナリー似乎真的在マオ手上，他要ルルーシュ在5小时内找到ナナリー。上次虽然他受到了警察的攻击，但全靠了アストラギウス的医学他才活了下来，所以现在他就为治安警察那边卖命，而且已经让治安警察向シンジュクゲットー那边出兵了，要妹妹还是要黑骑士团，他让ルルーシュ作一个艰难的二择。此时スザク也跑过来问ナナリー的事情，他愿意帮助ルルーシュ找回妹妹。在电话中他们听到水流的声音，这莫非是学校地下的选换水系统。此时リリーナ带着ヒイロ走过来，于是ルルーシュ就把事情托付给他们，自己赶回去。
敌全灭。
失败条件ゼロ或者キリコ被击坠。（キリコ撤退后取消）
ゼロ被击坠。（キリコ撤退后改）
SR取得条件第3回合以内敌全灭。
我方初期配置ガウェイン（ゼロ）
スコープドッグ(キリコ)（キリコ）（击坠ブルーティッシュドッグ后撤退）
自选10机
击坠初期敌人6机后或第3回合我方行动开始]
ウイングガンダム（ヒイロ）
剧情前敌人每回合套一个集中，ゼロ也不能使用战术指挥。敌人也比之前有很大的强化，所以开场就尽快想尽办法搞掉敌人6机。剧情后ゼロ会来到地图下方，而ヒイロ在地图右侧增援，一来就气力+20，，这时候敌人停止使用集中。击坠ブルーティッシュドッグ后キリコ就会离开战场，由于人手比较紧，还是慢点再让他走。
战场地图-战斗剧情-
此时治安警察杀了过来，ゼロ赶回来参战，ヒイロ在学校那边负责救人。此时マオ又打来电话，他表示ヒイロ决不会是他的对手。マオ对ボロー他们自称是秘密结社的使者，所以他们才会听从他的建议，于是这次作战他们又派出プロト1，一定要干掉キリコ。为了避免被对方获知自己的行动，ゼロ只能不对手下下达指令，这让作战变得非常不利。
由于我方行动已经全部被敌人预读，所以作战极为不利。此时ヒイロ他们找到了ナナリー，随后ゼロ就开始实行他的计划，一个人先行离开了战场。
ナナリー的头上被安装了振子炸弹，稍有不慎就会爆炸，而マオ表示会在ルルーシュ不在的这段时间里消灭我方，两边都是异常紧急的事态。ヒイロ表示由他来切断炸弹的信号接入，但是スザク坚持要由他来做，而ルルーシュ去找出犯人的所在位置。
ルルーシュ找到了マオ，他的要求是ルルーシュ交出C.C.，而作为两人直接的交锋，マオ要求和ルルーシュ下棋。
战场上我方且战且退，进行着严密的防御。
ルルーシュ的形势也很不利，要同时思考那么多的事情。每被吃一个子，天平就向着炸弹爆炸的方向倾斜。面对此景，ルルーシュ也求起情来，然而当マオ吃掉最后一个子后，炸弹并没有爆炸，反倒是スザク赶了过来。他们已经解除了ナナリー头上的炸弹，而且在听到ルルーシュ的大喊后就赶了过来。因为ルルーシュ给スザク下过求生的指示，所以由他来解除炸弹是必定成功的。看见情况危急后，マオ立刻用父亲的事情来迷惑スザク，结果被他所逃脱。
此时ヒイロ也赶来支援大家，セロ也归位，他让大家以ヒイロ为中心展开攻势。尽管マオ依然在读心，但是ゼロ的指挥还是起了效果，他利用マオ不成熟的指挥让战场变得混乱起来。最终我方战胜了治安警察部队，而キリコ也抓到了プロト1，接下来就是ルルーシュ和マオ之间的事情了。
-战后剧情-
C.C.前来见マオ，并亲手杀死了他，之后她将与ルルーシュ共同前进。
最后ボロー他们发现了マオ之前纯属在装腔作势，这次事件让他们失去了プロト1，而且那个女人还落到了キリコ手里，现在他们更要抓紧干掉キリコ，这也是夺回プロト1的唯一手段。
第35話 炎
-战前剧情-
（地点：11区/シンジュクゲットー）
扇回到家中后ヴィレッタ前来迎接他，失去记忆的这个人已经接受了新名字千草，然而她也是知道ゼロ真相的人之一。
（地点：11区/トウキョウ租界）
由于极度的精神疲劳スザク住进了医院，セシル负责对他的护理。那天ミレイ会长接待的大人物就是ロイド，而且还是ニーナ小时候的伙伴，所以他也大概知道了スザク为什么住进医院。此时ユーフェミア也来看望スザク，由于マオ之前所说的话，スザク认为一个害死父亲的人不能作为骑士，但是ユーフェミア却如此地信任スザク，并且已经喜欢上了他，这让スザク又恢复了精神。
スザク把这件事告诉了ナナリー，ナナリー为他们祝福，之后ルルーシュ回来听说这两人的关系发展到如此程度后心情极为复杂，他将永远失去把スザク来进伙的可能。
（地点：11区/シンジュクゲットー）
キリコ把那名神秘女子带到了隐蔽所并表示并不会把她抓起来。当初キリコ因为执行任务才见到了她，现在不是军人的キリコ也不想做军人的事情。神秘女子是ギルガメス军研究的完美士兵PS素体一号，只有着プロト1的代号。
イスクイ把PS被キリコ打败的事情向上面做了报告，而且也得到了杀死キリコ夺回素体的指示，并且上边还会派来支援。
因为一个女人的出现改变了キリコ，ヒイロ对此事表示沉默，而扇的表情也很怪异。综合来看那个女人和キリコ都不是普通人，在他们身上还有很多秘密没有揭开。于是大家就希望キリコ把事情的来龙去脉说明一下，キリコ把之前小行星リド上面的事情说了一下，因为这个他正受到ギルガメス军的追杀，而且所有见过PS素体的人都要被处死。但是キリコ已经决定把那个女子给放了，ゼロ考虑之后也决定帮助那名女子离开这里。时间不多，今天晚上就要开始行动，伙伴的帮助让キリコ感受到很久都没有过的温暖。
敌全灭。
我方机体到达指定地点。
失败条件我方任一机被击坠。（我方增援后取消）
我方全灭。（我方增援后改）
SR取得条件レッドショルダー登场后4回合以内敌全灭。（レッドショルダー增援后出现）
我方初期配置スコープドッグTC（キリコ）
ブルーティッシュドッグ（ファンタムレディ）（レッドショルダー增援后撤退）
击坠初期敌人6机后或第3回合我方行动开始]
自选12机
开始没有回合限制，所以应该以全灭敌人为目的，注意最后一枪要让ファンタムレディ来打，保持キリコ为未行动状态。达成开始的胜利条件后，我方大部队在地图左上增援，キリコ和主角会移动到地图中间，当然不派他出现中间就没有他的份，不过可以利用这一点快速达成SR。红肩队出现在地图右下，他们数量并不多，关键是接下来增援的11区部队，他们出现在地图右上，所以我方大部队要往那个方向移动，注意敌人的命中回避都很强，我方要有足够的强化。
战场地图-战斗剧情-
神秘女子的机体被修好，现在就是带着她离开这里。但是治安警察也杀了过来，现在就是要全力冲过去。然而就在他们要离开的时候，一台AT突然出现在神秘女子旁边，キリコ大喊着フィアナ的名字冲上去解决掉了敌人，神秘女子很喜欢这个称谓，从此已后她就自称为フィアナ。然而随后出现的红肩队把他们给包围住了，并且抓走了フィアナ。接下来红肩队就是要收拾キリコ，看到キリコ有危险，我方众人也连忙赶了出来，连バニラ他们也驾驶机体出来帮忙。バニラ他们驾驶飞机从天下撒下大量的现金，结果把周围的人都吸引了过来，使得红肩队在人群中无法行动，但是红肩根本不管这些上来就杀人。撒钱这一场景让クロウ异常的激动，他冲上去也要抢那些钱，而趁这个机会キリコ正好脱身。
ブリタニア联盟的正规军也趁这个时机杀过来，这次他们要把イスクイ那帮不办人事的家伙也干掉，由他们来接管治安。但是这一回作战还是失败，不过从中还是可以看出コーネリア总督要有所动作了。
-战后剧情-
此时クロヴィス纪念美术馆落成，ユーフェミア副总督在会上做了发言，她决定在フジサン周围设立日本特别行政区，在那里11区人可以以日本人的身份生活，ブリタニア联盟的人在那里也不享有特权。
这让我方都不敢相信，但是ゼロ认为这并不是胜利，他认为这和ブリタニア联盟授予的荣誉ブリタニア人没有取消。但实际上这是给ゼロ出了一个难题，无论是赞成与否黑骑士团都要面临崩溃的处境，对于多数日本人来说这都意味着胜利，所以他必须要想办法，于是ゼロ内心深处的邪恶开始萌芽了。
我方其他人却并不是很在意，而由于没有涉及アストラギウス人，ゴウト他们对此也不感冒。キリコ第一次对バニラ他们表示感谢，也第一次露出了笑容，但是他一定要找回フィアナ，并向红肩队的建立者ペールゼン复仇。
第36話 血染めのユフィ
-战前剧情-
（地点：ブリタニア联盟/帝都ペンドラゴン）
由于ユーフェミア的决定使得11区的抵抗组织逐渐瓦解，治安情况开始好转，但是コーネリア并不喜欢这样，不过シュナイゼル支持这种方式。另一边他们新研制的实验体也要送往11区的ローゼンバーグ研究所，那是用神根岛的遗迹技术开发出来的，用来对付インペリウム以及其他威胁。
（地点：11区/シンジュクゲットー）
千草也要前往特别行政区的成立大会，但是扇此时却有一股不安感，于是他也要求一同前往。
现在越来越没有黑骑士团活动的空间，为了获得支持，ゼロ带着C.C.前往キョウト寻求协助，而大家讨论后也决定接受这种和平协议。很快ゼロ回来了，他指示大家前往フジサン。
（地点：11区/フジサン）
特别行政区成立大会上人山人海，很快ゼロ也来到会场，他要求和ユーフェミア单独面对面。
在单间里ルルーシュ拿枪指着ユーフェミア，但是他的目的是要让大家以为ユーフェミア向ゼロ开枪，这样日本人会更加不信任ブリタニア联盟。但就在下达命令前，ギアス能力出现了不安定情况。但是ユーフェミア还是劝说ルルーシュ和家里和解，回去享受皇位继承权，ユーフェミア相信自己可以找到和平之路。ルルーシュ也一时接受了，可是当他不小心说出杀死日本人的时候，他的ギアス能力突然发动，ユーフェミア出去后立刻发布命令杀死日本人。外面的ブリタニア骑士二话不说立刻执行，现场一片血雨腥风。
敌全灭。
失败条件我方全灭。
SR取得条件第2回合以内敌全灭。
我方初期配置ダイターン3（万丈）
自选12机
[初期敌人全灭后]
ガウェイン（ゼロ）
本话注意要派主角出场，并且击坠マルグリット。开场我方满气力，2回合以内全灭敌人不是什么难事。ゼロ在会场下面增援，他的气力只有正常水平。次元兽部队出现在地图右侧大半，不过接下来没有回合限制，可以慢慢打。
战场地图-战斗剧情-
黑骑士团的诸位潜伏在附近观看结果，但这时候アイム突然出现在这里，同时ディートハルト发来通讯，ユーフェミア在会场下达了杀死日本人的命令。
ディートハルト趁机把这个情况向全世界进行了转播，ゼロ看见ダールトン过来后打算利用现在这个情况获利最大化，顺便把他也干掉了。スザク要骑士们停止杀戮，这时候有个人出现表示由他来阻止杀戮行为，让スザク赶快去找ユーフェミア。
我方其他人从アイム那里听说是ゼロ干的好事，但是不管如何还是要去救人，然而大批的ブリタニア联盟部队挡住了我方。好在这时候万丈叫来ダイターン3，打开了会场的缺口，让民众得以脱出。
很快我方一起把会场外面的敌人全部消灭，而在内部看到事态不可收拾，ゼロ决定开枪干掉ユーフェミア。看到ユーフェミア被ゼロ杀死后，スザク愤怒至极。
ルルーシュ开出了机体，C.C.也知道了事情是因为ギアス失控。但是对外还得说是ユーフェミア设下的陷阱，而且ゼロ自称已经解决掉了ユーフェミア。前面アイム所说的话其实也是为了让クロウ动摇，他并不知道事情的真相。アイム的目的是为了让マルグリット来干掉クロウ。我方现在就是日本的希望，大家在ゼロ的指示下开始迎击。
アイム那边最终还是失败，最后万丈也跟我方一同离开。
-战后剧情-
シャルル知道这种事情发生后突然大笑了起来，他似乎已经知道了一切……
（地点：11区/フジサン）
コーネリア总督正在赶往这里，ユーフェミア现在还是见到日本人就要杀，连スザク也不例外，但她似乎已经快不行了。这时候一个神秘少年出现在スザク面前，他自称叫做V.V.，并且告诉スザク，这一切都是因为ゼロ而起的，而且还把所有的事情都说了出来。
（地点：11区/シンジュクゲットー）
因为这次事件，世界各殖民地都发生了暴动，而后又因为次元兽的出现而使局势更为混乱。此外万丈是受F.S.委托来到这里调查インペリウム的动向，这次就是追着アイム来到11区。此后神楽耶来见ゼロ，她是キョウト6家的最高位者，这次是来认ゼロ为自己的夫君的。不过ゼロ拒绝了神楽耶，并表示之后将转入ZEXIS继续活动，先消灭インペリムウ之后再解放11区，于是这里又要拜托那个疯狂的记者ディートハルト。
（地点：11区/トウキョウ租界アッシュフォード学园）
ルルーシュ在离开前又见了スザク，不过两人都没有把话说破，但是彼此已经有所感觉。ルルーシュ内心的邪恶正在膨胀，C.C.对此是有察觉的……
