《口袋妖怪超不可思议的迷宫》中一小部分限定和特殊的迷宫需要玩家去冒险，这些迷宫难道稍微有点高但是内容更丰富，下面就是迷宫一览。
特别迷宫
在「ニャースシアター」中有的拥有特殊规则的迷宫，玩家完成后可以将迷宫的动画通关网络上传。
■特別迷宫一览
迷宫名称
階層
説明
条件
ニャーとのそうぐう
B10F
・救助：不能使用
・队伍：３只
・等级：5级开始
・道具：不能携带
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限定迷宫
使用特点密码或者QR码等之后可以进入的特别迷宫
■特典迷宫一览
迷宫名称
階層
説明
商品情報
コロコロ峠
20Ｆ
・コロコロ限定迷宫
使用月刊コロコロ11月号中的密码
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