第37話 雄々しく……そして、美しく
-战前剧情-
（地点：アザディスタン王国）
3大国家虽然结成了军事同盟，但实际上他们是在彼此互不放心的情况下达成的妥协，因此共同占有了GN技术。目前由于屠杀事件导致ブリタニア联盟内部反抗不断，インペリウム也趁机送出了次元兽，已经有4个区的政府完全崩溃。シーリン向マリナ提出了地球联邦的构想，与ZEXIS联手一起对付インペリウム。
（地点：日本近海/龙牙岛ドラゴンズハイヴ）
日本同时面临ヘテロダイン灾害和Dr.ヘル的机械兽大军的攻击，但是在追加了飞行器的マジンガーZ的活跃下击败了机械兽大军，然而同时早乙女研究所的ミチル在实验事故中身亡。アルト他们在访问ガリア基地的时候秀了一把，过来捣乱的トリニティ也被彻底击溃。可以确定ソレスタルビーイング内部出了叛徒，但是那个人掌握了ヴェーダ，所以ソレスタルビーイング无法追击他，不过他们还是从イオリア那里获得新兵器。11区的ユーフェミア副总督下令屠杀日本人，这让カレン他们更加痛恨ブリタニア联盟，但事情真相却是因为ルルーシュ的ギアス失控，不过由于万丈在关键时候的帮忙，才把受害降到最小。
ソレスタルビーイング方面的装备都得到了增强，プトレマイオス也得到了强袭用外挂部件。但是3大国现在也得到了GN技术，而且那个叛徒肯定不会放过我方。不过在那之前我方要面对モラリア共和国的PMCトラスト，那个组织也和叛徒有着联系，这个代号为X先生的神秘人故意让ソレスタルビーイング成为全世界的敌人，从而达成自己的目的。然而这边的F.S.也有很事情瞒着我方，就在大家追问的时候，突然又有客人来到了这里。
来的人是ランカ、シェリル和エイーダ，这个时候ニア找错房间也来到了这里，谈话间ニア哼起了アイモ，并说这首歌是螺旋王在她小时候哼过的……
敌全灭。
失败条件アルト被击坠。（ファイナルダンクーガ增援后取消）
我方战舰被击坠。（我方战舰增援后追加）
R-ダイガン被击坠。（R-ダイガン增援后追加）
アルト或者忍被击坠。（ファイナルダンクーガ增援后改）
SR取得条件インベーダー登场后3回合以内敌全灭。（インベーダー增援后出现）
我方初期配置VF-25FメサイアF（アルト）
我方增援[击坠初期敌人4机后或第3回合我方行动开始]
マクロス·クォーター要塞艦型（ジェフリー）
プトレマイオス(C)（スメラギ）
ダイグレン（ダヤッカ）
自选15机
[初期敌人全灭后]
R-ダイガン（？？？）
[击坠インベーダー5机后]
ファイナルダンクーガ（忍）
本话开始有选择ランカ和シェリル，选择和之前同样的人物在以后可以获得アルト的隐藏装备。开场后アルト满气力，我方增援出现在地图右侧，但是这里不要急着去全灭敌人，下一批インベーダー出现在地图上边和左边，所以布好阵后再全灭初期敌人。R-ダイガン则出现在アルト附近，此外レギュラスα出现在地图下边，ファイナルダンクーガ出现后就和R-ダイガン一起移动到地图中间，剧情过后一台敌人会被打剩40%HP。
战场地图-战斗剧情-
アルト带着ランカ和シェリル在飞行，3个人坐一架飞机实在是有点挤，不过アルト可以选择听谁的歌。（选择：シェリルの歌をリクエスト/ランカの歌をリクエスト）但是没多久就发现有兽人部队在向这里接近，アルト来不及返回，只能等待我方的增援，而螺旋王的目标就是ランカ和シェリル。
好在我方部队很快就赶了过来，看见大家的偶像被攻击了，我方男性众更是气不打一处来，对敌人展开了攻击。很快就击败了这些兽人，但是接着インベーダー也出现在这里，而且有一只直接就撞上アルト，就在这架小飞机要坠落的时候R-ダイガン出现救了他们，此时ランカ突然感觉驾驶这台红色机体的人就是エイーダ。不过现在不是追究这个的时候，尽快歼灭インベーダー才是。
然而很快又有新的敌人出现，万丈认出这就是F.S.所担心的月球上的敌人，R-ダイガン的驾驶员也知道敌人的底细，所以上去与他们交战。然而R-ダイガン的力量完全不是敌人的对手，就在エイーダ自己陷入危机的时候，忍他们再度出现了，并很快就将敌人打败，至于敌人的详细战后F.S.会向大家说明的。
战斗结束后エイーダ再度离开，但是忍告诉大家马上就能再和她见面的，而F.S.终于要向大家公开事情真相了。
-战后剧情-
（地点：日本/东京）
此时ラグナ已经被暗杀，トリニティ完全崩溃，ウラジミール不得不认输了，现在她也要停止单独行动，因为PMC已经找上了门。ウラジミール让エイーダ赶快离开，她来拖延时间，不过サンドマン的到来替她们解了围。
（地点：日本近海/龙牙岛ドラゴンズハイヴ）
忍他们兽战机队也是因为时空震动来到这个世界的，那时候他们刚和ムゲ帝王打完，F.S.将他们保护下来，并以他们为基础开发出来ダンクーガノヴァ。ダンクーガノヴァ从世界各地吸取各种生物的数据，但是人类的自身的数据一直都不完全，所以要试用不同的驾驶员，而唯有葵他们可以发动野兽形态。至于让他们屡次进出战场也是为了提升他们的能力，最后用来和威胁人类的家伙们决战，而一旦地球被灭亡ダンクーガノヴァ依然可以携带着各种生命的数据到宇宙里继续这个星球的生命。R-ダイガン则是另一个保险，不过现在是它们2台机体合二为一时候了。但是忍和葵都不同意用ダンクーガノヴァ作为逃跑装置来使用，不管如何要和敌人战斗到底，为此忍要求和ZEXIS同行。
（地点：ブリタニア联盟/エドワーズ基地）
X先生向3大国的国联军提供了30台太阳炉，不过各个国家派出的精鹰和之前的联合军并没有多大的区别。然而グラハム拒绝担任队长，而且不同意换机，他就要驾驶フラッグ来打倒ガンダム为ハワード报仇。
第38話 果たされる約束
-战前剧情-
（地点：ブリタニア联盟/纽约国联总部）
コーダ前来见エルガン，问他知不知道第303独立愚连队全都是冒名顶替的。由于デューイ有虐待战争孤儿的行为被告发，这才揭出了事情的真相，但是由于随后デューイ就被暗杀，所以ドーハ悲剧的详细无从查知。当时时空震动实验用的就是那批战争孤儿，而暗杀デューイ的人就是ホランド。也就是说本来要参加ZEXIS的是别人，但是被犯罪份子ホランド一行混入了。然而エルガン知道这些事，但依然给予ホランド他们支持，因为他知道这些人以及イマージュ是时空修复的关键之一，而且他们还要利用インペリウム的力量。
（地点：ヴォダラ宫）
アネモネ在这里等来了アサキム，这个宇宙就是以イマージュ的力量而诞生的，アサキム身上也有那种力量。
（地点：日本近海/龙牙岛ドラゴンズハイヴ）
シェリル提前返回，而之后由谁来护送ランカ却引起了风波，オズマ坚决反对桂和ミシェル来护送，クロウ和アスラン也不行。此时ランカ正在找あい君，结果在ニルヴァーシュ旁边发现了它，这样ランカ就选レントン来送她离开，她想听听有关エウレカ的事情。
（地点：日本/东京）
レントン把ランカ送到了东京，结果才和ランカ告别，レントン就遇上了ホランド，ホランド打蒙レントン后就打算带着他离开，但却撞上了クロウ，但是ホランド也是早有准备，他后面还带着マルグリット，这样ホランド就趁机离开了。就在マルグリット和クロウ要交战的时候，アサキム走来，マルグリット感到这个男人的气场超出她的想象，于是马上就离开了。アサキム也把クロウ叫做摇摆的天秤，并说自己是クロウ的敌人，在临走前他告诉クロウ，レントン会被带去ヴォダラ宫。
（地点：ヴォダラ宫）
レントン被带回到月光号上，ハップ和ストナー逼着他一定要协助他们。就在第一次时空震动实验失败后，ワルサワ实验室又制造出了エウレカ7，那个就是存在于エウレカ体内的晶体，其中包含着密码，只要エウレカ和イマージュ融合就能打开异次元的门，而要达成那个融合レントン就是关键。月光号的人们追求的是时间永远停止的世界，这样他们就可以永远存在，所以レントン除了和他们合作别无出路。ストナー给レントン30分钟考虑，只后将采取强制行动。这时候恢复成幼体的ニルヴァーシュ来到レントン面前，而且还带来一只ジ·エンド……
月光号的人都来到了ヴォダラ宫的地下，他们见到了アネモネ。当年アネモネ就和ドミニク商量好了，只要带有希望种子的人前来就解除封印，白色的圣者就将出现。她和エウレカ都是イマージュ对于人类所做的梦而幻化出现的架空存在，但是只要人类一接触イマージュ梦想就会变成实在的东西。至于为什么她们现在还能存在，具体原因却是不知道，只是她们一旦死了，这个世界也要就要灭亡了。这时候突然大批イマージュ出现在ヴォダラ宫上空……
敌全灭。
失败条件ホランド被击坠。（ファイナルダンクーガ增援后取消，次元獣增援后改回，レントン增援后取消）
イマージュ到达ヴォダラ宮。（レントン增援后取消）
我方战舰被击坠。（我方战舰增援后追加）
ホランド或者クロウ被击坠。（我方战舰增援后改，次元獣增援后取消）
SR取得条件第6回合我方回合以内敌全灭。
我方初期配置ターミナス 303（ホランド）（レントン增援后撤退）
我方增援[第2回合我方行动开始]
マクロス·クォーター要塞艦型（ジェフリー）
プトレマイオス(C)（スメラギ）
ダイグレン（ダヤッカ）
ブラスタ（クロウ）
自选15机
[击坠初期敌人8机后]
νガンダム（アムロ）
百式（クワトロ）
[次元獣增援后击坠敌人6机后]
ニルヴァーシュ specV（レントン）
开场ホランド气力+20，我方增援在地图右边出现。剧情后アムロ和クワトロ在地图右边增援，他们气力都+20，而次元兽出现在地图下方。レントン出现在地图上方，他出现后ホランド就跑了，同时失败条件也就剩下一个。
战场地图-战斗剧情-
ホランド一人出击对抗敌人，他决不允许什么人来破坏他的梦想，而月光号准备脱离。很快我方也来到了这里，我方提出和ホランド好好谈谈，虽然ホランド嘴巴臭的很，但还是先击退敌人为大。
アイム果然也来到了这里，他又说マルグリット家族都是死在クロウ以前所属的ファイヤバグ所引起的事件中。趁着クロウ的心又在摇摆的时候，アイム杀了过去要取得クロウ的スフィア。结果这时候アサキム也来了，他来抢アイム所持有的スフィア。看到自己失算了，アイム下令后退，并命令マルグリット掩护他。而在临走前マルグリット说出了真相，他弟弟是和クロウ堂堂正正的战死的，所以不用为之不安。アイム跑了后アサキム就对准了クロウ，但这时候一直隐藏着的アムロ和クワトロ赶来，他们打跑了アサキム。
但是在作战中，突然有一只イマージュ从侧后高速冲入ヴォダラ宫，眼看就要接触到エウレカ了。这时候レントン被卷入到爆炸中，但他在梦中看见了自己的老师ドミニク，ドミニク告诉他只要怀着对未来的希望就能让美好之花开放。醒来后レントン全力去救エウレカ，这时候ニルヴァーシュ闪起光芒，进化成了ニルヴァーシュ specV，用这个レントン不仅救回了エウレカ还向她表白了。而后アネモネ出来问ホランド为什么不能像他们那样以自己的力量创造出神话？不过ホランド现在还绕不过这个弯，他和月光号一起撤退了。
最终我方其他人一起收拾掉イマージュ和次元兽，这场战斗也是レントン和エウレカ崭新的开始。
-战后剧情-
イマージュ想要的就是エウレカ体内晶体所携带的信息，知道了这个就知道了人类的弱点，从而可以毁灭世界，如果エウレカ死了，这种事情就不会发生。不过レントン绝对不会允许任何人伤害エウレカ，他和ZEXIS的同伴们一定会竭尽全力保护エウレカ。随后アネモネ也出来祝贺他们，只是当ZEUTH的成员看到她后都吃了一惊。
クロウ以前所在的ファイヤバグ是ブリタニア联盟最臭名朝著的特殊部队，而ZEUTH众告诉他，那台ブラスタ上面的VX系统很可能就是スフィア，アサキム会攻击那些能够发动スフィア的人，不过目前为止クロウ还没有从スフィア那获得什么信息。从アサキム称呼クロウ为摇摆的天秤来看，アサキム之所以会救クロウ就是为了满足发动スフィア的条件。发动スフィア后发动者的身体会出现一系列变化，不过クロウ还没有到这一步。虽然不驾驶ブラスタ就可以避免被追杀，但是クロウ已经不想放弃了，只有当他还清欠债并且打败インペリムウ后他才会离开ブラスタ。
这段时间里一直是OZ的トレーズ在保护アムロ和クワトロ，不过这次国联军的最高统帅就是这个トレーズ以及シュナイゼル，在背后支持的OZ的则是ロームフェラ财团。但是トレーズ在保护地球方面还是挺下力气的，只是他是个固执的人。此外一直和我方搞摩擦的PMCトラスト也在AEU的支持之下，不过因为是民营企业，我方不好去攻击。这时候キリコ以前的同伴发来通讯，发现了红肩队的秘密基地，不管怎么说拆去PMC的一只胳膊也是好的。不过应该还会有其他人会前往那个基地，其中就包括キリコ的恋人。此外那个基地内部只有20米高，只能让M体积以下的机体进入，这场作战将会是场苦战。
第39話 ザ·ラストレッドショルダー
-战前剧情-
（地点：デライダ高地）
我方就要对敌人发动攻击，而在这时候キリコ想起了过去在サンサ行星的战斗。这时候グレゴルー带着手下来见キリコ，他们也曾经是红肩队的成员，但是已经和那个组织划清界限。现在是时候向ヨラン·ペールゼン的团体发起最后攻势了，也是向他偿还血债。
当年キリコ加入了由捣乱份子所组成的バーコフ分队，就在大时空震动前他们被派往モナド行星的最前线作战……
前篇
胜利条件敌全灭。
失败条件我方任一机被击坠。
SR取得条件-无-
我方初期配置スコープドッグTC·ISS(M)（キリコ）
スコープドッグTC·ISS(MG)（バーコフ）
スコープドッグTC·ISS(G)（コチャック）
スコープドッグTC·ISS(S)（ゴダン）
スコープドッグTC·ISS（ザキ）
开场全员气力+50，キリコ限制为36级，击坠数为15，并且机体不继承之前的改造。这里的关键是バーコフ队的每个人都要有击坠敌人。注意キリコ这里的击坠数不能继承到后面。
战场地图-战斗剧情-
バーコフ分队当时正在モナド行星最深处，然而其他队员都不喜欢这个红肩队出身的キリコ。当初ペールゼン发现キリコ是异能生存体，从而将他配属进红肩队来验证生存能力，而这群人能活到现在也全亏了キリコ。就在这时候バララント的部队将他们给包围了，这群自以为也异能生存体的家伙高呼着不怕死向敌人冲了上去。
就这样他们消灭了全部的敌人，就在他们以为没事了的时候，又有敌人杀了过来，コチャック上来就被击杀。ゴダン要为コチャック报仇，但也被敌人乱枪打死。之后バーコフ也被炮击击中，随后他下令剩下的キリコ和ザキ赶快撤退，这次作战已经失败了。
紧接着这个行星就开始崩坏，行星中心的クエント文明的技术核心开始失控。但是精神开始失控的ザキ把枪对准了キリコ，有人通过精神暗示对他下达了指示，但是最后ザキ选择的是自杀。这次行动就是ペールゼン做的一次异能生存体实验，所以キリコ最终离开了红肩队，并且和グレゴルー一起向他们复仇，切断了和他们的联系后キリコ就可以和フィアナ一起生活下去。
在这次作战前，キリコ的机体有必要进行强化。而且根据グレゴルー他们提供的情报，现在还有一个驾驶ガンダム的人也在那个基地里。但在作战前ムーザ和バイマン发生了冲突，但是最终在キリコ的劝解下，他们还是一起去作战。
フィアナ现在也在那个基地里，并和イプシロン在一起，但她在イプシロン面前说的是自己的代号プロト1。フィアナ就是第1号完美士兵PS，イプシロン也是PS，キリィ他们对イプシロン的脑部植入了攻击冲动的程序。ペールゼン要求全力强化作战而不用考虑其他问题，但是フィアナ在改造前因为见过キリコ而心存感情。ペールゼン之所以研究キリコ，就是为了制造出超越他的战士，所以只有除掉了キリコ才能证明PS成功了。这时候他们已经发现了我方部队在接近中，而サーシェス也在这里协助ペールゼン，此外イプシロン也要出击作战，只有打倒キリコ他才有活下去的价值。
后篇
胜利条件击坠ブラッドサッカー(リーマン)。（イプシロン增援后取消）
击坠ブラッドサッカー(イプシロン)。（イプシロン增援后改）
失败条件キリコ或者グレゴルー被击坠。
SR取得条件击坠イプシロン，イプシロン在HP8000以下撤退。（イプシロン增援后出现）
我方初期配置スコープドッグTC·LRS（キリコ）
スコープドッグTC·LRS(HG)（グレゴルー）
自选15机
这里只能出S和M体积的机体，ガイヤー也无法合体。注意サーシェス的命中回避非常变态，小心キリコ被打死，最好能先解决掉他。イプシロン就出现在グレゴルー的上面，此时要注意保护グレゴルー。イプシロン要由キリコ击坠，但他在HP8000以下会撤退，如果キリコ没出魂的话就需要用CT来杀他了。过关时キリコ的击坠在70以上且满足本话的要求则获得スコープドッグTC·ISS(M)。
战场地图-战斗剧情-
我方突击部队冲入了基地，敌人的部队随后也出现，刹那也再次遇到了サーシェス。果然一看见战斗イプシロン就兴奋不已。此时的他对于战斗以外的事情完全没有了认识。
很快リーマン战死，サーシェス则趁机逃走了。可就在大家要去找ペールゼン算帐的时候，イプシロン杀了出来，他径直攻击向グレゴルー，这么快的反应速度让キリコ以为是フィアナ，所以一时不好下手。但是交战后キリコ还是击败了イプシロン，イプシロン发狂般的逃跑，キリコ追了过去。而那在那个地方他见到了ペールゼン，就在两人对话的时候イプシロン又杀了回来，他击破了キリコ的机体，而后イプシロン露出了面目。这时候キリコ才知道对方不是フィアナ，但是现在在他已经完全暴露在敌人的枪口下。ペールゼン大喊着要イプシロン杀死キリコ，然而フィアナ却要イプシロン住手，并且她还用身体挡在キリコ前面。就在他们僵持的时候，グレゴルー等人冲到ペールゼン面前将他打成了蜂窝。失去了ペールゼン的指示，イプシロン冲过来带走了フィアナ。就这样消灭了ペールゼン，但是キリコ还是没能和フィアナ在一起，他的战斗还将继续下去。
-战后剧情-
（地点：デライダ高地）
ロッチナ接收了ペールゼン的技术，而其他部队也被他收归到秘密组织，他将继续追击这个异能生存体。
我方在这个基地里并没有发现什么有价值的情报，但是红肩队确实和ソレスタルビーイング的叛徒有所勾结，现在还必须要尽快查出这个叛徒的真实身份，否则对世界的危害将更大。之后ゼロ试图修复了部分资料，从中可以看出这个基地并不是ペールゼン在管理，而在他身后还有一个更大的组织，这个组织从ギルガメス军那里抢走了PS，并在11区的实战中获得战斗资料，与11区的治安警察有所联系。他们叫做秘密组织，在这个世界的暗地里已经结了一个严密的组织。此外ペールゼン还在受一个神秘人物的资助，那个人很可能就是ソレスタルビーイング的叛徒，而这个人与国联有所关联，难道这个叛徒就是神通广大的エルガン？
グレゴルー他们也都活了下来，打败ペールゼン后他们也就没有再战斗的意义。玉城邀请他们加入黑骑士团，但是他们只是想去11区过日子。他们叫キリコ也一起去，但是キリコ还有战斗的理由，他要找回フィアナ。就这样グレゴルー他们和キリコ告了别，不过グレゴルー把自己的机体留给了キリコ，并且这里还留有不少装备可以用来改装。
キリコ解决一个困绕他的问题，但是面对新出现的PS以及フィアナ，还有更多的难题等着他去解决。
（地点：ブリタニア联盟/纽约国联总部）
エルガン又与アサキム见了面，最近日本的早乙女研究所就要发生大的变故，世界末日就要开始了……
第40話 降臨!! 真なる者!
-战前剧情-
（地点：太平洋）
正在返回日本途中的我方从エルガン那里得到早乙女研究所要出大事的情报，然而现在我方对于エルガン正是有所怀疑的时候，虽然他还没有欺骗我方什么，但是他似乎隐瞒了很多事实。此刻一直在监视早乙女研究所的安全保障军还没有任何发现，但是竜馬也有和エルガン相同的预感。这时候我方又发现有巨大飞行颜面在前往早乙女研究所，这下看来是肯定要出事了。
（地点：日本/早乙女研究所）
早乙女博士认为世界的末日就要来到了，现在谁也不能阻止他把ゲッター线究极化。敷島博士已经竟开始准备后路，这将是一场恶战。
胜利条件击坠ダイガンテン。（击坠ダイガンテン后取消）
击坠真ドラゴン。（击坠ダイガンテン后改）
失败条件我方战舰被击坠。
竜馬或者シモン被击坠。（竜馬撤退后取消）
SR取得条件第6回合以内过关。
我方初期配置マクロス·クォーター要塞艦型（ジェフリー）
プトレマイオス(C)（スメラギ）
ダイグレン（ダヤッカ）
ゲッター1（竜馬）（击坠初期敌人10机后撤退）
グレンラガン（シモン）（击坠初期敌人10机后换装）
自选15机
[击坠初期敌人10机后]
グレンラガン(GW)（シモン）
[击坠ダイガンテン后]
真ゲッター1（竜馬）
两边敌人合计击坠10机后发生剧情，ゲッター1撤退，巨大ゴール&ブライ在地图左边增援。グレンラガン移动到研究所左下，追加空飞能力。注意击破ダイガンテン后巨大ゴール&ブライ以外的敌人都会撤退，除非赶回合，不然还是留到最后。真ドラゴン出现在研究所正中，インベーダー出现在左边和上边，而真ゲッター1就出现在真ドラゴン下面两格的位置。此时竜馬3人气力全满，SP全恢复。真ドラゴン的HP在10万上下，火力不够的话可能一回合不能解决掉它。
战场地图-战斗剧情-
シトマンドラ带领兽人部队来到了早乙女研究所，而早乙女博士派出了一系列ゲッターロボ出来阻拦。就在他们两方交战的时候我方也杀到，看着已经对人类失去希望的早乙女博士，我方都不敢相信他是一位科学家了。但是现在我方被夹在这两大团敌人中间，必须要全力出击！
但是和这两大部队交战还不算完，大量的インベーダー开始涌向早乙女研究所，竜馬他们驾驶机体冲过去向它们发射ゲッター射线，然而这次它们却吸收了ゲッター线并且进化了。正在他们一时找不到办法的时候，弁慶要他们赶快分离，随后发射了预备的ゲッターマシン，竜馬、隼人、武藏各驾驶一机，然后3机将力量合在一起发射了ゲッター射线，这下インベーダー因吸收了过量ゲッター线而进化失控全部被消灭。但是随后从研究所里突然冲出一只怪物，瞬间就将竜馬他们全部击破了，现在这3人赶紧进入研究所去看看早乙女老头到底在搞什么。另一边シトマンドラ则下令趁这个机会解决掉他们，眼看兽人的战机要到达竜馬他们头上的时候シモン冲过去跳上高空，硬生生的拆掉敌人的翅膀装在了自己的机体的身上，现在他们也可以飞空了。
接着シトマンドラ被我方击退，兽人离开了战场，而后研究所周围的ゲッターロボ也都停止了活动。但是随后出现了更多的ゲッターロボ，并且这些ゲッターロボ全都分离后撞在了一起组合形成巨大的一台机体。早乙女博士管这个叫做真ドラゴン，它将招来世界末日，而在真ドラゴン身后还站着一个神秘男人。竜馬上去要和早乙女博士算帐，但是弁慶把元気带到了武藏旁边，而后敷島博士告诉大家那个机体就是ゲッター线的化身，然而早乙女博士还留下了平衡ゲッター线防止失控的最后手段真ゲッター。
ゲッター炉一旦失控这一带都会被完全污染，这时候竜馬他们驾驶真ゲッター出击，然而又有大量的インベーダー被ゲッター线吸引了过来，它们也注意到了真ドラゴン的出现。
真ゲッター瞬间就消灭了外面那个大怪物，而这时候早乙女博士说明了，这个怪物就是竜馬和隼人的复制人，但是不知为何制作失败了。
最终我方阻止了真ドラゴン的失控，眼看真ドラゴン就要沉寂下去，早乙女博士让自己的孩子元気继续他的事业。随后早乙女研究所就爆炸了，我方也要赶快离开这里。
-战后剧情-
（地点：ブリタニア联盟/纽约国联总部）
コーウェン和スティンガー也知道了早乙女博士的失败，他们的计划得要适当向后推迟了。然而エルガン是知道这2个人的底细的，开枪射杀了他们，果然他们2人都现出了インベーダー的真身，随后就逃离了这里。ドーリアン听到枪声后赶来，但是已经看不到什么了。
（地点：日本/早乙女研究所）
自从ミチル死后早乙女博士就变得奇怪起来，他现在到底是正是邪也让人完全捉不着头脑，这一切都是因ゲッター线而起。インベーダー的目的就是要获得ゲッター线，而当他们吸收过度就会爆发。现阶段还没有能够控制真ドラゴン的方法，如果真的发动的话会将日本全部都污染。现在没有了早乙女研究所，所里的人也要各谋出路，敷島博士要去光子力研究所。此外还有兽人和インベーダー相应的活动，现在实在是看不出个头绪。
（地点：太平洋）
ガイオウ也感觉到日本出了什么事情，他要一个人前往了那里并且好象想起了什么，这是吉是凶，现在也看不出来。
（地点：印度洋）
受了重伤的早乙女博士来到一个巨大试管前，他将试管中的人称之为號，那个人就是刚才发动真ドラゴン的人，此时ガイオウ来到了这里……
第41話 マーグ、その命
-战前剧情-
（地点：黑暗大陆/王都テッペリン）
シトマンドラ又失败了，这下グアーム要求由他出战，但是为什么那台小型颜面ラガン会有如此之大的力量。螺旋王说出那是螺旋力的萌芽，所以要在ズール皇帝对这个星球下手前处理掉，之后再考虑和他的作战。
（地点：日本/伊豆半岛バトルキャンプ）
我方正在为最近发生的一系列事件而头疼，这时候有人要见闘志也和マリン他们。那个人是第8行星对抗ギシン帝国地下组织的ルイ，マリン他们在前往地球途中受到ギシン星部队攻击的时候和她认识了。如今ルイ是来告诉大家，ズール皇帝已经亲自来到太阳系，所以我方决定前往ギシン星部队的基地进行调查，这样タクル就要和敌人来场大战。
（地点：宇宙/暗礁宙域ギシン星人前线基地）
ズール皇帝已经来到了这里，他下令マーグ要尽快去消灭掉マーズ，并夺取反阳子能源来控制全宇宙。再次被精神控制的マーグ对此完全不抱疑问，然而ロゼ认为再次接触マーズ的话マーグ还是有可能会记起来的。
胜利条件タケル说得マーグ。（说得マーグ后取消）
击坠マーグ司令船。（说得マーグ后改，ダイガンド增援后取消）
击坠或使ガニメデス和ダイガンド撤退。（ダイガンド增援后改）
失败条件我方战舰被击坠。
タケル被击坠。（ダイガンド增援后取消）
マーグ被击坠。（说得マーグ后取消）
SR取得条件击坠ダイガンド，ダイガンド在HP10000以下撤退。（ダイガンド增援后出现）
我方初期配置マクロス·クォーター要塞艦型（ジェフリー）
プトレマイオス(C)（スメラギ）
ダイグレン（ダヤッカ）
ガイヤー（タケル）（击坠マーグ司令船后撤退）
自选15机
[ガニメデス或者ダイガンドHP70%以下后]
ゴッドマーズ（タケル）
本话记得要派甲児出场，把甲児移动到兜家的位置可以获得超合金Z。注意必须由タケル先说得マーグ，然后将其击坠。ロゼ的机体出现在地图左下，而兽人是在地图上方增援，レギュラスα出现在地图右边。把ガニメデス或ダイガンド之一的HP打到70%以下发生剧情，ガニメデス移动到海岸边，而タケル在地图左边登场，这次强制六神合体并全恢复满气力。注意ダイガンド在HP10000以下撤退，不过一个热血就能带走它。击坠ガニメデス后初期敌人会全部撤退，要留到最后。完成隐藏要求的话过关后可以得到勇者の印。
战场地图-战斗剧情-
在出发前ダイグレン也装备了飞行系统，所以也可以飞了。此次タクル决心要救回哥哥，大家也都会帮助他。而这时候敌人却自己先杀了过来，带头的就是マーグ。或许把自己的声音传达过去就能够唤醒マーグ的记忆，タクル决定全力以赴。
タケル冲上前去把事实向マーグ叙述了一遍，但是因为有ロゼ在旁边提点，结果这样无法让マーグ的内心出现动摇，必须要单独把マーグ带出来才行，这样就必须要击破マーグ所在的战舰。
最终战舰被击破，ロゼ脱出继续和我方最终，而マーグ则和飞船一起坠落。タケル一个人追了过去，我方其他人则拖住了ロゼ。但就在这时候大批的颜面出现在这里，グアーム此行不仅是为了消灭ZEXIS，也是为了让ギシン星人看看他们兽人的实力。螺旋王统治那片大陆已经超过1000年了，而人类正在走向末日，为了打发时间他才制造出ニア这种人形生物，没有用处了也就扔掉。说完后就对场上双方发动炮击，就在大家应付他们的时候，月球上又飞来了那些神秘机体，月球上的监视者也出动了吗？
就在我方与敌人交战的时候，タケル也在尽全力说服マーグ，直到マーグ看见那个项坠后才突然想起了什么，之后タケル发动攻击打翻了マーグ，这时候マーグ恢复了记忆，停止了战斗。此时ロゼ上去要攻击タケル，但是マーグ用自己的身体挡在了炮前，ロゼ无法开火。然而ズール皇帝这时候控制了ロゼ，她最终还是开了火，マーグ为保护タケル而被击中。看见哥哥生命垂危，愤怒的タケル叫来了所有机体合体向ロゼ发动了反击。
ロゼ很快就失败，但是她打算就此撞向ゴッドマーズ，然而这时候她妹妹ルイ出现在战场，在看到妹妹之后ロゼ不得不离开了战场。
最终也击败了グアーム，现在螺旋王手下的4天王已经全部被我方击败，是向他的根据地进攻的时候了。但是虽然击败了敌人，可マーグ的生命也要走到了尽头，他最后的要求是能投向地球的大海。ギシン星人并不都是坏人，要打倒的只有ズール一个，这是マーグ最后对タケル所说的。
-战后剧情-
（地点：宇宙/暗礁宙域ギシン星人前线基地）
失败的ロゼ回去后并没有被ズール处决，而是被派去继续去消灭マーズ，她现在也要为マーグ报仇。
（地点：日本/热海）
对于哥哥的死去タケル异常悲痛，这时候母亲静子过来安慰他，并要他不要忘记为什么而战，报仇不是全部，现在是要把マーグ的心愿和自己合在一起，继续和ZEXIS们奋斗。此外ルイ告诉タケル，她姐姐ロゼ也是第8行星的人，在星球被攻陷后就被ズール皇帝收为部下。タケル表示他不会杀掉ロゼ的，而是会说服她停止为ズール卖命。现在ギシン星的本队就要来临，在地球受到严重破坏前一定要先打败他们。
选择前往黑暗大陆
第42話 明日への凱歌
-战前剧情-
（地点：ブリタニア联盟/ラングレー基地）
3大国的部队再次开始集合，准备要向兽人和ギシン星人发动总攻，身体一部分被机械取代的ジェレミア也参加了行动。在屠杀事件之后ユーフェミア被剥夺了皇籍，国联军的敌人还有一个インペリウム，只有打败他们各个国家才有明天可言。
（地点：日本/伊豆半岛バトルキャンプ）
为了对付不同的敌人ZEXIS又分成了两部分，趁着インベーダー停止活动的间隙，我方决定去消灭兽人和ギシン星部队，クロウ又可以自由选择去哪边。（选择：暗黒大陸へ向かう/宇宙へ向かう）另外这次トライア给予的结算是40万G，クロウ的欠债还有110万G。
（地点：非洲大陆东部）
インペリウム在这里一路前进的过程中又毁灭了3个国家，目前3大国家正在组成国联军，直接与他们挑战还是很不明智的。如今ガイオウ和アイム他们都不在，シオニー成了个空头政务官。
（地点：日本/东京御台场）
在去黑暗大陆前我方还是在21世纪警备保障那里休整一下，趁这个休息的时间，大家提出要给カレン换上洋装。目前连Dr.ヘル都没有再出现过，唯一还在捣乱就只有ヘテロダイン，日本已经是相当的和平。インペリウム一直在非洲徘徊，估计是不想与3大国家直接冲突。就在这时候传来上次出现的巨大ヘテロダイン又在新宿出现的消息，我方要赶快赶去。
由于连续界震的发生，那一带的次元境界线处于非常不稳定的状态，而如果那么大的ヘテロダイン继续增殖，7天后就将覆盖整个日本，一个月就把全地球都盖住了。现在唯一的手段就是破坏ヘテロダイン的原始核心，可是在ヘテロダイン的表明好象有着什么隆起，但是大家都没当回事。在出发前大河内社长告诉大家，12年前他们在对付ヘテロダイン使用了OE兵器，结果对东京造成了巨大伤害。这次军方又在考虑使用OE兵器，为了不让12年前的惨剧再次发生，大河内社长希望我方的作战能够成功。
第6回合以内破坏ヘテロダイン的核心。（ブラックダイ·ガード增援后取消）
第6回合以内击坠ブラックダイ·ガード。（ブラックダイ·ガード增援后改）
失败条件我方战舰被击坠。
赤木被击坠。
第7回合开始。
SR取得条件第5回合我方回合以内先消灭其他所有敌人，最后再破坏ヘテロダイン的核心。（ブラックダイ·ガード增援后取消）
第5回合我方回合以内先消灭其他所有敌人，最后再击坠ブラックダイ·ガード。（ブラックダイ·ガード增援后改）
我方初期配置ダイグレン（ダヤッカ）
ダイ·ガード（赤木）
自选15机
本话要派主角出场，マルグリット可由主角说得后撤退，也可以击破她，但是考虑到场上的情况还是让她撤退比较好，随后エメラルダン在地图左上增援。我方机体进入距离地图上方版边12格距离内ブラックダイ·ガード就在原始核心的格子增援。次元兽的首要攻击目标就是ダイ·ガード，要注意保护。由于ブラックダイ·ガード不会向我方移动，要SR就必须从开始全力向上冲上去。
战场地图-战斗剧情-
我方来到了巨大ヘテロダイン的顶部，这里远在地面之上，此时コクボウガー在地面上待机。就在大家准备开战的时候，アイム再次出现，他向大家说明他的目的就是要集齐12スフィア，随后大量的次元兽出现，而且マルグリット也在其中。这时候ヘテロダイン的增殖开始，我方时间已经不多了。而安全保障军决定在6分钟后使用OE兵器，如果那个时候还不能破坏ヘテロダイン的原始核心东京就完了。随着核心位置的确定，赤木3人奋勇向前。
战斗中クロウ想要问清楚マルグリット有关他弟弟シェーヌ的事情，但是マルグリット没有作任何回答就离开了战场。但是随后シュバル出现，由他来对付我方。
很快在原始核心的区域出现了奇怪的隆起，而后形成了ダイ·ガード样子的ヘテロダイン。要破坏核心就要突破和自己一样的敌人，好在这时候ダイ·ガード的新装备也完成了。马上就送到了赤木他们手里。
最终ヘテロダイン的原始核心被破坏，アイム也撤离了这里，在ヘテロダイン解体前，我方赶紧返回战舰。
-战后剧情-
明天就要前往黑暗大陆，但是赤木还是要把手上的工作都完成。因为昨天的ヘテロダイン的事件，大家还是没能得到好好的休息，而且今天还要给予被损坏的街道以修复，但是大家都很高兴和平可以来到。
（地点：非洲大陆东部）
ガイオウ和アイム一行纷纷回来了，而且ガイオウ想起了什么，命令把战舰开往南方的黑暗大陆。
第43話 王都テッペリンへ
-战前剧情-
（地点：黑暗大陆/王都テッペリン）
ロージェノム也已经知道了我方正在前往他这里的路上，这次又是シトマンドラ来打头阵迎战我方，不过アディーネ和グアーム就在他后面等着把我方一网打尽。
（地点：黑暗大陆/西北部）
インペリウム也在前往黑暗大陆的路上，另一边国联军杀向了月球。但是我方这边的首要目的还是先打败兽人，然后再专心去对付インペリウム。现在和兽人作战的指挥就全权交给了シモン，有他在指挥一定能大大提升大家的士气。在我方面前的是兽人的最后防线，突破了这里就能前往王都テッペリン。
胜利条件敌全灭。
失败条件我方战舰被击坠。
シモン被击坠。
SR取得条件第6回合我方回合以内过关。
我方初期配置ダイグレン（ダヤッカ）
グレンラガン(GW)（シモン）
自选15机
击破ダイガンテン后シトマンドラ还会驾驶シュザック在原来位置出现。再击坠シュザック后，兽人大军在地图上、左、右3个方向增援。击破3个BOSS机后，他们又在地图上方出现，再击破ドテンカイザン后发生剧情，グレンラガン和ダイグレン会移动到ドテンカイザン附近使用合体攻击，可以利用这个把别处的机体一起运到中间。
战场地图-战斗剧情-
我方与シトマンドラ的部队接上了火，突击行动很快就开始了。シトマンドラ的战舰很快就被击破，但是他又驾驶シュザック出来，看上去要和我方拼到底了。
但是失去装甲保护的シュザック根本敌不过シモン的钻头，瞬间就被击穿了，シトマンドラ失败。然而此时早就等候着的另两大天王以及ヴィラル从后面压了上来，，他们要动用全部力量将我方消灭在这里，与他们的决战开始了。
这3人的机体很快也被击破，但是他们动用了最后的手段，连带シトマンドラ的战舰一起重组成为了新的机体，又向我方杀了过来。就在这时候インペリウム的母舰グレート·アクシオン出现在战场上，ガイオウ期待着吃掉任何一方的胜利者，所以他并没有对我方动手而是很快就离开这里先去了王都テッペリン。兽人的大部队挡在了シモン前进的道路上，但他是突破天际的シモン，决不会被这小小的困难阻挡住，在他的鼓舞下我方也发挥出全部的力量，向着最后的敌人杀了过去。
ヴィラル依然还认为是カミナ在和他作战，直到シモン说出真相后，他才认准了シモン这个对手。最后シモン和大红莲团的全员一起将ヴィラル击败。消灭全部兽人部队后我方也开始向王都テッペリン发起最后的攻击……
-战后剧情-
（地点：黑暗大陆/王都テッペリン）
4天王已经全部战死，现在唯一还剩下的就是ヴィラル。逃回来的他向螺旋王讨教，为什么他们就是无法战胜人类。ロージェノム此时说出了真相，跟人类比兽人才是不完全的生物，兽人已经失去了进化的能力，但要是要回答人类到底是什么的问题，只能用漫长的生命去观察。这时候ガイオウ也来到了这里，他在这里找到了一些以前的记忆。
第44話 怒りの螺旋王
-战前剧情-
（地点：黑暗大陆/王都テッペリン）
ロージェノム以前和ガイオウ是战友，ロージェノム让ガイオウ前往另一个月球，那里有着可以解开ガイオウ过去的钥匙，到了那里应该就可以获得以前的记忆。至于ロージェノム要留在这里打倒螺旋一族，他要来守护宇宙。
胜利条件击坠エンキドゥドゥ。（击坠エンキドゥドゥ后取消）
击坠ラゼンガン。（击坠エンキドゥドゥ后改）
失败条件我方战舰被击坠。
シモン被击坠。
SR取得条件第5回合我方回合以内击坠全部敌人过关。（击坠エンキドゥドゥ后取消）
第5回合我方回合以内先消灭其他所有敌人（包括次元獣），最后再击坠ラゼンガン。（击坠エンキドゥドゥ后改）
我方初期配置ダイグレン（ダヤッカ）
グレンラガン(GW)（シモン）
自选15机
本话SR的关键就是尽快向上冲。ロージェノム和2只次元兽都出现在地图上方。注意ロージェノム不吃任何状态，而且是2次行动，尤其要注意他气力130以上发动螺旋力，尽量不要在敌方回合让他气力在130以上。本话结束后得到スコープドッグ的ランドムーバー换装。
战场地图-战斗剧情-
ティンプ带领最后的部队来阻挡我方，而后ヴィラル也前来，螺旋王已经给了他永生不老的身体。随着シモン的出击，与螺旋王的决战开始了。
ティンプ很快就丢下部队逃命去了，而后ヴィラル也被击破，这时候螺旋王ロージェノム终于现身了。拥有螺旋力的人类是兽人无法打败的，而ロージェノム给予ヴィラル不死之身并不是让他用来战斗，而是为了永远传诵下他螺旋王的战绩。随后我方在ロージェノム所处的位置发现了和グレンラガン一样的反应，ロージェノム驾驶机体出战，他自诩为这个世界人类的保卫者。我方完全不能理解他在说什么，不管怎么说打倒他就可以终结兽人的侵略。随后又有2只次元兽出现在ロージェノム旁边，现在我方必须要同时面对这些难对付的敌人。
最后的决战就在ロージェノム和シモン之间展开，坚信着永不放弃精神的シモン最终为螺旋力所选择，用钻头将ロージェノム刺穿。而ロージェノム在倒下之前告诉我方，在世界上有100亿只猴子后月球那边的使者就会来毁灭地球，但是事情的详细情况就和ロージェノム一同消逝了。黑暗大陆的黑夜过去，一个新的未来就要展现在大家面前。
-战后剧情-
此时宇宙方面部队发现了バジュラ的巢穴，我方黑暗大陆的部队也要尽快上宇宙和他们会合。而一些机体还需要做宇宙适应改造，我方部队要先回一次日本。但是螺旋王最后说的话是什么意思？看来需要对テッペリン进行彻底的调查。
（地点：ブリタニア联盟/旧金山）
由于エイーダ取消了演出，ランカ又要更加忙碌了。现在ランカ已经是知名的大明星，反而是シェリル因为身体一直不好，人气已经不如以前了。下周就要在フロンティア船团举办凯旋演唱会，ランカ期待可以和シェリル一起表演。这时候リボンズ出现在这里，他打晕了两人，随后グレイス也出现了，原来这都是グレイス的计划，她让リボンズ把这两人带到バジュラ巢穴的附近，因为她想试试所这两个人的能力到底如何了。
（地点：印度洋）
ガイオウ并没有返回，而在グレート·アクシオン上已经乱了套，シオニー对小カルロス的忍耐也快到头了……
选择前往宇宙
第42話 想い重ねて、宇宙へ
-战前剧情-
（地点：ブリタニア联盟/ラングレー基地）
3大国的部队再次开始集合，准备要向兽人和ギシン星人发动总攻，身体一部分被机械取代的ジェレミア也参加了行动。在屠杀事件之后ユーフェミア被剥夺了皇籍，国联军的敌人还有一个インペリウム，只有打败他们各个国家才有明天可言。
（地点：日本/伊豆半岛バトルキャンプ）
为了对付不同的敌人ZEXIS又分成了两部分，趁着インベーダー停止活动的间隙，我方决定去消灭兽人和ギシン星部队，クロウ又可以自由选择去哪边。（选择：暗黒大陸へ向かう/宇宙へ向かう）另外这次トライア给予的结算是40万G，クロウ的欠债还有110万G。
（地点：日本近海/龙牙岛ドラゴンズハイヴ）
葵和忍他们过来要直接和F.S.说话，有关那些从月球过来突然出现的不明敌人是什么来历，还有就是R-ダイガン驾驶者的身份，ジョニー已经怀疑那个人就是エイーダ。F.S.并不做正面回答，然而他说那个时刻已经不远了。
总之最后还是什么都没有问出，但是可以肯定F.S.知道什么内幕，ジョニー也决心下次自己找エイーダ问清楚。此时ロラン委托基地里的セイミー等人帮忙调查ディアナ女王的下落，キラ也担心ラクス的去向，她们很可能也一起跳跃到了这个世界，不过斗牙他们却并不担心サンドマン，这个人和不動司令完全就是人外。就在这时候有敌人出现在这座岛屿附近，ギシン星人杀了过来。
击坠マーグ司令船。（击坠マーグ司令船后取消）
敌全灭。（击坠マーグ司令船后改）
失败条件我方战舰被击坠。
葵被击坠。（エイーダ增援后取消）
葵或者エイーダ被击坠。（エイーダ增援后改，击坠マーグ司令船后取消）
セルゲイ或者ピーリス被击坠。（セルゲイ增援后追加）
SR取得条件第5回合以内过关。
我方初期配置マクロス·クォーター要塞艦型（ジェフリー）
プトレマイオス(C)（スメラギ）
ダンクーガノヴァ（葵）（击坠マーグ司令船后合体）
自选15机
[与マーグ司令船战斗后或第2回合我方行动开始]
R-ダイガン（エイーダ）（击坠マーグ司令船后合体）
[击坠マーグ司令船后]
ダンクーガノヴァマックスゴッド（葵）
[击坠レギュラスα2机后或レギュラスα增援后下一回合我方行动开始]
GN-X（セルゲイ）
GN-X（ピーリス）
注意本话开始前要强化下各主力机体的武器，要SR的话时间只有5回合，但是本话敌人血量都是偏多的。R-ダイガン在地图中间偏上位置增援，击坠マーグ司令船后剩下的敌人都会撤退，而レギュラスα在地图的左右两侧和上方增援，所以一开始不要全冲到左边去了。剧情后ダンクーガマックスゴッド在ドラゴンズハイヴ左边合体，同时HPEN全恢复。セルゲイ和ピーリス在靠近基地的地图下方增援。
战场地图-战斗剧情-
タケル很清楚是怎么回事，现在ロゼ内心一定充满了仇恨，但是他要去平息这个仇恨，从而带来最后的和平。但是F.S.担心这次战斗还会把别的敌人给引来，而就在同时R-ダイガン先过来了，エイーダ也露出了自己的真面目，今天她是要和我方兵舰作战，因为她的任务已经完成了。
就这样很快击败了ロゼ，但是她依然不放弃，就算是失败她也要追随マーグ而去。就在这时候大家都知道这个人深爱着マーグ，于是都劝说タクル不要杀她，还要帮助她从ズール皇帝的魔爪下解脱出来。最终タケル就这样放走了ロゼ，复仇只会导致新的复仇，而现在这么做就能够跳出仇恨的包围。然而这时候大量的不明机体突然降下地面将ドラゴンズハイヴ团团围住，而且一个声音从非常遥远的地方传来，他在呼叫地球WILL。接着ドラゴンズハイヴ中的WILL进行了回话，他将对方称为月球WILL。就在同时葵和エイーダ一行赶回来攻击敌人，然而这次的攻击并没有奏效，反而被敌人打败。就在他们危急的时候F.S.又发出指令，密码MAXGOD，ダンクーガマックスゴッド合体！与月球WILL的战斗开始了……
没过多久，2台使用模拟太阳炉的机体来到这里，前来调查ソレスタルビーイング基地的セルゲイ和ピーリス发现了这场战斗，于是也过来帮忙。最后击败了这群敌人，而ドラゴンズハイヴ的秘密也要被揭开了。セルゲイ和ピーリス随后也离开了这里，ソレスタルビーイング知道迟早是要与他们在战场上再见面的。
-战后剧情-
我方全员都去见F.S.，这次他不再隐瞒，先是把R-ダイガン的指挥官ウラジミール介绍给大家，她也正是田中司令的前妻。ウラジミール按照所给的设计图，利用リニアトレイン公司的资材组装了R-ダイガン，所以也就和トリニティ一起合作。而所有的一切都是从兽战机队从红色宇宙转移到这里后发生的，所有这些计划的提出者就是同样从红色宇宙转移而来的无机生命体WILL。随后WILL以真身和大家见了面，他可以使用次元的力量重新组织身体，也就是他和ヴェーダ直接连线，虽然现在ヴェーダ已经被完全屏蔽他也无法连接了。高次元生命体ムゲ帝王捉住了WILL和月球WILL，兽战机队打败ムゲ帝王之后他们也就逃了出来。曾经在远离地球的时空里存在两种完全不同的文明，他们互相攻击最终双方都受到了毁灭性打击，并且导致了那个宇宙的灭亡，而WILL们就是那个宇宙的幸存者，从那以后他们开始在不同的平行世界里穿行，见证着不同宇宙里知性生命体的诞生和消亡。然而当他们来到地球之后，月球WILL就认为人类太过危险必须要消灭，但是WILL却对人类存有希望，认为人类是调和宇宙的力量。所以他找到F.S.，并设计出ダンクーガノヴァ和R-ダイガン，以两者的战斗来引发人类的野性本能。如果ダンクーガノヴァ失败，就用ダンクーガノヴァ上面保存着的生命资料前往宇宙的其他地方重建地球的生命，如果ダンクーガノヴァ觉醒就让它成为保护地球的战士。现在知道了事情的真相，我方更是要一起努力保卫地球，所以为了打败敌人，不如一口气就杀去敌人的老巢——月球。时间是12小时后，大家开始上宇宙的准备，而在那之前フロンティア船团的ビルラー通过エルガン送来了VF机体的强化装备。
第43話 ロゼの決意
-战前剧情-
（地点：非洲大陆东部）
インペリウム在这里一路前进的过程中又毁灭了3个国家，目前3大国家正在组成国联军，直接与他们挑战还是很不明智的。如今ガイオウ和アイム他们都不在，アイム还带着人去了月球，シオニー成了个空头政务官。
（地点：宇宙/暗礁宙域ギシン星人前线基地）
ズール皇帝亲自来到前线，他让ロゼ再去挑战マーズ，但是他又暗中命令サグール跟过去，如果在マーズ与ロゼ接触后情感出现不稳定的时候干掉マーズ。目前由于地球方面久攻不下，银河各地都出现了反抗ギシン星的暴乱，而此时一旁的ワール也起了心思。
（地点：月面）
国联和平维持理事会也授权给我方对月球WILL进行调查，目前国联军已经牵制住了インペリウム，我方可以放心与外星的敌人决战。现在タケル也下定决心下次一定要解救出ロゼ，我方其他人也都愿意帮助他，而クロウ感觉ロゼ和那个マルグリット差不多，アムロ告诉刹那人与人之间的相互理解是最重要的。此时我方又发现了ギシン星人的部队，作战开始了。
胜利条件击坠ガニメデス(ロゼ)。（击坠ロゼ后取消）
敌全灭。（击坠ロゼ后改）
失败条件我方战舰被击坠。
タケル被击坠。
SR取得条件第6回合以内过关。
我方初期配置マクロス·クォーター要塞艦型（ジェフリー）
プトレマイオス(C)（スメラギ）
ガイヤー（タケル）
自选15机
本话要派主角出场，而且也要注意强化攻击。次元兽在地图下方大范围增援，サグール出现在地图右上，其中マルグリット可由主角说得后撤退，也可以由主角来击破，具体怎么办要看当时场上我方的实力，随后エメラルダン在地图右下陨石坑那里增援。
战场地图-战斗剧情-
虽然ロゼ还是说她是ズール皇帝的战斗机械，但是她的内心已经起了变化。最后在大家的帮助下，ロゼ的机体停止了活动，タケル冲上前去把自己的爱心分享给了ロゼ，感受到爱后ロゼ想到了自己的家乡和妹妹，所以她决心活下去。然而这个时候アイム却又来捣乱，マルグリット带着大量的次元兽出现在这里，アイム向大家说明他的目的就是要集齐12スフィア。面对那么多敌人，大家要タケル先保护ロゼ退回去，但是这时候在后面监视的サグール杀了出来，它命令ロゼ死死抓住タケル并且自爆来除掉ズール皇帝的这个敌人。但是在激烈的思想斗争后，ロゼ最后跳出了机体被タケル救了出来。这时候クロウ也趁这个机会想说服マルグリット放下武器，但是被她所拒绝。
战斗中クロウ想要问清楚マルグリット有关他弟弟シェーヌ的事情，但是マルグリット没有作任何回答就离开了战场。但是随后シュバル出现，由他来对付我方。
サグール被击破后他还是坚持要为ズール皇帝作战，而这个时候ワール也出现在这里，但是他竟然出手干掉了サグール。原来ズール皇帝又给ワール下命令用サグール的战舰诱爆掉ゴッドマーズ，ズール皇帝这种完全不顾人命的行为完全激怒了タケル。
最终ギシン星人部队被消灭，アイム也撤离了这里，失去一个大干部，ズール皇帝距离失败的日子也不远了，而后就是要和月球WILL的决战。ロゼ也留在了队伍中，寻找全新的人生。
-战后剧情-
マーグ永远活在タケル的心中，ロゼ也舍弃仇恨参加了我方，这就是地球人所拥有的调和共存的能力，タケル要以这份心情创造出完全和平的宇宙。
（地点：非洲大陆东部）
アイム一行回来了，而此时ガイオウ在前往黑暗大陆后又单独去了月球，アイム也不知道他去那里做什么。
第44話 未来への飛翔
-战前剧情-
（地点：月面）
ガイオウ在这里见到了月球WILL，月球WILL曾经见过ガイオウ并管他叫同志。螺旋王让ガイオウ前去阴月，在那里就可以解开ガイオウ的过去，不过月球WILL并不关心ガイオウ是否想起自己的任务，因为今天这一战他就要毁灭人类了。
胜利条件敌全灭。（初期敌人全灭后取消）
击坠オリジナルダンクーガ。（初期敌人全灭后改）
失败条件我方战舰被击坠。
SR取得条件第4回合我方回合以内敌人全灭。
我方初期配置マクロス·クォーター要塞艦型（ジェフリー）
プトレマイオス(C)（スメラギ）
ダンクーガノヴァマックスゴッド（葵）
ファイナルダンクーガ（忍）
自选15机
SR的要求是4回合内全灭初期敌人，由于敌人HP高还有几只距离很远，所以也是要抢时间的。レギュラスα的命中相当强，要多用搅乱和援防。ムーンWILL在地图右上的陨石坑里增援，而バジュラ在地图上左右3个方向出现，特别要注意HARD难度下ムーンWILL有ACE技能，与他交战的人气力-5，MAP武器同样有效，加上2回行动一回合可以降低10的气力，如果实力不够就直接1回合解决掉他。本话结束后得到スコープドッグ的ランドムーバー换装。
战场地图-战斗剧情-
我方杀到了月球WILL的所在地，在这里地下的深处就是月球WILL。目前世界各地的国联军都和インペリウム接上了火，必须要尽快解决掉月球WILL，以免事态恶化。很快大量的敌人部队出现在我方面前，战斗打响了。
在我方的全力攻击下，敌人的部队很快就被消灭，而后月球WILL就现身了，他开出了オリジナルダンクーガ。月球WILL也折服于ダンクーガ的力量，但是他现在已经对人类绝望，所以他制造了新的ダンクーガ，并要用这个来打倒我方消灭有机生命体。接着月球WILL把バジュラ给召唤了出来，并称他们为人类的受害者。这时候葵他们听不下去了，人类必然要为了生存下去而奋战，看见无法说服月球WILL，现在只有将他打倒，让他见识下人类的可能性。
最终在人类的信念之下，月球WILL失败，这样人类就可以继续飞向未来，不过在那之前还有残酷的战斗等着大家。
-战后剧情-
（地点：日本近海/龙牙岛ドラゴンズハイヴ）
我方将打倒月球WILL的消息及时通知了F.S.，这样袭击地球的不明机体就全部自爆了，而后我方就要前往ギシン星人的前线基地。虽然打倒了这么一个对手，但是日后说不定还会出现需要发动ドラゴンズハイヴ真正力量的对手，在那以前还是要做好准备。
（地点：月面）
很奇怪月球WILL为什么会知道バジュラ的事情，每个WILL所掌握的情报不同，所以我方就更期待フロンティア船团的研究成果。现在来看バジュラ活性化只是时间上的问题，必须要在那以前解除掉这个威胁。就在这时候フロンティア船团政府的三島发来通讯，エルガン已经答应了他，要ZEXIS的两方面部队在宇宙会合，然后一起去进攻バジュラ的老巢。
（地点：ブリタニア联盟/旧金山）
由于エイーダ取消了演出，ランカ又要更加忙碌了。现在ランカ已经是知名的大明星，反而是シェリル因为身体一直不好，人气已经不如以前了。下周就要在フロンティア船团举办凯旋演唱会，ランカ期待可以和シェリル一起表演。这时候リボンズ出现在这里，他打晕了两人，随后グレイス也出现了，原来这都是グレイス的计划，她让リボンズ把这两人带到バジュラ巢穴的附近，因为她想试试所这两个人的能力到底如何了。
（地点：印度洋）
ガイオウ并没有返回，而在グレート·アクシオン上已经乱了套，シオニー对小カルロス的忍耐也快到头了……
第45話 リトル·クィーン
-战前剧情-
ガイオウ来到他一开始出现的地方，目前インペリウム已经把主要城市和军事据点效能降低到40%以下，现在唯一剩下的对手就是3大国家。不过ガイオウ已经知道アイム是在利用他，他警告アイム不要坏他的事。现在螺旋王和月球WILL已经失败，而ガイオウ要继续向ZEXIS方挑战，已经快到了吃掉我方的时候了。
（地点：ブリタニア联盟/纽约）
アレハンドロ询问リボンズ那个グレイス到底让他做了什么，那个女人的野心也是控制地球。但如今他们已经控制了ヴェーダ，并削弱了ソレスタルビーイング，还复制成功了太阳炉，只要利用ZEXIS的手清除掉其他阻碍，世界就是アレハンドロ的了。
（地点：月球附近）
21世纪警备保障击败了覆盖东京的巨大ヘテロダイン，而后那边我方伙伴们连续击溃兽人的大军并最终击败了螺旋王，拿下了王都テッペリン，然而螺旋王在死之前说地面上超过100亿只猴子的时候月球那边就会出现地狱的使者。此外我方还知道了WILL是无机生命体，他们诞生的宇宙已经崩溃，而后被ムゲ帝王所捕获，忍他们击败ムゲ帝王后他们也获得了自由。WILL在来到这个宇宙后就发生了分歧，月球WILL认为必须要消灭人类，然而地球WILL却和F.S.一起开始设法保护人类，制造了ダンクーガノヴァ和R-ダイガン。在之前的月球之战中ダンクーガノヴァ和R-ダイガン终于完成了合体打倒了月球WILL。此外ロゼ也加入到了我方，一起为宇宙的和平而努力。现在VF机体也获得了强化，与バジュラ的决战又多了一份力。此时传来消息，シェリル和ランカ不知道被谁抓走了，绑架者向フロンティア船团政府提出高额赎金要求。
自从大灾变之后，バジュラ利用自身的フォールド能力跳跃到了这个世界，它们就像昆虫一样可以彼此间共享情报，每次作战后都会变强。所以这次作战就是要直接去消灭它们的母巢，直接打倒他们的女王这场战争应该可以结束。此外还有一个任务就是要去救出被バジュラ抓去的シェリル和ランカ，アルト主动请求接受这个任务。
アルト到达指定区域。（バジュラ(ビショップ級)增援后取消）
击坠バジュラ(ビショップ級)。（ビショップ級增援后改）
失败条件我方战舰被击坠。
アルト被击坠。（ブレラ增援后取消）
アルト或者ブレラ被击坠。（ブレラ增援后改）
SR取得条件第5回合以内敌全灭过关。（ビショップ級增援后取消）
第5回合以内先消灭其他所有敌人，最后再击坠バジュラ(ビショップ級)。（ビショップ級增援后改）
我方初期配置マクロス·クォーター要塞艦型（ジェフリー）
プトレマイオス(C)（スメラギ）
ダイグレン（ダヤッカ）
VF-25FメサイアF·SP（アルト）（アルト到达指定区域后撤退）
自选20机
[アルト到达指定区域方圆11格范围内后]
VF-27γルシファーB（ブレラ）
[アルト到达指定区域后]
VF-25FメサイアF·AP（アルト）/VF-25FメサイアF·TP（アルト）
本话SR关键就是快速杀敌，注意HARD难度下ビショップ級的ACE奖励是全场バジュラ命中回避+30，将会是靠回避吃饭机体的噩梦，所以最好能在ビショップ級出现前把初期敌人消灭的差不多了。アルト进入指定地点周围11×11的区域内后发生剧情，一台ナイト級出现在目标地点内，ブレラ在地图右边出现。アルト进入指定地点后发生剧情，アルト和ブレラ移动到マクロス·クォーター附近，アルト换装，两人都恢复为未行动状态，满气力全恢复。如果满足隐藏的话，アルト开出来的是トルネードパック。ビショップ級和最后的增援出现在指定地点附近，下回合开始，每回合战场BGM变化。ビショップ級有再攻击，要小心那些技量低的人。过关获得娘娘名物まぐろマン、Fボンバーのディスク。
战场地图-战斗剧情-
到达母巢附近后大量的バジュラ就围了上来，首先是要冲进把シェリル和ランカ救出来，作战开始。
就在アルト前往巢穴的时候，一艘バジュラ战舰挡住了他的去路并攻击向他。就在这时候他听到了ランカ的歌声，随后ブレラ再度出现，他来支援我方。
最后アルト和ブレラ一起冲进了母巢见到了シェリル和ランカ，此时一体バジュラ突然出现在他们身后，好在ブレラ将它射杀。ランカ认出这个人曾经在拍电影的时候也救过她，但是ブレラ并没有说出什么。アルト把シェリル扶上了战机，但是ランカ这时候突然想起了那次惨剧的事情，感情开始失控。最后アルト还是带出了2人，然而此时バジュラ的女王出现了，它攻击向アルト。关键时刻シェリル唱起歌来，アルト靠着这份支持撑到了返回母舰，随后アルト再次出击，而シェリル和ランカ也在后面唱歌激励大家。最终大家压制住了女王，随后展开了一齐攻击将它消灭了，大家都认为这样バジュラ的攻击就会停止，而ランカ却感到有种异样的感觉。战斗结束后ブレラ又要离开，不过这次他报上了自己的名字。
-战后剧情-
皇帝シャルル已经知道了バジュラ的事情……
（地点：宇宙/暗礁宙域）
アルト要シェリル好好休养，不过目前还是在ギシン星的势力范围内，而且下一步就是去消灭他们，所以还不能把シェリル她们送回去。
第46話 邪悪の化身
-战前剧情-
（地点：宇宙/暗礁宙域）
ランカ在我方战舰上又见到了エイーダ，目前ZEIXS正在前往进攻ギシン星基地的途中，所以还不能把她送回去。而后大家都退了出去，只留下アルト和ランカ，アルト把答应シェルリ载她飞行的事情也答应了ランカ，战斗结束后大家一起飞行。
人类身上的爱感化了ロゼ，或许这就是战胜邪恶化身ズール的最大武器。ズール一直称地球的地位非常特殊，现在就是问清楚这件事的时候了，而タケル也下了决心要就此打败ズール。
（地点：宇宙/暗礁宙域ギシン星人前线基地）
ズール皇帝安排ワール去迎战ZEXIS，不过ワール自己很清楚不是ZEXIS的对手，于是他想让ZEXIS和ズール皇帝地拼个两败俱伤，这才是他的活路。
胜利条件击坠ギシン星戦闘艦(ワール)。（击坠ワール后取消）
击坠2台ズール(分身)。（击坠ワール后改，击坠2台ズール(分身)后取消）
击坠ズール。（击坠2台ズール(分身)后改）
失败条件我方战舰被击坠。
タケル被击坠。
SR取得条件第3回合以内先消灭其他所有敌人，最后再击坠ギシン星戦闘艦(ワール)。
我方初期配置マクロス·クォーター要塞艦型（ジェフリー）
プトレマイオス(C)（スメラギ）
ダイグレン（ダヤッカ）
ガイヤー（タケル）
自选20机
要3回合内把场上敌人清光还是要靠全力冲刺。击破ワール后发生剧情，初期敌人全部撤退，地图更换，新的地图比原来的要大一圈，而敌人在周围一圈增援。干掉两个分身后，皇帝ズール在地图右下的位置出现，注意他也是2动，不过这里没有回合限制，完全可以摆好阵等他一出来就秒杀掉，还要注意HARD难度下皇帝ズール在HP20%以下发动ACE技能，自动使用搅乱，不过本来就不用必中打不到他，所以没啥作用。本话结束后ゴッドマーズ取消反阳子炸弹限制，以后不会击破后直接GAME OVER。
战场地图-战斗剧情-
我方到达战场，与ワール的部队开始了战斗。很快ワール就失败了，但是他突然要求协助我方。因为ズール皇帝的独裁，ギシン星已经濒临崩溃，所以他也要打倒ズール。当然这只是他的自保之计，而且早就被ズール皇帝看穿了，ワール消耗了地球人的战力后他就已经没用了，ズール皇帝轻易地将他处死。这时候次元境界线开始歪曲，我方全体都被送到了次元的缝隙中，然后各种曾经被我方打倒过的敌人纷纷出现，ズール皇帝也派出分身来对付我方，只有打倒他们ズール皇帝的真身才会出现。
力战之后2个分身全部被我方打倒了，ズール皇帝终于亲自出来对付我方。他之所以紧盯着地球，スフィア的存在是其中一个原因。地球是宇宙的奇点之所在，黑色英知觊觎着スフィア，次元的将军跳跃到那里等待觉醒的时刻，而这个星球上的生命力量也要觉醒了，螺旋之力将沐浴在进化的光线之下突破天际，宇宙的理源之力就在其中，只要获得了就是宇宙的主宰。但是ズール的野心也是到此为止了，タケル绝对不会让他的魔爪伸入地球，与ズール皇帝的决战展开了！
最终在爱的力量之下，ズール皇帝失败。但是他却要逃离这里，把我方都扔在次元的缝隙里，然而タケル追上了他。就在双方战斗到最后时刻，ゴッドマーズ上面的电脑出现了タケル父亲イデア的影象，这是イデア预料到会有这一天而事先录下的影象，他要タケル发动生命的力量这样奇迹就会出现。于是タケル向着ズール皇帝冲了上去，想用反阳子炸弹将他一同炸死，并且这股能量也能破坏掉这个次元缝隙，我方也可以得救。タケル已经下了爆炸指令，现在大家也无法上去帮忙，唯一可做的就是回到母舰。最终反阳子炸弹爆炸，ズール皇帝被炸死，然而他的细胞是遍布于宇宙中，每一个都能再变成ズール，他是不灭的……
-战后剧情-
我方回到了正常空间，而后ゴッドマーズ也奇迹般的出现在大家面前。这次不但消灭了ズール，ゴッドマーズ中的反阳子炸弹也消失了，而宇宙各地反抗ギシン星的战斗也将获得胜利。现在消灭了来自外星的威胁，唯一剩下的就是インペリウム，大家准备返回地球了。
（地点：バードス岛）
Dr.ヘル也知道了这件事，只是あしゅら男爵感觉这个人和他们ミケーネ帝国有着某种联系。他们就要对这座岛的最深处展开调查，打开那扇禁断的门。
（地点：ブリタニア联盟/纽约国联总部）
3大国也知道了ZEXIS的作战成功，而他们也下令国联军开始デイブレイク作战行动，人类之间的战争又要开始了。
第47話 迎えられる勝者
-战前剧情-
（地点：宇宙/暗礁宙域）
タケル对ズール最后说的话有所担心，不过现在地球就要迎来和平，他也没有多去想什么。ZEXIS众的相遇本身就是不可思意的事情，然而大家却一路战斗到现在，这是因为大家有着共同的敌人。但是如今这个共同的敌人只剩下インペリウム，クロウ担心这个团队之后还能不能维持良好关系。不过目前讨论这些问题还为时过早，这不次元兽又杀了过来。
胜利条件第4回合开始。
敌全灭。
失败条件我方战舰被击坠。
SR取得条件第3回合以内敌全灭。
我方初期配置マクロス·クォーター要塞艦型（ジェフリー）
プトレマイオス(C)（スメラギ）
ダイグレン（ダヤッカ）
自选20机
攻击力足够的话本话是非常简单的，第4回合开始敌人全部撤退，强制过关。
战场地图-战斗剧情-
前来的是ガイオウ，但是他现在并没有要和我方交战的意思，选拔赛就要结束了。他给我方3分钟时间打倒这些次元兽来测试我方是否到了可以和他交战的地步，随后就离开了。
经历过那么多次恶战的ZEXIS很快就消灭了这批次元兽，不过这应该只是ガイオウ的一次试探，以后必然会和他真正较量一场的。
-战后剧情-
大家也下了下次击败ガイオウ的决心，不过为了庆祝胜利大家决定举办一次聚会。不过クロウ从ガイオウ的话中听出了其他意思，或许还有别的敌人等着我方。
第48話 夜明けの鐘
-战前剧情-
（地点：宇宙空间）
クロウ抽空又跟トライア通了话，现在的他的欠债还有60万G，余额剩下不多，クロウ期待着打败インペリウム后能够一口气还清。此时我方其他人也跟亲友们通了信，大家都要为世界和平而努力。不过ロックオン现在只有一只眼睛，担当狙击手任务的话负担还是太重了。
我方都期待着打倒インペリウム后能够迎来世界和平，而且インペリウム正在和国联军苦战，胜利仿佛就在眼前。此外还有那个アイム要收拾，而月光号的人现在也不知道在做什么。在休息期间シェリル为大家演唱了歌曲，不过オズマ更喜欢FIREBOMB的歌曲，没想到キャシー也有同样的爱好。随后ランカ也要唱歌，不过ニア这时候说出了她父亲螺旋王在她小时候也唱过アイモ的歌，或许在战斗后要对这件事进行一下调查。不过在最后的作战结束后大家都要回到本来的任务中，殖民卫星的解放，11区的独立，ソレスタルビーイング也要继续进行武力介入。而ソレスタルビーイング也面临最根本的问题，究竟要如何才能为世界带来永久的和平，单纯的武力介入似乎只会变成インペリウム那样的秩序破坏者。但是ロックオン坚信ZEXIS这个团队就是未来的关键，虽然合作只是暂时的他们还是和ゼロ干了杯。
前篇
胜利条件敌全灭。
失败条件刹那、ロックオン、アレルヤ、ティエリア任一被击坠。
SR取得条件第4回合我方回合以内过关。
我方初期配置マクロス·クォーター要塞艦型（ジェフリー）
プトレマイオス(C)（スメラギ）
ダイグレン（ダヤッカ）
ガンダムエクシア（刹那）
ガンダムデュナメス（ロックオン）
ガンダムキュリオス（アレルヤ）
ガンダムヴァーチェ（ティエリア）
自选16机
本话开始前要强化下天人的4机，如果刹那练出ACE奖励的话非常有利，SR要点是全力对这几个BOSS杀过去。注意ピーリス与アレルヤ战斗后发生剧情，引发アレルヤ的里人格ハレルヤ，ACE奖励和精神配置变化，同时满气力，击坠ピーリス后恢复。击坠ピーリス后セルゲイ会撤退，而击坠ピーリス和セルゲイ之一的话ピーリス都会使用ド根性+不屈+集中。击坠ゼクス后ノイン会撤退。此外如果之前没有干掉ジョシュア，那么在这里有一机GN-X会变成GN-X(強)驾驶者就是ジョシュア。
战场地图-战斗剧情-
我方部队已经接近了地球轨道，另一个月亮阴月那边的次元境界线也是不稳定状态，所以至今不能前往。可就在大家感叹的时候，大量的GN-X机体把我方团团围住，国联军作出了要求逮捕我方的行动，スメラギ下令出击，在他们背后一定有着ソレスタルビーイング的叛徒。虽然怀疑这都是エルガン主使的，但如果不能突破这里的话也就什么也问不出来了。
战斗中アレルヤ和ピーリス交战后，他体内的里人格ハレルヤ觉醒了，面对强敌这两个人格一起作战，现在是证明谁才是最强超兵的时候。然而当ピーリス的面貌展现在アレルヤ面前后，アレルヤ这在发现对手是マリー，不过和他一样，ピーリス也是被脑量子屏蔽了。
最终消灭了这批敌人，然而国联军一共有30台太阳炉，这次作战仅被我方消灭19台，也就是说后面还有增援。很快サーシェス出现在这里，他的攻击目标就是プトレマイオス，受攻击后プトレマイオス的推进器被击毁，一下子无法控制方向落向了宇宙深处。这时候国联军的大部队又杀了过来，而サーシェス继续去追击プトレマイオス，ロックオン则指挥刹那他们赶快一起去追サーシェス，我方其他人则要抵挡住国联军的攻击。
中篇
胜利条件敌全灭。（アルヴァトーレ增援后取消）
击坠アルヴァトーレ。（アルヴァトーレ增援后改）
失败条件我方战舰被击坠。
刹那、ロックオン被击坠。（ロックオン撤退后取消）
刹那被击坠。（ロックオン撤退后改）
SR取得条件-无-
我方初期配置プトレマイオス(C)（スメラギ）
ガンダムエクシア（刹那）
ガンダムデュナメス（ロックオン）（击坠サーシェス后撤退）
ガンダムキュリオス（アレルヤ）
ガンダムヴァーチェ（ティエリア）/ガンダムナドレ（ティエリア）
[击坠サーシェス后或アレルヤ和ティエリア撤退后或第4回合我方行动开始]
マクロス·クォーター要塞艦型（ジェフリー）
ダイグレン（ダヤッカ）
自选12机
前面ティエリア机体的状态继承到这里，开场开ガンダム的4人气力+30，プトレマイオス开始HP只有75%，并且行动不能。如果天人众等级过低的话，就只能派アレルヤ和ティエリア去送死把我方增援叫出来。我方增援出现在地图左上，全体气力+30，アレハンドロ出现在地图左侧，注意他的机体所携带的GNフィールド是5000以下全属性攻击无效化。
战场地图-战斗剧情-
刹那他们死死保护住プトレマイオス，而サーシェス带着其他GN部队杀了过来，今天他就要把这群麻烦的家伙全部解决掉。在プトレマイオス无法行动的现在，ソレスタルビーイング只能背水一战。
在这种情况下サーシェス找上了刹那，为掩护刹那ロックオン挨了サーシェス一刀，但是ロックオン用尽最后的力量打倒了サーシェス。ロックオン最终为自己的家族报了仇，但是他的身体也到达了极限，很快就昏死了过去。这时候又一台机体出现在这里，アレハンドロ驾驶者装有多个太阳炉的机体来到，他就是イオリア计划的利用者要凭借这个创造出他自己的世界。面对压倒性的战力ソレスタルビーイング只能投降吗？答案是不，ZEXIS的同伴们赶了过来，大家都相信ソレスタルビーイング的诉求，并不惜与国联代表アレハンドロ开战。
アレハンドロ的目的就是利用ソレスタルビーイング将世界完全破坏掉，然后在他的主导下重新建立新的世界秩序，不过现在因为インペリウム的出现大大提前了他的计划。面对我方的围攻，アレハンドロ还是突破了出去，就在大家追之不及的时候，ロックオン再度出现，他一炮摧毁了アルヴァトーレ上面的太阳炉，这让刹那找准了机会追了上去。而后ロックオン让大家也去追刹那，以防他出什么意外。然而当大家离开后ロックオン要ハロ带着机体回去大家那里，他的生命已经走到了最后……
后篇
胜利条件击坠アルヴァアロン。
失败条件刹那被击坠。
SR取得条件-无-
我方初期配置ガンダムエクシア（刹那）
敌方初期配置 机体名 HP 数量 驾驶者 等级 芯片 アルヴァアロン 19600 1 アレハンドロ 46 金塊50000G 战术指南本战就是1V1单挑，刹那只要出魂就是轻取。过关后在ロックオン脱离前击坠数在70以上的场合获得ハロ。
战场地图-战斗剧情-
刹那和アレハンドロ展开了最后的决战，绝对不能让这个家伙有机会回去重整部队。刹那击破了アルヴァトーレ的外壳，アレハンドロ再开动中心的アルヴァアロン与他交战。最终アレハンドロ死在了刹那的刀下，而在最后他才发现自己被リボンズ耍了个够，现在リボンズ要在这之上实行他自己的计划。很快我方大部队赶到，由于エクシア上装备的是专门对付GN力场的实体刀，这才让アレハンドロ的计划落了空。很快ロクッオン的机体也来到这里，然而机体上只有ハロ，大家都明白他已经去了。这时候トレーズ和エルガン也来了，现在他们要向我方作出情况的说明……
-战后剧情-
（地点：アザディスタン王国）
マリナ收到了刹那的通话，刹那最终还是选择了和ガンダム一起寻找人与人之间的理解之道。リリーナ听了后也渐渐对自己的完全和平主义坚定了起来，只要ZEXIS消灭所有威胁人类的事物，世界就有统一起来的可能。此时新的国联大使ディアナ女王来到她们这里……
（地点：宇宙空间）
ロクッオン的死去让フェルト异常悲痛，但是他把未来托付给了大家，ZEXIS要沿着这条道路继续走下去。ソレスタルビーイング的叛徒的确就是アレハンドロ，而トレーズ和シュナイゼル都是他的协助者，他们目的都是为了要统一人类，然而アレハンドロ却是为了自己的私欲在利用这些计划。目前在エルガン的斡旋下トレーズ和シュナイゼル都停止了继续进攻ZEXIS的行动，但是之前エルガン明知アレハンドロ的目的而并没有去通知我方，这让スメラギ异常恼怒，她扇了エルガン一巴掌。就在大家悲伤的时候，突然在南极发现大量イマージュ，インペリウム也开始行动了……
第49話 虹
-战前剧情-
2年前刹那刚加入ソレスタルビーイング的时候就得到了ロックオン的照顾，但没想到现在他已经不在了……
（地点：太平洋）
本来已经很少出现的イマージュ突然在南极大量聚集，我方完全不明白他们是要做什么。但是ZEUTH的众人从以前的经验来估计，这可能是某种时空变动的开始。不管怎么说不能让他们毁灭人类，レントン还要跟エウレカ在一起。另一边刹那也从失去ロクッオン的悲伤中站了起来，为了ロクッオン也要把和平的道路继续下去。这时候エウレカ提出要把她送到イマージュ那里，让它们知道人类的美好，说定了大家就准备出发。エルガン也祝愿ZEXIS可以马到成功，并保证他们的自由行动，现在ゼロ作为我方的国联的代表，之后的战斗就靠他来指挥了。
（地点：南极）
月光号也在前往的路上，アイム正在挑唆ホランド创造出他们想要的时间停止的世界，但要达成这个目的是必须要有レントン和エウレカ的帮助。ホランド和アイム达成了合作的协议，不过目前月光号并不能很好的作战，ホランド决定一个人前往那里。
胜利条件レントン到达指定地点。（ターミナス 303 SP增援后取消）
击坠ターミナス 303 SP。（ターミナス 303 SP增援后改，击坠ターミナス 303 SP后取消）
击坠エメラルダン。（击坠ターミナス 303 SP后改，击坠エメラルダン后取消）
敌全灭。（击坠エメラルダン后改）
失败条件我方战舰被击坠。
レントン被击坠。
SR取得条件第6回合我方回合以内过关。
我方初期配置マクロス·クォーター要塞艦型（ジェフリー）
プトレマイオス(C)（スメラギ）
ダイグレン（ダヤッカ）
ニルヴァーシュ specV（レントン）
自选20机
[击坠ターミナス 303 SP后]
ターミナス 303（ホランド）/ターミナス 303 SP（ホランド）
[隐藏条件达成的情况下击坠エメラルダン或者パールネイル后]
パールネイル（マルグリット）
本话记得派主角出场。开始就要向敌人冲过去，尽快满足条件把第三方增援弄出来。ホランド出现在左上，グラハム在右边，注意グラハム的ACE是HP30%以下使用爱，所以打掉他半血后就让刹那把他秒杀比较好。击破ホランド后他就在原地增援我方，如果达成隐藏的话他开出的就是SP装备。之后次元兽大军在地图右上大片的增援，两个BOSS在最右上。击破エメラルダン或パールネイル之后，之前满足隐藏条件的话マルグリット就会变为我方，而当エメラルダン被击破后，アイム和次元兽就出现在地图左上，此时マルグリット会满气力，但就在他们的下面，所以尽快离开那里的好。アイム是2动但没有底力，随便完虐。注意当他HP30%以下就会发动ACE能力使用搅乱，所以消灭他的那个回合全体要使用必中集中，不然打不到其他敌人。
战场地图-战斗剧情-
我方到达南极后发现了イマージュ的核心，那里就是エウレカ要去的地方。很快大量的イマージュ出现在周围，作战开始了。
就在作战中，又一架装有模拟太阳炉的机体出现在这里，グラハム是来为自己的部下报仇的。另一边ホランド也过来抢人，今天不击败他人类就没有未来可言了。所以很快这两个人分别被击破，但是ホランド坚持不认输，此时月光号也飞了过来，而ホランド和レントン的战斗进入了最后的阶段。就在这时候ホランド感觉到了タルホ体内正孕育着新的生命，这就是他的孩子，而这个孩子不再像父亲那样3倍速成长，ホランド的梦想完全可以由自己的孩子来完成，这样他们的复仇也没有了必要。月光号上的人都要ホランド继续协助ZEXIS，为了他们的后代创造出一个和平的世界。结果这时候アイム召唤出大量次元兽来闹事，连シュバル和マルグリット也被他派了出来。ホランド现在终于明白了这个人才是一切的祸首，为了未来他要与インペリウム战斗到底。另一边クロウ也表示，他不会再对于アイム所说话的动摇，不管如何现在他们就是敌人。
シュバル被击破后却依然要死斗到底，然而マルグリット已经不想再继续这种毁灭世界的行动了。他们的世界インサラウム就是被ガイオウ所毁灭，マルグリット决定不再帮助インペリウム。而这时候アイム出现攻击向マルグリット，他要除掉这个叛徒。但是没想到这个时候シュバル上前来保护マルグリット，シュバル一直以来都是假装在忠诚于ガイオウ，目的就是为了找出能拯救他们同胞的最好机会，而现在这件事情必须要由マルグリット来完成了。可就在这个关头ガイオウ也来到了这里，他最终解决掉了シュバル，并将他的魂封入机体形成了次元兽。这时候我方才知道次元兽原来都是インサラウム的战士，那个MD就是マルグリット的弟弟シェーヌ。虽然又失去了一名同胞，但是クロウ要マルグリット振作起来和敌人战斗到底。ガイオウ很欣赏我方的斗志，所以现在并没有继续向我方发动攻击，而是让アイム先陪我方玩玩。但是アイム因为他的スフィア作用，现在已经连句完整的话都说不出来。
就在我方要解决掉这个口齿不清的家伙的时候，アサキム来收割果实了，现在这个样子就是アイム的スフィア觉醒的结果，他的代价就是说谎。アサキム获得了スフィア，接下来就是要等クロウ到可以收割的那一天。クロウ目前还没有出现什么异常，不过他的内心有点开始动摇了。
最终消灭了全部敌人，而后就是看レントン和エウレカ的了。他们进入了核心，将人类的情况都反馈给了イマージュ……
-战后剧情-
然而并没有像エウレカ想的那样，イマージュ又把她送回了人类的世界，但是她的记忆都被留在了イマージュ，所以现在的她一句也不会说了。这时候ニア提出大家一起唱那首アイモ，一定能帮助エウレカ想起什么。在这首歌的作用下エウレカ想起了一切，奇迹再一次光临了。
现在只剩下最后的敌人ガイオウ，但是现在完全没有了グレート·アクシオン的消息。可这时候トライア出现在了这里，她还带来了小カルロス，他在シオニー动手之前逃了出来。
（地点：太平洋）
现在インペリウム那边只剩下了シオニー，但是ガイオウ并不想就这样和我方决战，而是命令把グレート·アクシオン开往阴月。ゲッター线、WILL、螺旋的战士以及黑色英知，关联所有一切的答案就在那里。
最终話 破界の世紀
-战前剧情-
ディアナ将南极的イマージュ被消灭的事情转告给了マリナ和リリーナ，现在就看ZEXIS最后的努力了。
シュナイゼル也在观望ZEXIS的作战，而且他将スザク直接配属给了コーネリア，战胜インペリウム之后任务就交给他了。
大塚长官也在黑金屋等待我方的好消息，但这只是他们的要越过的第一道坎。
（地点：太平洋）
マルグリット告诉我方，她所在的多元世界是由インサラウム完成了地球的统一，圣インサラウム是君主制国家，而マルグリット他们同属于王宫警护骑士。但是这个站在世界最高实力顶点的组织却被破界之王完全打败，由于一次超次元能源实验而招来的破界之王用次元兽消灭了那个世界。破界之王可以用他的机体所产生的リヴァイブ细胞将对手的和机体转化为他的仆从次元兽，这样就不断的可以增强战力。破界之王并没有毁灭人类的意思，而是乐衷于扩大军力和战斗。就在マルグリット和シュバル要被杀死的时候，アイム向破界之王进言留下两人，并且约定可以让破界之王继续和强大的对手战斗。接下来就是之前的ウズメ计划，而且破界之王还让アイム来指挥次元兽。但是如此强大的ガイオウ连自己叫什么名字都记不起来，更不知道自己要做什么，完全就是以战斗取乐。不管如何不打败他这个世界也要完蛋，如今我方已经变强，是时候讨回以前的帐了，此外还要对付シオニー这个步入歧途的家伙。此时小カルロス被ゼロ用ギアス能力问出了有关グレート·アクシオン动向的情报，他们正在前往阴月来找回ガイオウ的记忆，于是我方也追了过去。
胜利条件击坠グレート·アクシオン和2台リヴァイダモン級。（ゲールティラン增援后取消）
击坠ゲールティラン。（ゲールティラン增援后改）
失败条件我方战舰被击坠。
SR取得条件-无-
我方初期配置マクロス·クォーター要塞艦型（ジェフリー）
プトレマイオス(C)（スメラギ）
ダイグレン（ダヤッカ）
自选24机
最终决战，没有精神耐性又不会闪的还是别上场了。ガイオウ登场后出现选项，选择“世界の平和と自由のために戦う”的话NORMAL难度ガイオウ为60级，HARD难度为70级。如果选择“強大な敵との戦いのために戦う”，之后又出现选择，选“…と言うのは別の話だ”话结果同前，选择“本気で戦いそのものを求めている”就将与最强的ガイオウ战斗，NORMAL难度为70级，HARD难度为99级。ガイオウ60级HP为180800，底力Lv5；70级HP为223200，底力Lv6；99级HP为243200，底力Lv7。ガイオウ出现在地图最上方，由于之前的グレート·アクシオン没有HP回复能力，所以完全可以能补给完毕和布完阵后再干掉他，ガイオウ一出来就秒杀。注意ガイオウ不吃任何状态，而且在气力130以上会发动ACE奖励每回合使用必中。
战场地图-战斗剧情-
我方来到了阴月次元境界线还算稳定的地区，这里和本来的月亮并没有太大的区别。果然シオニー就在这里等着我方，这个已经有点神经崩坏的小女人尖叫着要消灭我方，她现在完全被欲望所占据，并把最强的リヴァイダモン级次元兽也派了出来。但是这一套在我方面前完全起不到威慑作用，是时候让她见识下ZEXIS的最强实力。
很快这批次元兽连同シオニー的战舰一起被我方击破，而后ガイオウ终于现身了，他居然可以在真空中生存。此时的ガイオウ已经找回了以前的记忆，但是他不想把事情的经过告诉我方，反而是问スフィア的拥有者为什么要打倒他。（选择：世界の平和と自由のために戦う/強大な敵との戦いのために戦う，选择“強大な敵との戦いのために戦う”情况下又出现选择：…と言うのは別の話だ/本気で戦いそのものを求めている）
在知道了クロウ的选择后，他开始发挥出本来的实力来和我方战斗，而消灭ZEUTH这些烙印者也是他本来的任务之一。为了地球也是为了大家，我方决心要打倒ガイオウ。
最终在大家的力战之下击败了ガイオウ，而在最后他居然认输了，随后他的机体爆炸，大家都不敢相信竟然就这样获得了胜利。然而还没等大家有所庆祝的时候，在阴月上空出现强烈次元歪曲，看来现在无法对于阴月上的秘密进行调查，我方必须要马上离开这里。之后大家都要各自回去，他们都还有任务要去完成。
-后记-
随着グレート·アクシオン的击沉和破界之王ガイオウ的战死，新帝国インペリウム灭亡了。
以度过这场巨大的危机为契机，世界和人类迎来了变革的高潮。为了对应各种威胁，和平维持理事会对于国联军的管理的重要性被广泛的认同了，而屏弃国家间的隔阂成立统一全人类的机构的呼声也日趋高涨。事项进展迅速，消灭インペリウム还不到1个月以3大国家为核心就发表了“地球联邦宣言。”
多元世纪0020年末。经过被后来称为破界事变的一系列战斗，人类开始在地球联邦的名义下走上了统一的道路。但是在人们都翘首盼望着这个新时代来临的时候，那些为获取和平而战斗人们将要投身于各种新的战斗之中……
-战后剧情-
打败インペリウム3个月后，クロウ又要出去狩猎次元兽了，因为修理ブラスタ他再次欠下了トライア的债，不过这次是作为雇员而活动着。アクシオン财团解体，小カルロス也进入了スコート实验室担任顾问。现在虽然击败了ガイオウ，但是次元兽灾害却还在发生，クロウ还是有很多事情要做的。目前トライア帮助エスター也开发了机体，已经进入了最后调整阶段，很快她就能用上了。
ZEUTH众最后也没能回去自己的世界，不过ロジャー依然在想办法，因为那个世界有着他们重要的友人。
レントン和エウレカ回到了ワルサル山丘，希望能在这里开始他们新的生活，和ニルヴァーシュ一起愉快的生活。
勝平他们留在了竹尾社，他们和ワッ太一起为世界的和平而努力。这时候万丈来委托他们运送建材到大型宇宙基地，另一边大河内社长也送来了点心，他们一天的工作就这样开始了。
赤木他们又回到上班族的生活中，每天还是重复那么些工作，宣传2课终于干回到宣传工作上来了，不管怎么说还是和平的世界好。此外城田也留在了21世纪警备保障，以防再有ヘテロダイン出现。
葵他们的契约也结束了，但是他们已经喜欢上了这份工作，如果再有敌人出现，他们还是会驾驶ダンクーガノヴァ作战的。不过这些人还必须要接受忍他们的训练，使他们能够成为真正合格的战士。此外グランナイツ和Gソルジャー的人也留在了ドラゴンズハイヴ，随时准备同他们一起作战。
クラッシャー队和ブルーフィクサー、ゴッドシグマ队的诸位组成了新クラッシャー队，现在要出现对太阳系内的行星进行调查，并且把ロゼ给送到地球外围，她要回到自己的故乡去维护那里的和平。而在他们离开后地球上还有其他人可以暂时顶替他们担任起保卫地球的任务，等新クラッシャー队回来后大塚长官会向他们介绍的。
フロンティア船团正式成为地球联邦的一员，这次SMS小队回去后要好好会会好久都没见的友人了。アボロ他们几个也留在了マクロス·クォーター上，而ランカ和シェリル也要继续他们的演艺事业，但是グレイス也就计划这下一步的行动。
甲児至今都没能摸到お菊的肩，现在还是没能完全打败Dr.ヘル，甲児必须要加强训练来对付他们。
ジロン、ガロード、ロラン、ゲイナー、桂他们和シモン一起回到黑暗大陆，进行那里的开发。现在打败了螺旋王，黑暗大陆的人类要从头开始建设，而シモン就是大家的带头人。此外竜馬他们也前往那里，毕竟目前的地球联邦其他地方也容不下他们。
ZEXIS回到地球后キリコ就失去了踪迹，不过黑骑士团的任务还要继续，相信以后一定会见到他的。ゼロ正在计划着和ブリタニア联盟进行决战，以获得11区的独立，那一天已经快了。
ルルーシュ回到了アッシュフォード学院，スザク前来迎接他。然而スザク已经怀疑他可能就是ゼロ，但是现在也只是第6感的猜测，并不能得到证实。
殖民卫星现在还是3大国家下面的傀儡，ヒイロ他们还是留在了ソレスタルビーイング这边，为了殖民卫星的解放他们还要继续战斗，而ソレスタルビーイング也必须为了人类的和平而努力，ガンダム的数量又多了。
リボンズ现在取代了アレハンドロ的位置，而エルガン获得了地球联邦军总司令的位置。エルガン曾经是イオリア的协助者，已经活了近200年，但是现在落在了リボンズ手上。
アムロ和クワトロ带着カミーユ一行以及キラ一行来到了トレーズ的身边，现在OZ也被编入地球联邦军，而他们也都是成员。
マルグリット在回到地球后也不知道去了哪里，クロウ拿着每月1000G的薪水干起了上班族的工作。不过因为之前决战时候打的300G的赌，被トライア利滚利吞掉了当月的薪水，现在的他始终摆脱不了欠债的日子了。